Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 ARHGAP22-204ENST00000417247 2340 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 NDUFAF2-201ENST00000296597 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 MED22-202ENST00000371999 987 ntTSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 PSMB8-202ENST00000374882 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 FAM220CP-201ENST00000395253 831 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 DDT-202ENST00000398344 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 DDT-203ENST00000403754 569 ntTSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 AL031284.1-201ENST00000419297 478 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 DDT-206ENST00000430101 573 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 NDUFB2-209ENST00000472695 503 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 LINC00882-201ENST00000473636 710 ntTSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 CNOT8-225ENST00000524105 904 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 FAM57A-205ENST00000572018 373 ntTSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 ATPAF2-213ENST00000585101 566 ntTSL 4 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 AC148477.8-201ENST00000624298 468 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 AL161669.4-201ENST00000634353 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 AL158211.5-201ENST00000623583 2518 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 IGF2-207ENST00000434045 1583 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 ALDOA-212ENST00000564546 2104 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 PRKG2-207ENST00000628926 2623 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 EEF1A1-203ENST00000331523 1923 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 GUCA1A-201ENST00000053469 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 AKAP8L-201ENST00000397410 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 SERPINB6-207ENST00000612421 1570 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 SMIM29-201ENST00000335352 1160 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 IGF2-206ENST00000418738 934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 RBM14-RBM4-203ENST00000500635 829 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 AC139749.1-201ENST00000534584 1094 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 MAP1LC3B-207ENST00000565788 625 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 HEXA-210ENST00000567213 1000 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 AC020934.1-201ENST00000588469 739 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 FAM25C-201ENST00000617224 319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 AC005258.1-201ENST00000621615 1268 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 LIN28B-AS1-205ENST00000637414 879 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 CYP27A1-201ENST00000258415 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 HPCA-201ENST00000373467 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 INF2-204ENST00000398337 1689 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 CHRNB2-205ENST00000637900 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 DMD-208ENST00000378680 1858 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 MLST8-232ENST00000569417 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 OCSTAMP-201ENST00000279028 2043 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 DIO3OS-212ENST00000557661 1937 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 IGFALS-201ENST00000215539 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 KRT73-AS1-202ENST00000551089 563 ntTSL 4 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 ZRSR2-201ENST00000307771 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 C6orf141-206ENST00000529246 1450 ntAPPRIS P1 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 MLST8-202ENST00000382450 1861 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 MLST8-215ENST00000564088 1861 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 CORO6-212ENST00000584969 1416 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 ST3GAL3-204ENST00000335430 1805 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 SORBS3-221ENST00000523965 2028 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 ALG9-214ENST00000614444 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 COL13A1-202ENST00000357811 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 CCDC62-204ENST00000392441 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 P2RY6-201ENST00000349767 1700 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 CLDN6-202ENST00000396925 1739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 MTFR1L-202ENST00000374301 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 PRSS33-201ENST00000293851 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 IDH3G-201ENST00000217901 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 ENDOV-225ENST00000522751 1475 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 MRPS34-201ENST00000177742 1040 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 ZNHIT1-201ENST00000305105 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 RFXANK-202ENST00000392324 1059 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 TMEM213-202ENST00000413208 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 TM4SF19-TCTEX1D2-201ENST00000442633 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 RNPS1P1-201ENST00000507437 918 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 POLD2P1-201ENST00000511220 997 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 AC016590.1-204ENST00000586442 813 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 AC011530.1-201ENST00000593999 558 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 EGLN2-201ENST00000303961 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 RELB-207ENST00000625761 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 CAPZB-202ENST00000264203 2068 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 C2orf81-201ENST00000290390 2227 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 TFDP2-202ENST00000467072 1853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 WDR1-205ENST00000502702 1691 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 NOP14-AS1-202ENST00000505731 1999 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 NDRG2-227ENST00000554143 1980 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 BTG3-201ENST00000339775 1485 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 KANK4-202ENST00000354381 2103 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 NRL-206ENST00000561028 2103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 CORO1A-216ENST00000570045 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 SEMA6C-210ENST00000621728 1918 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 SPCS1-201ENST00000233025 1082 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 TFF3-201ENST00000291525 407 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC87Q9NVE4 MCRIP2-201ENST00000307650 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.6 ms