Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 PMS2P1-201ENST00000431037 1228 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 TSTD3-201ENST00000452647 962 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 SMIM29-206ENST00000476320 1297 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 PRSS8-206ENST00000568261 1214 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 NME4-212ENST00000621774 904 ntTSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 RMND5B-201ENST00000313386 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 OARD1-202ENST00000424266 1337 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 HAUS8-202ENST00000448593 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 MED22-202ENST00000371999 987 ntTSL 3 BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 AC008610.1-201ENST00000504573 393 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 PACRGL-218ENST00000507634 1142 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 NCAM1-AS1-202ENST00000533638 618 ntTSL 4 BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 AC005632.4-201ENST00000613759 431 ntTSL 3 BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 SPAG1-206ENST00000520643 1723 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 USP39-202ENST00000409025 1946 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 SLC25A20-201ENST00000319017 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 ARFIP2-203ENST00000423813 1430 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 SMPD3-203ENST00000563226 2093 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 IKBKG-214ENST00000618670 2069 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 PEPD-203ENST00000436370 1638 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 MYBPH-201ENST00000255416 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 MMP28-204ENST00000615136 2033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 KLK5-201ENST00000336334 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 MPZ-206ENST00000533357 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 C16orf59-210ENST00000569496 1911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 FAM72C-201ENST00000369175 1658 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 TM2D1-201ENST00000294613 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 TM2D1-204ENST00000371180 1248 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 TLE1-202ENST00000376484 666 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 SERF1B-202ENST00000380751 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 ODF3B-202ENST00000401779 869 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 ODF3B-203ENST00000403326 643 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 IGF2-206ENST00000418738 934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 ODF3B-205ENST00000428989 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 LINC01615-202ENST00000449466 603 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 AC097372.2-201ENST00000510996 732 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 FAM57A-205ENST00000572018 373 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 AC011455.1-201ENST00000593830 504 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 LINC01711-201ENST00000598340 967 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 TM2D1-212ENST00000606498 969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 AC009154.2-201ENST00000621177 724 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 AL355877.3-201ENST00000622820 899 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 ANKMY1-209ENST00000405523 1827 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 GLYCTK-202ENST00000436784 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 STYXL1-208ENST00000451157 1570 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 MYLKP1-201ENST00000509077 1580 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 IDS-202ENST00000370441 1399 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 CCDC47-202ENST00000403162 2195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 OGFOD2-207ENST00000536150 1956 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 KLF14-201ENST00000583337 2827 ntAPPRIS P1 BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 UNC5CL-202ENST00000373164 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 TRMT2A-203ENST00000404751 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 EXOSC5-201ENST00000221233 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 MIMT1-202ENST00000599641 1290 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 INTS4P1-201ENST00000438455 1935 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 CDO1-201ENST00000250535 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 ESYT3-201ENST00000289135 1356 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 PCGF6-201ENST00000337211 1950 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 AC013268.5-201ENST00000454928 1959 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 BST1-201ENST00000265016 1480 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 ALKBH5-203ENST00000541285 1605 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 GYG2P1-201ENST00000357871 623 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 BOLA1-202ENST00000369152 859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 YIF1B-204ENST00000392124 1404 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 BIRC7-203ENST00000395306 593 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 YY1AP1-213ENST00000405763 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 ADAM10-217ENST00000561288 583 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 CDK2AP1-207ENST00000618072 1144 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 RELA-202ENST00000406246 2700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 RBM6-204ENST00000422955 2324 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 AIRE-201ENST00000291582 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 FCN3-201ENST00000270879 1030 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 FCN3-202ENST00000354982 997 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 CAMTA1-IT1-201ENST00000427317 365 ntTSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 AC011467.2-201ENST00000598425 242 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 CHMP4A-211ENST00000609024 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 IRF7-203ENST00000397566 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
USP54Q70EL1 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
USP54Q70EL1 LRWD1-201ENST00000292616 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP54Q70EL1 TNFSF9-201ENST00000245817 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP54Q70EL1 GMPR-201ENST00000259727 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP54Q70EL1 PRSS27-201ENST00000302641 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP54Q70EL1 AL022314.1-201ENST00000414203 464 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP54Q70EL1 NCBP2-AS1-201ENST00000447775 562 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP54Q70EL1 LINC02199-203ENST00000510229 496 ntTSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP54Q70EL1 AL162171.1-201ENST00000556328 718 ntTSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP54Q70EL1 AC145285.3-201ENST00000564603 959 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
USP54Q70EL1 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP54Q70EL1 AQP8-201ENST00000219660 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP54Q70EL1 SUFU-201ENST00000369899 1839 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP54Q70EL1 ENOPH1-202ENST00000505846 1689 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP54Q70EL1 CWH43-201ENST00000226432 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP54Q70EL1 SEMA3D-202ENST00000444867 1605 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
USP54Q70EL1 TMEM177-204ENST00000424086 1738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
USP54Q70EL1 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.6 ms