Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 AC145285.3-201ENST00000564603 959 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 IER2-202ENST00000587885 1291 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 MKNK2-212ENST00000591588 631 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 FAM25C-201ENST00000617224 319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 NDOR1-201ENST00000344894 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 EARS2-206ENST00000563232 1709 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 KRT13-202ENST00000336861 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 ARFRP1-207ENST00000612157 1698 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 GPR83-202ENST00000539203 1909 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 AC114490.1-202ENST00000311990 1887 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 FOXP3-201ENST00000376197 1326 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 LINC02138-201ENST00000378340 1326 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 FSTL3-201ENST00000166139 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 KCNIP4-205ENST00000382152 1767 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 PHOSPHO2-201ENST00000359744 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 FAM99B-201ENST00000382166 1067 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 AL049569.1-201ENST00000446261 636 ntTSL 3 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 AP000688.1-201ENST00000535199 1221 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 RPS15-207ENST00000591032 550 ntTSL 3 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 SYNGR4-204ENST00000601610 859 ntTSL 3 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 CSF3-206ENST00000577675 1360 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 PDLIM3-202ENST00000284770 1766 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 AL512380.2-201ENST00000637901 1780 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 DENND6A-201ENST00000311128 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 MRPL55-208ENST00000366734 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 MRPL55-217ENST00000366746 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 PSMB8-202ENST00000374882 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 YBX2P1-201ENST00000394192 760 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 UPK3A-202ENST00000396082 627 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 MVB12A-211ENST00000529939 1091 ntTSL 3 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 FCGRT-210ENST00000596975 1054 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 AC134684.3-201ENST00000641758 218 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 HTD2-206ENST00000481972 1378 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 ULK1-201ENST00000321867 5310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 ILDR2-203ENST00000469934 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 HAUS4-218ENST00000555986 1626 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 LCE1B-201ENST00000360090 1139 ntAPPRIS P1 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 ICAM4-202ENST00000380770 1211 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 KRT18P3-201ENST00000451602 1288 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 COX6C-204ENST00000520271 571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 IGHV3-22-201ENST00000520721 359 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 AC021739.2-201ENST00000558375 964 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 ARMC7-203ENST00000581078 1002 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 LINC01842-201ENST00000588275 768 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 ANAPC13-206ENST00000514612 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 DLK2-203ENST00000372488 1590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 MRPL2-202ENST00000388752 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 DHRS3-204ENST00000616661 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 LPAR2-202ENST00000542587 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 P2RY6-204ENST00000393592 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 ZNF821-221ENST00000611294 1833 ntTSL 3 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 AL512353.2-201ENST00000448759 1962 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 EEF1AKMT2-201ENST00000368836 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 CIRBP-202ENST00000413636 1606 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 RHOV-201ENST00000220507 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 TM2D1-204ENST00000371180 1248 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 ASGR1-202ENST00000380920 944 ntTSL 3 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 ASMTL-202ENST00000381333 2035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 CLDN14-205ENST00000399139 1231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 ICAM2-203ENST00000449662 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 EBLN3P-205ENST00000629870 958 ntTSL 3 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 STARD3-209ENST00000544210 1666 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 PAN3-AS1-201ENST00000563843 1351 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 CTNNBL1-201ENST00000361383 1925 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 HSP90B1-210ENST00000614327 1338 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 PCSK6-217ENST00000618548 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 PIGU-202ENST00000374820 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 POMC-203ENST00000395826 959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 RCN1P2-201ENST00000398357 915 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 AL591424.1-201ENST00000442569 1213 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 DNAJB3-201ENST00000446806 729 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 NCBP2-AS1-201ENST00000447775 562 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 AC092910.1-201ENST00000482027 1129 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 TSPAN4-214ENST00000525201 834 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 AC139749.1-201ENST00000534584 1094 ntTSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 AC016590.1-204ENST00000586442 813 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 MARK4-211ENST00000622871 1147 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC9Q9Y3X0 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 ACD-215ENST00000620761 1483 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 MAML1-201ENST00000292599 5723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 LMO4-202ENST00000370544 5405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 SSBP3-216ENST00000610401 3168 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 WDSUB1-202ENST00000359774 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 INF2-204ENST00000398337 1689 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 AC012615.6-201ENST00000593201 1697 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.8 ms