Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 ALG9-214ENST00000614444 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 CD151-203ENST00000397421 1486 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 KRT89P-201ENST00000620027 1478 ntBASIC18.9■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 PARS2-201ENST00000371279 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 AKIRIN2-201ENST00000257787 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 ST3GAL3-204ENST00000335430 1805 ntTSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 AL357033.4-201ENST00000617703 1807 ntBASIC18.89■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 CCDC91-207ENST00000539107 2440 ntTSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.62
COL4A3Q01955 CST3-202ENST00000398409 832 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.89■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 MSRB1-202ENST00000399753 847 ntTSL 3 BASIC18.89■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 ARHGAP22-204ENST00000417247 2340 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 AL365226.1-201ENST00000448363 349 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 NDUFB9-204ENST00000518008 789 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 AL449423.1-201ENST00000578935 435 ntTSL 3 BASIC18.89■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 MIR3180-4-201ENST00000582223 153 ntBASIC18.89■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 AC008481.3-201ENST00000585656 727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 AC005336.2-201ENST00000593183 939 ntBASIC18.89■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 CCNC-219ENST00000627680 896 ntTSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 HSP90B1-211ENST00000640977 1127 ntTSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 ZFC3H1-211ENST00000552037 1484 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 SCAND1-203ENST00000615116 1371 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 NARS2-201ENST00000281038 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 STX5-202ENST00000377897 1785 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 TRA2B-202ENST00000342294 288 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 DARS-AS1-202ENST00000419808 772 ntTSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 FAM197Y8-203ENST00000450145 560 ntBASIC18.89■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 GOLGA7-203ENST00000518270 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 AC116021.1-201ENST00000530049 653 ntTSL 3 BASIC18.89■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 ISCU-208ENST00000539593 1071 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 DYNLL1-204ENST00000548214 616 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 LINC01714-202ENST00000635451 896 ntTSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 NDRG2-227ENST00000554143 1980 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 MUS81-201ENST00000308110 2392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 NAPRT-203ENST00000435154 1877 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 GUCA1A-201ENST00000053469 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 AC087482.1-204ENST00000636067 2431 ntTSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 ACD-201ENST00000219251 2052 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 SEMA6C-210ENST00000621728 1918 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 C15orf56-202ENST00000623360 2129 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 SERPINB6-207ENST00000612421 1570 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 THOC3-208ENST00000513482 1796 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 TMEM191A-208ENST00000450925 1961 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 CCDC62-204ENST00000392441 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 MRGPRG-AS1-201ENST00000420873 1818 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 EMD-201ENST00000369835 966 ntTSL 3 BASIC18.88■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 ROMO1-204ENST00000374078 498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 AC018712.1-201ENST00000455767 687 ntBASIC18.88■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 RPP14-206ENST00000466547 805 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.88■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 PLXND1-205ENST00000504689 546 ntTSL 3 BASIC18.88■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 UBXN1-210ENST00000529640 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 RPL18-208ENST00000549920 1004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 RPL18-209ENST00000550645 463 ntTSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 RPL18-214ENST00000552588 559 ntTSL 3 BASIC18.88■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 LINC01711-201ENST00000598340 967 ntBASIC18.88■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 ATF5-201ENST00000423777 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 TRIM47-201ENST00000254816 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 SMARCD2-212ENST00000613943 2342 ntTSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 AC011944.1-201ENST00000316148 1900 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 WNT8A-204ENST00000506684 1543 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 WFDC1-203ENST00000568638 1319 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 LAYN-203ENST00000436913 2590 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 DLK2-203ENST00000372488 1590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 SYNDIG1L-201ENST00000331628 2607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 FAM53A-202ENST00000461064 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 CKLF-202ENST00000345436 571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 DYNLL1-203ENST00000392509 814 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.87■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 AL031284.1-201ENST00000419297 478 ntBASIC18.87■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 C1orf109-203ENST00000464085 919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 PPOX-214ENST00000535223 664 ntTSL 3 BASIC18.87■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 AC012615.3-201ENST00000592884 500 ntTSL 3 BASIC18.87■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 C2orf81-201ENST00000290390 2227 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 NFKBIZ-201ENST00000326151 2058 ntTSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 BCAM-201ENST00000270233 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 DIO1-201ENST00000322679 1658 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 SLC2A14-214ENST00000542505 1650 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 DIO1-217ENST00000617230 1656 ntTSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 ABHD11-205ENST00000437775 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 ARSI-203ENST00000515301 1429 ntTSL 4 BASIC18.87■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 CYB561-213ENST00000581573 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 SPCS1-201ENST00000233025 1082 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 SCRN1-203ENST00000409570 535 ntTSL 4 BASIC18.86■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 AP001058.1-201ENST00000423967 463 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 KRT18P67-201ENST00000432816 1264 ntBASIC18.86■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 LAT-205ENST00000454369 1262 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 CT47A11-201ENST00000457020 1294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 AC034213.1-201ENST00000507681 806 ntTSL 3 BASIC18.86■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 PAM16-208ENST00000573553 722 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 AC008608.2-201ENST00000606089 416 ntBASIC18.86■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 UROS-202ENST00000368778 1556 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 MLST8-232ENST00000569417 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 AC099343.3-201ENST00000605834 2503 ntBASIC18.86■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 IRGC-201ENST00000244314 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 MAIP1-202ENST00000392290 1386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 RHOV-201ENST00000220507 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.5 ms