Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0D2

ZNF541, Zinc finger protein 541, humanhuman

Predictions only

Length 1,346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF541Q9H0D2 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 MRPS34-201ENST00000177742 1040 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 NANS-201ENST00000210444 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 FTMT-201ENST00000321339 879 ntAPPRIS P1 BASIC22.3■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 NECTIN1-202ENST00000340882 1059 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 MIEF2-202ENST00000395703 718 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 RBM17P3-201ENST00000417687 1192 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 FIS1-203ENST00000442303 631 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 SMIM27-204ENST00000453396 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 AC021739.2-201ENST00000558375 964 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 IER2-202ENST00000587885 1291 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 MKNK2-212ENST00000591588 631 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 LINC01607-201ENST00000607172 621 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 AL022328.4-201ENST00000608025 1001 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 FAM197Y3-203ENST00000618346 717 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 PSMA6-216ENST00000627895 484 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 KREMEN2-201ENST00000303746 2326 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 NUDT16-201ENST00000502852 1552 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 NECTIN3-211ENST00000493615 1876 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 JAM2-202ENST00000400532 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 CD209-210ENST00000601951 1439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 PCED1A-201ENST00000356872 1706 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 TBC1D10A-204ENST00000403477 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 PRRG3-205ENST00000538575 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 TMEM219-201ENST00000279396 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 KLK12-202ENST00000319590 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 SUSD4-203ENST00000344029 1056 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 SPDYC-201ENST00000377185 991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 LBH-204ENST00000406087 559 ntTSL 4 BASIC22.29■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 GNB2-205ENST00000419828 1285 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 AC093585.1-201ENST00000425183 428 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 RBM14-RBM4-203ENST00000500635 829 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 AC027117.2-201ENST00000522768 510 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 AC013356.2-201ENST00000559730 729 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 ANKRD34C-AS1-205ENST00000560452 576 ntTSL 4 BASIC22.29■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 AC007193.2-201ENST00000596807 472 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 NXNL2-205ENST00000618633 739 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 ABHD5-205ENST00000458276 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 ARAP1-AS2-201ENST00000500163 1824 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 IGF2-207ENST00000434045 1583 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 HNRNPDL-210ENST00000630827 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 B4GALT2-201ENST00000309519 2004 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 CACNG7-201ENST00000222212 1016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 CCS-201ENST00000310190 942 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 NDUFA12-201ENST00000327772 635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 FCN1-201ENST00000371806 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 UPK3A-202ENST00000396082 627 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 RBCK1-206ENST00000400247 790 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 DDT-203ENST00000403754 569 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 DHDH-204ENST00000523250 634 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 COQ7-208ENST00000568985 714 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 LINC01956-202ENST00000584273 612 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 RLN3-202ENST00000585987 541 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 NUTM2B-AS1-211ENST00000601369 1233 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 TSPAN4-204ENST00000397404 1462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 DNAJC28-203ENST00000402202 1480 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 ACY1-201ENST00000404366 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 THOP1-202ENST00000395212 1877 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 TEAD4-201ENST00000358409 1637 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 VSX1-202ENST00000376709 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 TMPRSS5-209ENST00000544634 1524 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 REEP4-202ENST00000334530 1476 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 TP73-AS1-210ENST00000637775 1455 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 C18orf32-201ENST00000318240 1128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 PARK7-203ENST00000377491 977 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 YBX2P1-201ENST00000394192 760 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 MRPS12-203ENST00000407800 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 ICAM2-203ENST00000449662 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 PDCD6-207ENST00000509581 1156 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 RNASEH2C-202ENST00000527610 835 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 TWSG1-202ENST00000581641 1119 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
ZNF541Q9H0D2 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
ZNF541Q9H0D2 DMAP1-201ENST00000315913 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
ZNF541Q9H0D2 PPP5C-202ENST00000391919 1929 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
ZNF541Q9H0D2 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
ZNF541Q9H0D2 MCIDAS-201ENST00000513312 1736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
ZNF541Q9H0D2 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
ZNF541Q9H0D2 FARSA-207ENST00000588025 2057 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
ZNF541Q9H0D2 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
ZNF541Q9H0D2 TEX264-215ENST00000611400 1488 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
ZNF541Q9H0D2 C1QC-201ENST00000374637 1089 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
ZNF541Q9H0D2 FAM99B-201ENST00000382166 1067 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29 ms