Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 VPS26B-202ENST00000525095 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 NR1H2-210ENST00000598168 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 CNOT6-201ENST00000261951 6176 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 DNAJC28-201ENST00000314399 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 PLPP2-201ENST00000269812 1228 ntTSL 3 BASIC17.63■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 ZNF584-202ENST00000322834 1042 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 NDUFA12-201ENST00000327772 635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 IFI6-201ENST00000339145 822 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 ELP6-205ENST00000439305 880 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 AL929554.1-201ENST00000568665 460 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.63■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.63■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 SNAP47-201ENST00000315781 2367 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 AC012615.6-201ENST00000593201 1697 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 ULK2-201ENST00000361658 3908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 WWOX-214ENST00000566780 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 SRRM3-204ENST00000611745 3612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 EMX2-203ENST00000553456 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 CCDC34-201ENST00000317945 2109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 ABCG4-206ENST00000622721 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 CSPG5-202ENST00000383738 4161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 KRT8P45-201ENST00000414328 1447 ntBASIC17.63■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 STMN4-202ENST00000350889 2288 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 TTLL10-203ENST00000379290 2283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 CTSA-201ENST00000191018 1898 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 AHCYL1-202ENST00000369799 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 TRIP6-201ENST00000200457 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 SAMD14-203ENST00000503131 1938 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 CD55-206ENST00000391921 2433 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 CCDC50-202ENST00000392456 2454 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 ATRIP-202ENST00000346691 2509 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 HOXA9-201ENST00000343483 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 AC138028.1-201ENST00000333666 2137 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 SLC2A14-214ENST00000542505 1650 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 PPHLN1-213ENST00000549190 1777 ntTSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 KRTAP5-3-201ENST00000399685 899 ntAPPRIS P1 BASIC17.62■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 CHCHD6-204ENST00000508789 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 AC090970.2-201ENST00000561318 865 ntTSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 RABAC1-210ENST00000601891 628 ntTSL 3 BASIC17.62■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 AC145285.6-201ENST00000604632 637 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 AL590627.2-201ENST00000637510 144 ntTSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 SH3BP2-202ENST00000435136 2318 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 KRT18P22-201ENST00000402024 1347 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 ISL2-201ENST00000290759 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 AC009113.1-201ENST00000570267 2443 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 MAP4K4-204ENST00000350198 7316 ntTSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 GGPS1-206ENST00000488594 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 CDCA7L-203ENST00000406877 3066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 RNF114-201ENST00000244061 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 SNX4-201ENST00000251775 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 PDXK-219ENST00000621478 1967 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 BTG3-201ENST00000339775 1485 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 OGFOD2-205ENST00000454694 1488 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 PDE8A-202ENST00000339708 2663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 NARFL-201ENST00000251588 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 NBL1-212ENST00000621723 2133 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 SNHG10-201ENST00000500370 1531 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 PHB2-203ENST00000535923 1515 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 RGS9BP-201ENST00000334176 2894 ntAPPRIS P1 BASIC17.62■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 MYEOV-201ENST00000308946 2287 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 CYR61-201ENST00000451137 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 SLC25A51-202ENST00000377716 1691 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.61■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 PTPRK-218ENST00000525459 1722 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 ZGPAT-202ENST00000355969 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 RNF135-201ENST00000324689 1905 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 TIMM13-201ENST00000215570 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 TMEM214-203ENST00000404032 2830 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 PTPRE-201ENST00000254667 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 LONP1-215ENST00000593119 2918 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 RIMBP3C-201ENST00000331505 5475 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 ILF2-202ENST00000368681 726 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 ZNF534-203ENST00000432303 956 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 LINC01534-202ENST00000433232 554 ntTSL 3 BASIC17.61■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 C20orf166-AS1-202ENST00000436101 761 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 PHB2-202ENST00000440277 996 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 TMA16-209ENST00000513272 803 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 AP006621.4-201ENST00000527021 532 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 WWOX-216ENST00000569818 525 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 RNF165-206ENST00000590330 1049 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 ZNF134-203ENST00000600344 483 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 FP565260.3-205ENST00000620481 816 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 DUS1L-202ENST00000354321 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 PEX16-202ENST00000378750 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 PCBP3-206ENST00000400314 2202 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 CITED2-201ENST00000367651 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 ARID3C-201ENST00000378909 1411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 SYT8-202ENST00000381968 1424 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 AC034236.2-201ENST00000606662 1610 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 GTF2H4-202ENST00000376316 1673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 TICAM1-202ENST00000621756 1650 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 SORCS3-201ENST00000369699 5530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 OSTM1-201ENST00000193322 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 CADPS-201ENST00000283269 4591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 MACROD2-201ENST00000217246 4994 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 AC093627.4-201ENST00000484550 5008 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 STRN4-202ENST00000391910 3628 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 LDLRAD4-211ENST00000587757 2171 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 COBL-202ENST00000395540 2332 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
ATG4BQ9Y4P1 PTTG1IP-204ENST00000445724 2497 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.5 ms