Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 FAM187B-201ENST00000324675 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 NDUFA12-201ENST00000327772 635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 AC093901.1-201ENST00000414886 778 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 PLPP5-202ENST00000422581 853 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 AC116353.4-201ENST00000507279 576 ntTSL 4 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 AC022424.1-201ENST00000512155 889 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 AC004080.2-201ENST00000523331 556 ntTSL 4 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 AC138207.7-201ENST00000584499 668 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 AL136038.4-201ENST00000603606 1261 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 ABHD13-201ENST00000375898 5338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 AP5S1-202ENST00000379567 1791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 AIRE-201ENST00000291582 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 TUBA3FP-202ENST00000422086 1974 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 C6orf203-202ENST00000405204 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 KRT8P7-201ENST00000533003 1432 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 MIR4300HG-201ENST00000500502 1397 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 FAR2P2-204ENST00000424873 2070 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 TMEM259-209ENST00000592590 2509 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 MEPCE-202ENST00000414441 2261 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 USP25-204ENST00000400183 5341 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 MAPK9-208ENST00000455781 4336 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 MED30-201ENST00000297347 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 RPA2-201ENST00000313433 1237 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 PDLIM7-205ENST00000393551 1226 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 CBR1-203ENST00000439427 1024 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 MYD88-206ENST00000443433 914 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 AC087623.2-201ENST00000528407 534 ntTSL 4 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 AC069148.1-201ENST00000608741 768 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 ILKAP-212ENST00000622223 1088 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 MTSS1-203ENST00000431961 1711 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 REEP2-202ENST00000378339 2170 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 SCARB1-201ENST00000261693 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 NFYC-AS1-201ENST00000606277 1687 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 ANKIB1-201ENST00000265742 6081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 AL360181.3-201ENST00000468317 1605 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 GTPBP3-222ENST00000600625 2493 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 KAT5-203ENST00000377046 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 DSCAM-201ENST00000400454 8552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 CNTNAP3B-203ENST00000377561 5379 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 PIP4K2A-202ENST00000376573 3802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 TMEM151A-201ENST00000327259 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 SHANK1-202ENST00000359082 6459 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 MMAB-204ENST00000537236 1342 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 MTMR9LP-203ENST00000426597 1545 ntBASIC23.14■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 AD000671.2-201ENST00000589807 1925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 ANKS1A-201ENST00000360359 6347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
CHMP3Q9Y3E7 KLHDC10-201ENST00000335420 6437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 IRF7-203ENST00000397566 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 ZFAND2A-201ENST00000316495 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 ZFAND2A-203ENST00000401903 968 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 AK2-204ENST00000467905 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 NAT14-202ENST00000587400 416 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 LCE1C-202ENST00000607093 644 ntAPPRIS P2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 AL391807.1-203ENST00000604392 2365 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 MMD2-201ENST00000401401 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 CDK13-201ENST00000181839 7298 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 ZFYVE21-202ENST00000311141 1383 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 USP39-202ENST00000409025 1946 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 FBXO24-201ENST00000241071 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 NTMT1-203ENST00000372483 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 FAM57A-201ENST00000301324 2013 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 EVL-202ENST00000402714 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 AC099343.3-201ENST00000605834 2503 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 ZC3H12D-201ENST00000409806 5791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD65-201ENST00000427211 1976 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 NECTIN3-206ENST00000485303 3664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 TCIRG1-213ENST00000532635 2457 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 HSD17B10-201ENST00000168216 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 HOPX-201ENST00000317745 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 LINC01785-201ENST00000598042 1112 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 CADM1-222ENST00000616271 1246 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 ADORA2A-215ENST00000618076 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 STMN3-201ENST00000370053 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 UNKL-202ENST00000301712 1431 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 PTGER3-202ENST00000351052 1404 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 LAT-204ENST00000395461 1448 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 LINC00634-201ENST00000381348 1510 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 CYP2D7-201ENST00000358097 1655 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 PGS1-201ENST00000262764 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 RSAD1-201ENST00000258955 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 PXMP4-201ENST00000217398 979 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 HOXB-AS3-203ENST00000465846 434 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 AC106791.1-202ENST00000508281 1148 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 AC051649.1-201ENST00000509204 330 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 DMWD-201ENST00000270223 3305 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 SERPINH1-215ENST00000533603 2299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 UNG-202ENST00000336865 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 FGF14-IT1-202ENST00000607251 2123 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 MED15P9-202ENST00000427638 1841 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 IP6K1-204ENST00000468463 1815 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD53-202ENST00000360589 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 THNSL2-205ENST00000449349 1616 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 PCDHA2-203ENST00000526136 5254 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 LUC7L-201ENST00000293872 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 UTP18-201ENST00000225298 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 AC114490.1-202ENST00000311990 1887 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP3Q9Y3E7 ESPN-205ENST00000461727 1869 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.9 ms