Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 UBE2J2-205ENST00000400930 1021 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 MCFD2-203ENST00000409147 671 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 EMC9-202ENST00000419198 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 MOBP-204ENST00000420739 940 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 AL845331.1-201ENST00000424978 1190 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 ZSCAN1-203ENST00000601162 813 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 SSBP1-215ENST00000612337 884 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 AL513523.2-201ENST00000633218 660 ntTSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 MARK3-206ENST00000440884 2643 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 CACNG5-202ENST00000533854 1311 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 SEPT6-202ENST00000354228 1576 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 ZAR1L-202ENST00000533490 1564 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 REEP2-201ENST00000254901 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 FBLN7-202ENST00000331203 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 DOK1-201ENST00000233668 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 SLC31A2-201ENST00000259392 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 RBM45-201ENST00000286070 1785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 USF2-202ENST00000343550 1523 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 GJC3-201ENST00000312891 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 KRTAP5-6-201ENST00000382160 561 ntAPPRIS P1 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 AC246785.2-201ENST00000432512 513 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 PNN-202ENST00000553331 656 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 SLC9A3R2-208ENST00000566198 1199 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 SRSF1-209ENST00000585096 568 ntTSL 4 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 H2BFWT-202ENST00000611083 528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 AC004263.2-201ENST00000617183 678 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 Metazoa_SRP.104-201ENST00000622099 280 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 AC124864.1-201ENST00000623408 392 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 CCNL2-201ENST00000400809 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 LINC00960-201ENST00000463183 1333 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 MAGEA6-201ENST00000329342 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 IDH3G-202ENST00000370092 1712 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 MAGEA3-201ENST00000370278 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 FLT1-204ENST00000541932 2969 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 TEKT5-201ENST00000283025 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 ZNF346-201ENST00000358149 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 DGKZ-203ENST00000421244 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 CDK2AP2-201ENST00000301488 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 COBL-210ENST00000632460 1941 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 ASL-204ENST00000395331 1538 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 SUFU-201ENST00000369899 1839 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 SNRPA1-201ENST00000254193 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 CXorf40A-202ENST00000393985 1148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 GNB1L-203ENST00000405009 1076 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 C7orf34-201ENST00000409607 766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 FAAHP1-202ENST00000446499 1238 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 KRT17P6-201ENST00000453795 1220 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 AC135586.2-201ENST00000537262 567 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 SYNGR2-202ENST00000585591 949 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 AC104971.2-201ENST00000588144 1209 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 AC008687.5-201ENST00000593746 558 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 AL121772.3-201ENST00000610840 674 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 C1orf43-210ENST00000640799 1287 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 ADAP1-216ENST00000539900 2178 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 SPACA1-201ENST00000237201 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 IFNLR1-205ENST00000374421 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 NAF1-202ENST00000422287 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 HOXC10-201ENST00000303460 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 MUS81-201ENST00000308110 2392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 NEIL3-201ENST00000264596 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 EGLN2-201ENST00000303961 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 ANXA3-201ENST00000264908 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 CLINT1-207ENST00000523908 2346 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 ZDHHC3-205ENST00000424952 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 PDLIM4-202ENST00000379018 1006 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 RPL8-202ENST00000394920 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 AC104819.1-201ENST00000504587 486 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 AP005901.3-202ENST00000581653 237 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 AC022150.1-201ENST00000599222 640 ntTSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 Z69720.1-201ENST00000601483 472 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 MRPL4-203ENST00000393733 1620 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 MEPCE-202ENST00000414441 2261 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 GHDC-212ENST00000593209 1827 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 SIGLEC14-201ENST00000360844 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 EPN3-216ENST00000537145 2223 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 THAP3-203ENST00000377627 2053 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 CPQ-201ENST00000220763 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 BIN2-210ENST00000615107 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 SEMA3D-202ENST00000444867 1605 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 TMEM234-202ENST00000344461 721 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 AP2S1-202ENST00000352203 793 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 NT5E-202ENST00000369646 974 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 SLC2A1-204ENST00000460369 541 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 KRT18P31-201ENST00000506277 1292 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 ENDOV-202ENST00000517295 908 ntTSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 AC092338.2-202ENST00000567158 611 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 C19orf25-204ENST00000586564 1265 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 AP2S1-204ENST00000597020 707 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 AL732292.2-201ENST00000609649 430 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 AC012366.1-201ENST00000615411 473 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 LINC01356-201ENST00000401018 1819 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 SSBP3-216ENST00000610401 3168 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 OARD1-202ENST00000424266 1337 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 STARD10-218ENST00000543304 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 GDPD1-201ENST00000284116 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
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