Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 ADAMTS8-201ENST00000257359 4010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 IL17RC-201ENST00000295981 2621 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 NT5C1A-201ENST00000235628 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 PHOSPHO2-201ENST00000359744 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 FAM207BP-201ENST00000447172 505 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 BABAM1-202ENST00000447614 930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 ASPHD1-203ENST00000483405 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.39■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 AC008771.1-201ENST00000508000 1151 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 AP002433.1-201ENST00000525548 964 ntTSL 3 BASIC20.39■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 PRSS35-201ENST00000369700 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 SAMD3-202ENST00000368134 2377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 SLC22A4-201ENST00000200652 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 ATP6V0A2-201ENST00000330342 6542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 POLD3-203ENST00000527458 2122 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 TJP3-205ENST00000587686 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 AC118553.2-202ENST00000638792 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 NPBWR1-201ENST00000331251 2687 ntAPPRIS P1 BASIC20.39■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 PTPA-206ENST00000358994 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 TNFAIP1-202ENST00000544907 1656 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 QPRT-202ENST00000395384 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 IL17RC-206ENST00000416074 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 STEAP1B-201ENST00000404369 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 SPPL2C-201ENST00000329196 2238 ntAPPRIS P1 BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 KHDC1-202ENST00000370384 1430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 FNBP1-201ENST00000355681 1977 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 BOD1L2-201ENST00000585477 3239 ntAPPRIS P1 BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 LINC00535-201ENST00000501400 1914 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 ACOT8-201ENST00000217455 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 ABCC5-211ENST00000446941 883 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 AC019257.1-201ENST00000517676 557 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 CFL2-205ENST00000555765 632 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 CLN6-206ENST00000565471 1075 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 AC020922.2-201ENST00000596786 359 ntTSL 4 BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 AC008622.2-201ENST00000617006 1229 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 CORO1C-204ENST00000541050 2487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 ZFP92-201ENST00000338647 6105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 MAPKAP1-205ENST00000373503 3045 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 ULK1-201ENST00000321867 5310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 KMT5B-206ENST00000405515 2869 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 SCYL1-202ENST00000279270 1659 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 PTTG1IP-201ENST00000330938 2760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 BRPF3-202ENST00000357641 6052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 ASPRV1-201ENST00000320256 2177 ntAPPRIS P1 BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 NTRK1-203ENST00000392302 2609 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 FERMT2-204ENST00000399304 2082 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 TADA3-202ENST00000343450 2554 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 HEXIM2-201ENST00000307275 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 AL034417.2-201ENST00000445300 2044 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 ADGRB1-201ENST00000323289 5527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 RNFT2-204ENST00000407967 2415 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 FAM83H-201ENST00000388913 5654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 ZNF74-201ENST00000357502 2788 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 PRSS23-201ENST00000280258 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 ULK3-220ENST00000569437 2611 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 FARP2-202ENST00000373287 2580 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 ENSA-205ENST00000361532 792 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 FAM167B-201ENST00000373582 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 AP000697.1-201ENST00000430607 339 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 SLC25A6P5-201ENST00000435663 894 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 B3GAT3P1-201ENST00000471720 806 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 ICAM2-207ENST00000579687 1154 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 AF186192.3-201ENST00000583427 947 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 ZNF667-AS1-208ENST00000594783 475 ntTSL 3 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 AC073195.1-201ENST00000607241 877 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 CDK4-202ENST00000312990 1650 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 OLFM2-203ENST00000590841 1665 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 APMAP-201ENST00000217456 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 AC027097.1-202ENST00000592201 1954 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 PNPO-201ENST00000225573 2256 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 GFY-201ENST00000576655 1876 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 MAP6-201ENST00000304771 3334 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 AC138028.4-201ENST00000564984 1845 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 ROR1-201ENST00000371079 5832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 DDX17-211ENST00000640332 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 DDX17-212ENST00000640668 2196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 FAM99A-201ENST00000382167 1432 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 GSDMD-206ENST00000526406 2496 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 FRS3-201ENST00000259748 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 SMPD3-211ENST00000568373 2073 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 DHRS4-204ENST00000543741 1340 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 ULK2-201ENST00000361658 3908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 RNF135-201ENST00000324689 1905 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 MESTP1-201ENST00000404287 994 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 TK2-204ENST00000525974 1178 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 MIR6786-201ENST00000616843 113 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 ADORA1-208ENST00000618295 862 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 STYXL1-208ENST00000451157 1570 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 KLF6-204ENST00000469435 2169 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 ISLR2-210ENST00000565540 2780 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.36■□□□□ 0.85
LIMA1Q9UHB6 TPD52L1-202ENST00000368388 2147 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.9 ms