Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 GTPBP8-203ENST00000383678 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 GPR142-201ENST00000335666 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 ACTL6B-201ENST00000160382 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 MTMR9LP-203ENST00000426597 1545 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 VPS26B-202ENST00000525095 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 IRGC-201ENST00000244314 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 NDOR1-204ENST00000458322 1829 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 DALRD3-201ENST00000313778 1968 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 MPZ-206ENST00000533357 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 PCBP4-212ENST00000484633 2009 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 HCK-207ENST00000520553 2101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 GRB14-201ENST00000263915 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 UBE2Z-201ENST00000360943 3122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 SUSD4-203ENST00000344029 1056 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 WDR88-202ENST00000361680 1835 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 PDIA2-202ENST00000404312 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 AC093585.1-201ENST00000425183 428 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 FAM197Y8-203ENST00000450145 560 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 COX18-204ENST00000507544 1086 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 KRT18P41-201ENST00000518924 1277 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 AC021739.5-201ENST00000558637 494 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 AL163051.1-201ENST00000569214 1512 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 CSF3-206ENST00000577675 1360 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 MIR5100-201ENST00000579544 119 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 AL591684.3-201ENST00000605187 298 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 NFYC-AS1-201ENST00000606277 1687 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 YTHDF3-213ENST00000621820 2363 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 ATXN7L2-202ENST00000369870 2318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 RNF135-205ENST00000535306 2098 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 SLC23A3-201ENST00000295738 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 POLI-202ENST00000406285 2030 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 ELMOD1-202ENST00000443271 1990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 PRR23B-201ENST00000329447 1896 ntAPPRIS P1 BASIC23.45■■□□□ 1.35
CCDC87Q9NVE4 SNX19-209ENST00000530356 1562 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 SPACA1-201ENST00000237201 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 HBA2-201ENST00000251595 605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 LEF1-AS1-201ENST00000436413 1045 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 AMACR-208ENST00000512079 858 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 ABBA01031661.1-201ENST00000634362 1253 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 FGFR2-224ENST00000613048 4369 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 TEAD2-210ENST00000601519 2167 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 YIPF2-201ENST00000253031 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 PCDHA13-203ENST00000617769 2427 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 GGT6-202ENST00000381550 2145 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 TULP1-208ENST00000614066 2084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 GULP1-206ENST00000409830 1376 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 FGF8-203ENST00000346714 694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 PITPNA-AS1-201ENST00000425081 542 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 PDCD6-207ENST00000509581 1156 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 SMAD3-210ENST00000559092 584 ntTSL 4 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 TAF5L-201ENST00000258281 3112 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 FDXR-202ENST00000413947 1809 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 IL17RC-203ENST00000403601 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 STX5-202ENST00000377897 1785 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 C7orf49-202ENST00000424142 1738 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 ME2-218ENST00000640965 2476 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 AC008393.1-201ENST00000499601 1454 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 ST8SIA2-201ENST00000268164 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 TEX264-209ENST00000457573 1448 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 TWIST2-202ENST00000612363 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 KLF14-201ENST00000583337 2827 ntAPPRIS P1 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 AQP8-201ENST00000219660 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 FER1L4-211ENST00000616283 1818 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 ASCL4-201ENST00000342331 2260 ntAPPRIS P1 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 RTKN-201ENST00000233330 2220 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 SMIM4-203ENST00000477703 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 PI4KB-213ENST00000529142 2603 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 GNMT-201ENST00000372808 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 DRAP1-202ENST00000376991 819 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 CCDC74A-202ENST00000409856 1298 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 KRT18P67-201ENST00000432816 1264 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 AL365226.1-201ENST00000448363 349 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 AC096582.2-201ENST00000510860 516 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 ENDOV-202ENST00000517295 908 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 TSFM-208ENST00000543727 651 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 DYNLL1-204ENST00000548214 616 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 SEC23A-206ENST00000553970 574 ntTSL 4 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 L2HGDH-205ENST00000555423 841 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 AC114341.1-201ENST00000618070 349 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 RNF38-204ENST00000357058 5254 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 RELB-202ENST00000505236 2219 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 NPNT-204ENST00000453617 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 ECSIT-202ENST00000270517 1700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC87Q9NVE4 OTOP3-201ENST00000328801 2363 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.3 ms