Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6R9

CCDC61, Coiled-coil domain-containing protein 61, humanhuman

Predictions only

Length 512 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC61Q9Y6R9 CCT6P1-202ENST00000442266 1317 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 SDR39U1-206ENST00000553930 1325 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 THAP3-203ENST00000377627 2053 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 PPP1R12C-202ENST00000435544 2363 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 CSF3-206ENST00000577675 1360 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 AFG3L1P-217ENST00000557444 2447 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 FAM53A-202ENST00000461064 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 DISP3-202ENST00000304391 1495 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 TSNAXIP1-202ENST00000415766 2338 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 KMT5B-203ENST00000401547 2666 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 SIT1-201ENST00000259608 1231 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 EGLN2-201ENST00000303961 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 MIR149-201ENST00000384879 89 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 RAB24-204ENST00000393611 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 CT47A11-201ENST00000457020 1294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 PDCD6-207ENST00000509581 1156 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 AC079776.4-201ENST00000511039 504 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 RNA5SP419-201ENST00000515908 135 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 ENDOV-202ENST00000517295 908 ntTSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 ENDOV-205ENST00000518644 625 ntTSL 4 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 AC087289.1-201ENST00000586808 890 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 FLT3LG-206ENST00000597551 951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 MCRIP2-211ENST00000629534 341 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 AC083906.6-201ENST00000641366 219 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 IGF2-207ENST00000434045 1583 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 EIF2B4-210ENST00000493344 1949 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 DNAJC28-204ENST00000617313 2237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 LAD1-202ENST00000391967 2906 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 NLRP6-201ENST00000312165 2679 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 LAG3-201ENST00000203629 1974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 RNASEH2A-201ENST00000221486 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 NDUFAF2-201ENST00000296597 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 AC093585.1-201ENST00000425183 428 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 GOLGA7-203ENST00000518270 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 TP73-AS1-207ENST00000624167 988 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 NOL3-201ENST00000268605 1394 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 WDR88-202ENST00000361680 1835 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 GABRG3-206ENST00000555083 1405 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 C6orf141-206ENST00000529246 1450 ntAPPRIS P1 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 UBR2-203ENST00000372903 2423 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 MATN4-202ENST00000360607 2127 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 FIGNL1-207ENST00000435566 593 ntTSL 4 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 CMPK1-205ENST00000471289 816 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 PENK-208ENST00000523051 772 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 TSFM-208ENST00000543727 651 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 AC021739.5-201ENST00000558637 494 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 MIR5100-201ENST00000579544 119 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 CCDC61-202ENST00000594087 1017 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 BX640515.1-201ENST00000617215 977 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 ANKRD20A8P-203ENST00000641373 517 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 LINC02381-201ENST00000508564 1369 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 SNX17-201ENST00000233575 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 VIPR2-202ENST00000377633 1491 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 PEX6-201ENST00000244546 2696 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 GPR75-201ENST00000394705 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 TMEM106C-202ENST00000429772 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 ARPC1B-201ENST00000252725 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 UROS-202ENST00000368778 1556 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 CD177-203ENST00000618265 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC61Q9Y6R9 FAM110A-201ENST00000246100 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 CCS-201ENST00000310190 942 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 AC007952.1-201ENST00000399087 553 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 AC007952.2-202ENST00000399093 556 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 LINC00882-201ENST00000473636 710 ntTSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 RBM14-RBM4-203ENST00000500635 829 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 TST-204ENST00000622841 1105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 AC106017.2-202ENST00000628484 536 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 AL161938.1-201ENST00000569833 2180 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 AC087482.1-204ENST00000636067 2431 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 CPZ-201ENST00000315782 2136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 TNNC1-201ENST00000232975 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 KLK12-202ENST00000319590 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 MUC1-224ENST00000611577 1023 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 AC023511.2-201ENST00000618803 211 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 WNT9B-201ENST00000290015 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 CXorf40B-205ENST00000462691 1440 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 RSRC1-211ENST00000480820 1410 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 SPACA1-201ENST00000237201 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 INF2-204ENST00000398337 1689 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 LRP1-204ENST00000553277 1693 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 RGS3-202ENST00000342620 1714 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 ANKRD65-201ENST00000427211 1976 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 SLC16A3-221ENST00000617373 2048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 SLC16A3-222ENST00000619321 2015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 UNG-202ENST00000336865 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 PITPNB-205ENST00000455418 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 SLC47A1-202ENST00000395585 1998 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 TNFSF9-201ENST00000245817 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 HAUS8-202ENST00000448593 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC61Q9Y6R9 AC009102.3-201ENST00000623118 1491 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.4 ms