Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 GMPPA-203ENST00000358215 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
USP4Q13107 HEBP2-201ENST00000367697 844 ntTSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.69
USP4Q13107 RUBCNL-203ENST00000378787 2731 ntTSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.69
USP4Q13107 LIMS2-204ENST00000409286 1678 ntTSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.69
USP4Q13107 CAB39-202ENST00000409788 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.69
USP4Q13107 AL603832.1-201ENST00000421943 449 ntTSL 5 BASIC19.38■□□□□ 0.69
USP4Q13107 THNSL2-205ENST00000449349 1616 ntTSL 5 BASIC19.38■□□□□ 0.69
USP4Q13107 GPR83-202ENST00000539203 1909 ntTSL 5 BASIC19.38■□□□□ 0.69
USP4Q13107 HPGD-213ENST00000541923 2920 ntTSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.69
USP4Q13107 HAUS4-218ENST00000555986 1626 ntTSL 5 BASIC19.38■□□□□ 0.69
USP4Q13107 AC020558.2-201ENST00000582325 795 ntTSL 3 BASIC19.38■□□□□ 0.69
USP4Q13107 SEPT9-236ENST00000591088 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.69
USP4Q13107 NDUFV2-AS1-203ENST00000608008 779 ntBASIC19.38■□□□□ 0.69
USP4Q13107 AC079602.3-201ENST00000623931 403 ntBASIC19.38■□□□□ 0.69
USP4Q13107 AL157888.1-201ENST00000631930 593 ntBASIC19.38■□□□□ 0.69
USP4Q13107 ZSWIM4-201ENST00000254323 4339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.69
USP4Q13107 PCCA-201ENST00000376279 2418 ntTSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
USP4Q13107 NFATC1-201ENST00000253506 4642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
USP4Q13107 ANGPTL4-201ENST00000301455 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
USP4Q13107 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
USP4Q13107 PRKCSH-209ENST00000589838 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
USP4Q13107 CDK4-202ENST00000312990 1650 ntTSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
USP4Q13107 NAPRT-202ENST00000426292 1654 ntTSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
USP4Q13107 SEPT6-202ENST00000354228 1576 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
USP4Q13107 MSANTD1-201ENST00000438480 2922 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.37■□□□□ 0.69
USP4Q13107 ARID3C-201ENST00000378909 1411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
USP4Q13107 NR2F1-205ENST00000615873 1427 ntTSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
USP4Q13107 CXXC4-201ENST00000394767 5565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.37■□□□□ 0.69
USP4Q13107 ADAMTS19-201ENST00000274487 5234 ntTSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
USP4Q13107 HOPX-201ENST00000317745 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
USP4Q13107 PHOSPHO2-201ENST00000359744 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
USP4Q13107 AL596442.1-201ENST00000429305 429 ntTSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
USP4Q13107 AGBL5-AS1-201ENST00000444217 407 ntTSL 5 BASIC19.37■□□□□ 0.69
USP4Q13107 AC008825.1-201ENST00000504398 452 ntTSL 3 BASIC19.37■□□□□ 0.69
USP4Q13107 PRTN3-202ENST00000544537 1036 ntTSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
USP4Q13107 KRT126P-201ENST00000549467 1181 ntBASIC19.37■□□□□ 0.69
USP4Q13107 MIR3917-201ENST00000580971 93 ntBASIC19.37■□□□□ 0.69
USP4Q13107 FBXO31-201ENST00000311635 5934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
USP4Q13107 TRAM1L1-201ENST00000310754 2023 ntAPPRIS P1 BASIC19.37■□□□□ 0.69
USP4Q13107 PLD4-204ENST00000540372 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
USP4Q13107 SLC5A10-205ENST00000417251 1984 ntTSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
USP4Q13107 HIPK1-207ENST00000369561 3777 ntTSL 5 BASIC19.37■□□□□ 0.69
USP4Q13107 LINC01586-201ENST00000506090 1840 ntTSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
USP4Q13107 C2CD2-202ENST00000380486 6345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
USP4Q13107 FEM1AP3-201ENST00000403722 1741 ntBASIC19.37■□□□□ 0.69
USP4Q13107 HCK-206ENST00000518730 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
USP4Q13107 LONP1-201ENST00000360614 3236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
USP4Q13107 HEXIM2-201ENST00000307275 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
USP4Q13107 GCOM1-201ENST00000380568 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
USP4Q13107 C1QTNF1-209ENST00000581774 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
