Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 NDUFA12-201ENST00000327772 635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 RBCK1-206ENST00000400247 790 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 GNB2-205ENST00000419828 1285 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 SPCS2-207ENST00000530257 612 ntTSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 AC034105.1-201ENST00000563488 319 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 AC010327.4-202ENST00000591484 748 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 MTDHP3-201ENST00000594186 672 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 FAM71E1-202ENST00000595790 1225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 C1QL3-202ENST00000619991 783 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 PHOSPHO1-201ENST00000310544 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 WFDC1-203ENST00000568638 1319 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 LCAT-201ENST00000264005 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 RHOV-201ENST00000220507 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 ECSIT-202ENST00000270517 1700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 GDF5OS-201ENST00000374375 1734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 OTOP2-201ENST00000331427 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 TUBA3C-201ENST00000400113 1551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 RBM45-207ENST00000616198 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 SLC39A5-209ENST00000454355 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 ALKBH5-203ENST00000541285 1605 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 ANAPC13-206ENST00000514612 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 PTAR1-205ENST00000472967 1689 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 ATG2A-203ENST00000421419 1481 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 KLK12-202ENST00000319590 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 TTC3-203ENST00000399010 2115 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 FIS1-203ENST00000442303 631 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 KIRREL3-AS1-201ENST00000548204 586 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 AC016590.1-204ENST00000586442 813 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 RTBDN-213ENST00000592204 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 CHST13-202ENST00000615522 1146 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 TBC1D10A-204ENST00000403477 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 PLBD1-201ENST00000240617 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 POLD2-201ENST00000223361 1597 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 UBE2E1-202ENST00000346855 1398 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 ARSI-203ENST00000515301 1429 ntTSL 4 BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 CD209-210ENST00000601951 1439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 EEF1AKMT2-201ENST00000368836 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 TEX264-215ENST00000611400 1488 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 AL390879.2-201ENST00000424306 2222 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 IRGQ-205ENST00000602269 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 DVL3-203ENST00000431765 2294 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 JAM2-202ENST00000400532 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 KRT81-202ENST00000615839 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 MED16-201ENST00000269814 1199 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 C18orf32-201ENST00000318240 1128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 MED15P5-201ENST00000423150 992 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 AL591424.1-201ENST00000442569 1213 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 RNASEH2C-202ENST00000527610 835 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 KCTD10-211ENST00000540411 866 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 AC021739.2-201ENST00000558375 964 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 AC099518.3-201ENST00000564808 809 ntAPPRIS P5 TSL 4 BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 AC005256.1-202ENST00000592934 415 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 AL022328.4-201ENST00000608025 1001 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 AP001269.4-201ENST00000609611 512 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 LINC01635-202ENST00000635097 1023 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 TPD52-211ENST00000519303 1594 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 SEC22C-202ENST00000273156 1608 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 ALDH7A1-215ENST00000553117 1935 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 DNAAF3-207ENST00000527223 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 LPAR2-202ENST00000542587 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 ACAP3-201ENST00000353662 2280 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 STN1-201ENST00000224950 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 DTX2-212ENST00000446820 1770 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 SLC6A18-201ENST00000324642 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 FCN1-201ENST00000371806 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 SPDYC-201ENST00000377185 991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 MIEF2-202ENST00000395703 718 ntTSL 3 BASIC20.44■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 DUSP15-204ENST00000398083 1212 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 C22orf39-203ENST00000399568 1005 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 AFG3L1P-210ENST00000431757 569 ntTSL 4 BASIC20.44■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 SMIM27-204ENST00000453396 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.44■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 AC112482.1-201ENST00000492080 688 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 PDCD6-207ENST00000509581 1156 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 MTUS2-205ENST00000542829 1165 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 ARMC7-203ENST00000581078 1002 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 IER2-202ENST00000587885 1291 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.44■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 NUTM2B-AS1-211ENST00000601369 1233 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 GRB7-202ENST00000394204 1667 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 CHTOP-207ENST00000614256 1840 ntTSL 3 BASIC20.43■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 ABHD14B-202ENST00000361143 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 CTSG-201ENST00000216336 886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
COL6A1P12109 TMEM219-201ENST00000279396 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.4 ms