Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0D2

ZNF541, Zinc finger protein 541, humanhuman

Predictions only

Length 1,346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF541Q9H0D2 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 PCCB-207ENST00000466072 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 TMPRSS6-207ENST00000442782 1695 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 KRT18-207ENST00000550600 1696 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 EGFL7-204ENST00000406555 1529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 BOLA1-202ENST00000369152 859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 ROMO1-203ENST00000374077 422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 RNF144A-AS1-205ENST00000439208 757 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 AC040169.1-201ENST00000565382 521 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 MIR3687-2-201ENST00000577708 61 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 STX10-204ENST00000587230 1136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 AC025062.2-201ENST00000605477 670 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 MIR3687-1-201ENST00000614492 61 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 AC068587.9-201ENST00000641814 219 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 AP2M1-201ENST00000292807 1931 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 HMGA1-201ENST00000311487 1920 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 STARD3-202ENST00000394250 1949 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 FENDRR-203ENST00000595886 3095 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 NEU4-201ENST00000325935 2288 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 BTD-202ENST00000383778 2261 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 CFAP77-203ENST00000393216 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 TMEM216-201ENST00000334888 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 P2RY6-204ENST00000393592 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC22.16■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 RGS3-202ENST00000342620 1714 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 LINC00466-207ENST00000634725 1736 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 TMEM62-201ENST00000260403 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 ARPC1B-201ENST00000252725 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 SERBP1-201ENST00000361219 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 WIPI2-203ENST00000401525 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 Z98044.1-201ENST00000632503 1764 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 PIGU-202ENST00000374820 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 DNAJB3-201ENST00000446806 729 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 AC091180.3-201ENST00000506504 963 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 AC069287.3-201ENST00000527297 589 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 OR7E14P-202ENST00000530490 1290 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 AP000763.4-201ENST00000544674 752 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 AC133919.2-201ENST00000565965 589 ntTSL 4 BASIC22.15■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 AC135776.2-201ENST00000567803 714 ntTSL 4 BASIC22.15■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 AC005632.4-201ENST00000613759 431 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 DLEU7-201ENST00000400393 2092 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 TSPAN32-201ENST00000182290 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 TSPAN32-217ENST00000612299 1301 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 DVL3-203ENST00000431765 2294 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 FEM1AP3-201ENST00000403722 1741 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 FARSA-202ENST00000423140 1720 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 SLC3A2-202ENST00000377889 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 LINC00937-205ENST00000538304 2157 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 CPEB1-214ENST00000617522 2220 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 AP005117.1-201ENST00000584346 1413 ntBASIC22.14■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 NDUFAF2-201ENST00000296597 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 LCE1B-201ENST00000360090 1139 ntAPPRIS P1 BASIC22.14■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 MRPL55-208ENST00000366734 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 MRPL55-217ENST00000366746 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 METTL21A-202ENST00000406927 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 RBSN-204ENST00000449050 903 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 DNAJB3-202ENST00000449667 1266 ntBASIC22.14■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 FLJ20021-201ENST00000527564 790 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 BLOC1S1-204ENST00000549147 1229 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 LYRM1-209ENST00000568663 857 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.14■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 TVP23A-210ENST00000612195 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 SRSF2-202ENST00000359995 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
ZNF541Q9H0D2 HEXDC-201ENST00000327949 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 PWWP2AP1-201ENST00000429776 2273 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 LRRC23-201ENST00000007969 1615 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 YIF1B-204ENST00000392124 1404 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.13■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 PNOC-201ENST00000301908 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 TMUB1-204ENST00000476627 882 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 HS6ST1P1-201ENST00000481504 1234 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 ENDOV-202ENST00000517295 908 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 MCRIP1-211ENST00000576679 751 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 AC132872.3-201ENST00000620937 629 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 AL157832.3-201ENST00000635764 1005 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 AC083906.6-201ENST00000641366 219 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 ANKRD20A8P-203ENST00000641373 517 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 AC079781.4-201ENST00000641908 219 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 THAP3-203ENST00000377627 2053 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 IRX1P1-201ENST00000438849 1838 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 EEF1D-246ENST00000532741 2387 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 EGLN2-201ENST00000303961 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 SYCE1-203ENST00000368517 1377 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 UPP1-203ENST00000395564 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 NFE2-204ENST00000553070 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 MAZ-212ENST00000568282 1593 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 ACOT2-204ENST00000613168 1553 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
ZNF541Q9H0D2 SMN1-201ENST00000351205 900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.6 ms