USP4Q13107 AC008556.1-201ENST00000610908 2040 ntBASIC19.36■□□□□ 0.69
USP4Q13107 DNASE1L2-201ENST00000320700 1326 ntTSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
USP4Q13107 LDHD-202ENST00000450168 1966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
USP4Q13107 MAP3K7CL-206ENST00000399928 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
USP4Q13107 DUT-202ENST00000455976 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
USP4Q13107 ISCU-201ENST00000311893 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
USP4Q13107 HLA-F-217ENST00000334668 1283 ntAPPRIS ALT2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
USP4Q13107 IPPK-202ENST00000375522 882 ntTSL 3 BASIC19.36■□□□□ 0.69
USP4Q13107 LINC00421-201ENST00000413833 1054 ntTSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
USP4Q13107 HLA-F-220ENST00000434407 884 ntBASIC19.36■□□□□ 0.69
USP4Q13107 AL162258.2-202ENST00000469931 831 ntTSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
USP4Q13107 MFGE8-203ENST00000542878 1172 ntTSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
USP4Q13107 C14orf144-201ENST00000553757 537 ntTSL 4 BASIC19.36■□□□□ 0.69
USP4Q13107 NTF4-201ENST00000593537 932 ntAPPRIS P1 BASIC19.36■□□□□ 0.69
USP4Q13107 NPAP1P7-201ENST00000613027 823 ntBASIC19.36■□□□□ 0.69
USP4Q13107 CADM1-222ENST00000616271 1246 ntTSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
USP4Q13107 RIMBP3B-201ENST00000620804 6105 ntAPPRIS P1 BASIC19.36■□□□□ 0.69
USP4Q13107 AP5S1-203ENST00000379573 1848 ntTSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
USP4Q13107 IRX1P1-201ENST00000438849 1838 ntBASIC19.36■□□□□ 0.69
USP4Q13107 AHCYL1-202ENST00000369799 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
USP4Q13107 GRB10-201ENST00000335866 5032 ntTSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
USP4Q13107 PSMB11-201ENST00000408907 2110 ntAPPRIS P1 BASIC19.36■□□□□ 0.69
USP4Q13107 ALDOA-212ENST00000564546 2104 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
USP4Q13107 FAM83H-201ENST00000388913 5654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
USP4Q13107 CCK-202ENST00000396169 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP4Q13107 FLT1-207ENST00000615840 6453 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP4Q13107 ARHGAP22-210ENST00000477708 1951 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP4Q13107 SOCS2-212ENST00000622746 2881 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP4Q13107 C6orf203-202ENST00000405204 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP4Q13107 HOXB1-202ENST00000577092 1414 ntBASIC19.35■□□□□ 0.69
USP4Q13107 ASCC2-202ENST00000397771 2823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP4Q13107 STXBP2-202ENST00000414284 1859 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP4Q13107 MARK2-203ENST00000377810 4560 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP4Q13107 UBQLN4P1-201ENST00000461599 1801 ntBASIC19.35■□□□□ 0.69
USP4Q13107 SLC34A3-202ENST00000538474 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP4Q13107 ADPGK-201ENST00000311669 2557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP4Q13107 MZF1-206ENST00000599369 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP4Q13107 RABAC1-201ENST00000222008 821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP4Q13107 PMEPA1-204ENST00000395814 800 ntTSL 3 BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP4Q13107 PLAC8-202ENST00000411416 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP4Q13107 AC093901.1-201ENST00000414886 778 ntTSL 5 BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP4Q13107 MYD88-206ENST00000443433 914 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP4Q13107 LINC02106-201ENST00000506534 606 ntTSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP4Q13107 AC116353.4-201ENST00000507279 576 ntTSL 4 BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP4Q13107 NPM2-204ENST00000518119 1190 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP4Q13107 AC015961.2-201ENST00000589281 701 ntTSL 3 BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP4Q13107 AC005625.1-201ENST00000590304 472 ntTSL 3 BASIC19.35■□□□□ 0.69
USP4Q13107 CLEC4GP1-201ENST00000596555 870 ntBASIC19.35■□□□□ 0.69
USP4Q13107 Metazoa_SRP.33-201ENST00000613468 285 ntBASIC19.35■□□□□ 0.69
USP4Q13107 BCL10-202ENST00000620248 774 ntTSL 5 BASIC19.35■□□□□ 0.69
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