Protein–RNA interactions for Protein: Q3V6T2

CCDC88A, Girdin, humanhuman

Predictions only

Length 1,871 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88AQ3V6T2 ZFC3H1-211ENST00000552037 1484 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC88AQ3V6T2 ISOC2-203ENST00000438389 1566 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC88AQ3V6T2 ABHD14B-202ENST00000361143 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC88AQ3V6T2 MBIP-203ENST00000416007 1648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC88AQ3V6T2 AL512380.2-201ENST00000637901 1780 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC88AQ3V6T2 FP475955.4-201ENST00000623131 1990 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC88AQ3V6T2 EIF2B1-201ENST00000424014 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC88AQ3V6T2 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC88AQ3V6T2 TRMT6-202ENST00000453074 2239 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC88AQ3V6T2 STXBP2-201ENST00000221283 1876 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC88AQ3V6T2 SEMA3B-202ENST00000418576 1765 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC88AQ3V6T2 CAMK2B-203ENST00000347193 1577 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC88AQ3V6T2 ZNF385C-201ENST00000436535 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC88AQ3V6T2 TMPRSS5-209ENST00000544634 1524 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC88AQ3V6T2 ACY1-201ENST00000404366 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC88AQ3V6T2 POMC-204ENST00000405623 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC88AQ3V6T2 EIF5A2-203ENST00000474096 570 ntTSL 4 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC88AQ3V6T2 TSFM-208ENST00000543727 651 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC88AQ3V6T2 AC020934.1-201ENST00000588469 739 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC88AQ3V6T2 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC88AQ3V6T2 EPS8L1-201ENST00000201647 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC88AQ3V6T2 MYEOV-202ENST00000441339 1996 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC88AQ3V6T2 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC88AQ3V6T2 SSX2IP-210ENST00000605755 1933 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC88AQ3V6T2 HCK-206ENST00000518730 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC88AQ3V6T2 WNT8A-204ENST00000506684 1543 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC88AQ3V6T2 ALKBH3-201ENST00000302708 1474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC88AQ3V6T2 UBR2-203ENST00000372903 2423 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC88AQ3V6T2 SLC34A3-202ENST00000538474 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC88AQ3V6T2 RPSAP43-201ENST00000402237 625 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC88AQ3V6T2 MCCC2-205ENST00000509358 1214 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC88AQ3V6T2 HAGH-208ENST00000566709 1291 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC88AQ3V6T2 LINC02084-201ENST00000606069 1096 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC88AQ3V6T2 HGFAC-204ENST00000511533 2016 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
CCDC88AQ3V6T2 HOXD10-201ENST00000249501 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
CCDC88AQ3V6T2 PI4KB-213ENST00000529142 2603 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.23
CCDC88AQ3V6T2 SMIM4-203ENST00000477703 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 LINC02028-204ENST00000449350 1419 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 SARAF-214ENST00000545648 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 HBZ-201ENST00000252951 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 INPP5F-203ENST00000369081 874 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 TEX30-206ENST00000376032 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 CST3-201ENST00000376925 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 CLDN14-205ENST00000399139 1231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 AC009567.1-201ENST00000515071 525 ntTSL 4 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 AL691403.2-201ENST00000618460 490 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 LEFTY2-202ENST00000420304 2085 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 NRG2-204ENST00000358522 2559 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 AKIRIN2-201ENST00000257787 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 YTHDF3-213ENST00000621820 2363 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 TM2D1-201ENST00000294613 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 TM2D1-204ENST00000371180 1248 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 CDC26-201ENST00000374206 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 LINC01705-201ENST00000438158 562 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 SCARNA2-201ENST00000458748 420 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 NUBP2-214ENST00000568706 913 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 TM2D1-212ENST00000606498 969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 LINC00634-201ENST00000381348 1510 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 ELMOD1-206ENST00000531234 1832 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 ADAP1-217ENST00000611167 2118 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 GPR31-201ENST00000366834 2059 ntAPPRIS P1 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 TMEM128-201ENST00000254742 1737 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 FOXD4-201ENST00000382500 1974 ntAPPRIS P1 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 SPOCK3-204ENST00000502330 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 SNX19-209ENST00000530356 1562 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 LAMTOR5-201ENST00000256644 868 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 SLC34A3-201ENST00000361134 2124 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 YBX2P1-201ENST00000394192 760 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 ZNF295-AS1-202ENST00000429739 783 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 LAMTOR5-204ENST00000483260 694 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 AC005332.3-201ENST00000589904 676 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 LAMTOR5-206ENST00000602318 634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 C6orf48-210ENST00000614363 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 GPX4-212ENST00000616066 924 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 WDR88-202ENST00000361680 1835 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 AC141586.3-201ENST00000562166 1838 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 TRIM13-206ENST00000457662 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 AL365232.1-201ENST00000423730 1636 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 NOX4-207ENST00000525196 1555 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 GCOM1-201ENST00000380568 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 AC096582.2-201ENST00000510860 516 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 IRF8-202ENST00000562492 946 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 CCDC61-202ENST00000594087 1017 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 NUTM2B-AS1-211ENST00000601369 1233 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 ST8SIA5-202ENST00000536490 1499 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 TEX264-215ENST00000611400 1488 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 STN1-201ENST00000224950 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 ANAPC13-206ENST00000514612 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 C3orf18-203ENST00000426034 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 ILDR2-203ENST00000469934 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 KLC1-208ENST00000452929 2453 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 AC114490.1-202ENST00000311990 1887 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC88AQ3V6T2 KRT89P-201ENST00000620027 1478 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36 ms