Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 WDR18-204ENST00000587001 1465 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
NPHP3Q7Z494 TSPAN32-201ENST00000182290 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
NPHP3Q7Z494 TSPAN32-217ENST00000612299 1301 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
NPHP3Q7Z494 UBQLN4P1-201ENST00000461599 1801 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
NPHP3Q7Z494 TDRD10-202ENST00000368482 2331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
NPHP3Q7Z494 TRIB3-202ENST00000422053 1533 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
NPHP3Q7Z494 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
NPHP3Q7Z494 SYT15-201ENST00000374321 1369 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
NPHP3Q7Z494 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
NPHP3Q7Z494 DVL3-203ENST00000431765 2294 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
NPHP3Q7Z494 AP005117.1-201ENST00000584346 1413 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
NPHP3Q7Z494 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
NPHP3Q7Z494 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
NPHP3Q7Z494 LCE1B-201ENST00000360090 1139 ntAPPRIS P1 BASIC25.1■■□□□ 1.61
NPHP3Q7Z494 GUK1-202ENST00000366716 940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
NPHP3Q7Z494 MEG3-211ENST00000452514 461 ntTSL 3 BASIC25.1■■□□□ 1.61
NPHP3Q7Z494 AC092910.1-201ENST00000482027 1129 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
NPHP3Q7Z494 PNMT-203ENST00000581428 677 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
NPHP3Q7Z494 HSP90B1-210ENST00000614327 1338 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
NPHP3Q7Z494 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
NPHP3Q7Z494 SLC25A41-201ENST00000321510 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
NPHP3Q7Z494 RBX1-201ENST00000216225 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
NPHP3Q7Z494 TMEM219-201ENST00000279396 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
NPHP3Q7Z494 TM2D1-201ENST00000294613 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
NPHP3Q7Z494 TM2D1-204ENST00000371180 1248 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
NPHP3Q7Z494 PARK7-203ENST00000377491 977 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.09■■□□□ 1.61
NPHP3Q7Z494 RBSN-204ENST00000449050 903 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
NPHP3Q7Z494 AC112482.1-201ENST00000492080 688 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
NPHP3Q7Z494 AC136604.3-201ENST00000508188 429 ntTSL 3 BASIC25.09■■□□□ 1.61
NPHP3Q7Z494 AC012640.2-201ENST00000561606 901 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
NPHP3Q7Z494 MIR3687-2-201ENST00000577708 61 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
NPHP3Q7Z494 TM2D1-212ENST00000606498 969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
NPHP3Q7Z494 AC114488.2-214ENST00000609033 813 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
NPHP3Q7Z494 SELENOM-210ENST00000611680 689 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
NPHP3Q7Z494 MIR3687-1-201ENST00000614492 61 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
NPHP3Q7Z494 SYT17-207ENST00000568115 1721 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
NPHP3Q7Z494 LINC02138-201ENST00000378340 1326 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
NPHP3Q7Z494 DKK1-201ENST00000373970 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
NPHP3Q7Z494 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.08■■□□□ 1.61
NPHP3Q7Z494 IRX1P1-201ENST00000438849 1838 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
NPHP3Q7Z494 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
NPHP3Q7Z494 TMPRSS6-207ENST00000442782 1695 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
NPHP3Q7Z494 STARD3-202ENST00000394250 1949 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
NPHP3Q7Z494 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
NPHP3Q7Z494 MSANTD1-203ENST00000507492 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 AL158151.1-201ENST00000372490 2047 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 RPS19BP1-201ENST00000334678 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 RPS8P6-201ENST00000426177 609 ntBASIC25.08■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 RNA5SP415-201ENST00000517246 115 ntBASIC25.08■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 AC005632.4-201ENST00000613759 431 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 HNF1B-206ENST00000620125 1103 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 EDC3-214ENST00000568176 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC25.07■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 BEAN1-202ENST00000536005 1988 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 ALKBH3-201ENST00000302708 1474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 MAZ-212ENST00000568282 1593 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 DPM3-201ENST00000341298 486 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 AC007364.1-201ENST00000449714 1022 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 AC091180.3-201ENST00000506504 963 ntTSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 AP001107.6-201ENST00000526655 516 ntTSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 AC008687.5-201ENST00000593746 558 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 AC011467.2-201ENST00000598425 242 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 MIMT1-202ENST00000599641 1290 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 FADS2-209ENST00000521849 1703 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 OGG1-202ENST00000302008 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 LINC00937-205ENST00000538304 2157 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 NEU4-201ENST00000325935 2288 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 HTD2-201ENST00000461393 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 SULT2B1-201ENST00000201586 1295 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 NUDT6-201ENST00000304430 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 NECTIN1-202ENST00000340882 1059 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 DPM3-203ENST00000368400 409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 TEX30-206ENST00000376032 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 OR7E14P-202ENST00000530490 1290 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 AP000763.4-201ENST00000544674 752 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 BLOC1S1-204ENST00000549147 1229 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 AL138831.2-201ENST00000606564 490 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 HMGN3-203ENST00000620514 1010 ntTSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 FARSA-202ENST00000423140 1720 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 AMZ2-203ENST00000392720 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 ACVRL1-202ENST00000419526 1356 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 EFEMP2-210ENST00000528176 1504 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 AL163051.1-201ENST00000569214 1512 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 EGLN2-201ENST00000303961 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 AL390879.2-201ENST00000424306 2222 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 SLC11A2-208ENST00000546743 1740 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.7 ms