Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 CLN3-206ENST00000360019 1840 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 EDC3-214ENST00000568176 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 ZNF584-202ENST00000322834 1042 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 PDCD6-206ENST00000507528 1088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 PPOX-219ENST00000544598 813 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 RN7SL850P-201ENST00000579959 291 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 ST20-MTHFS-203ENST00000615374 679 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 ADORA1-208ENST00000618295 862 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 AC005363.2-201ENST00000618631 242 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 NAF1-202ENST00000422287 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 PRPF39-201ENST00000355765 2868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 IGFALS-202ENST00000415638 2136 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 ZNF213-201ENST00000396878 3313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 GRB10-205ENST00000401949 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 FA2H-201ENST00000219368 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 NFKBIZ-201ENST00000326151 2058 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 CLN3-204ENST00000357857 1720 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 ARPC4-201ENST00000397261 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 NEUROD2-201ENST00000302584 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 LYPD3-201ENST00000244333 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 HSPB8-201ENST00000281938 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 BCL2-202ENST00000398117 7461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 KCNH1-210ENST00000640044 1818 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 TEX13A-202ENST00000609007 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 RNF144A-201ENST00000320892 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 XYLT2-203ENST00000507602 2107 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 PDE9A-213ENST00000398236 1776 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 GPR6-201ENST00000275169 1089 ntAPPRIS P1 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 ENSA-205ENST00000361532 792 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 ILF2-202ENST00000368681 726 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 AC113347.1-201ENST00000413321 391 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 ICAM1-202ENST00000423829 1296 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 AC103564.1-201ENST00000437330 562 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 AC009947.2-201ENST00000444014 672 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 AC128688.1-201ENST00000487626 519 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 SNCB-205ENST00000510387 730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 CFL2-205ENST00000555765 632 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 P4HB-223ENST00000576390 439 ntTSL 4 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 RABAC1-210ENST00000601891 628 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 TRAPPC6A-201ENST00000006275 805 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 ISOC2-201ENST00000085068 1122 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 IL17RC-215ENST00000455057 2244 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 TRIM73-205ENST00000450434 1425 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 FBXW9-203ENST00000587955 1437 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 CHST2-201ENST00000309575 4582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 RNF167-205ENST00000571816 1728 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 SEPHS1-206ENST00000545675 2988 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 AP001351.1-201ENST00000501397 1865 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 POLR3E-209ENST00000564209 2464 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 GGPS1-206ENST00000488594 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 AL109659.2-201ENST00000606809 1674 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 GUCY1A2-201ENST00000282249 3047 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 DYNC1LI2-201ENST00000258198 4515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 ARID1B-203ENST00000350026 7962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 ITPK1-202ENST00000354313 2803 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 HOXA9-201ENST00000343483 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 DEF8-211ENST00000563795 1767 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 SIGIRR-220ENST00000531205 1649 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 NR1H2-202ENST00000411902 1466 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 RPS6KA3-201ENST00000379565 7918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 KDM4B-202ENST00000381759 3058 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 DACT2-201ENST00000366795 2942 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 CDK11A-205ENST00000378633 2458 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 PRDM14-201ENST00000276594 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 KLF6-204ENST00000469435 2169 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 PDE9A-206ENST00000380328 1875 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 KCNC4-203ENST00000413138 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 ADAMTS9-202ENST00000459780 2871 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 NOP56-201ENST00000329276 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 PNPLA2-201ENST00000336615 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 AC073508.3-201ENST00000619697 1419 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 PLEKHB2-204ENST00000409158 2277 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 KIF22-201ENST00000160827 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 DGCR6L-201ENST00000248879 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 ICAM4-201ENST00000340992 1176 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 GCHFR-202ENST00000558467 785 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 TK2-213ENST00000563369 882 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 SLC39A11-207ENST00000579732 1004 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 MARK4-211ENST00000622871 1147 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 AC010653.2-201ENST00000623505 997 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 ACADS-201ENST00000242592 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 PDXK-219ENST00000621478 1967 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 ST3GAL3-206ENST00000351035 2377 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 EDN3-204ENST00000371028 2397 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 ZNF787-202ENST00000587279 1657 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 OGG1-203ENST00000302036 2220 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 PTPRJ-202ENST00000440289 3158 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 RNF135-201ENST00000324689 1905 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 FO681492.1-203ENST00000622861 1362 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 Z98044.1-201ENST00000632503 1764 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 IFFO1-212ENST00000619571 2724 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 GATM-201ENST00000396659 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 RCAN3-205ENST00000436717 2574 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 ADORA2A-214ENST00000611543 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXA4Q00056 FOXI3-201ENST00000428390 2804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.9 ms