Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 ARHGAP8-201ENST00000336963 1487 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 AC104109.2-201ENST00000602919 1418 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 NDOR1-201ENST00000344894 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 C19orf66-201ENST00000253110 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 AC021739.2-201ENST00000558375 964 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 ANKRD20A8P-203ENST00000641373 517 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 NOX4-207ENST00000525196 1555 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 POLD4-205ENST00000529704 1486 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 TEX264-215ENST00000611400 1488 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 NR2F1-205ENST00000615873 1427 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 GLB1-201ENST00000307363 2616 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 MAPK15-201ENST00000338033 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 IRGQ-205ENST00000602269 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 KLHL14-201ENST00000358095 1884 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 TNFSF13-205ENST00000396545 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 POMC-203ENST00000395826 959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 DUSP15-204ENST00000398083 1212 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 MED15P5-201ENST00000423150 992 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 NCBP2-AS1-201ENST00000447775 562 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 RNASEH2C-202ENST00000527610 835 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 SPCS2-207ENST00000530257 612 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 MKNK2-212ENST00000591588 631 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 GZMM-202ENST00000592501 941 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 AP001160.2-201ENST00000596071 487 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 AL356488.2-201ENST00000602755 427 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 CHST13-202ENST00000615522 1146 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 SYT5-202ENST00000537500 2612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 TRIP4-201ENST00000261884 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 EEF1AKMT2-201ENST00000368836 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 SLC2A14-214ENST00000542505 1650 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 MBIP-203ENST00000416007 1648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 NECTIN3-211ENST00000493615 1876 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 KLF2-201ENST00000248071 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 RAB34-204ENST00000395245 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 CTSG-201ENST00000216336 886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 MED16-201ENST00000269814 1199 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 RPL36-201ENST00000347512 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 TNFSF13-204ENST00000396542 726 ntTSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 GPX1P2-201ENST00000429271 606 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 RPS27L-204ENST00000455271 923 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 RAB42-202ENST00000465518 857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 AC008610.1-201ENST00000504573 393 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 RDH5-202ENST00000547072 1054 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 AC005336.2-201ENST00000593183 939 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 LINC02084-201ENST00000606069 1096 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 AP001269.4-201ENST00000609611 512 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 HAND2-AS1-237ENST00000616485 2420 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 FAM217A-208ENST00000639338 1929 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 PHLDB3-201ENST00000292140 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 THOP1-202ENST00000395212 1877 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 SEC22C-202ENST00000273156 1608 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 PDZD7-201ENST00000370215 2032 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 HGFAC-204ENST00000511533 2016 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 SCAND1-203ENST00000615116 1371 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 ACOT2-204ENST00000613168 1553 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 PFN2-203ENST00000452853 1780 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 TP73-AS1-210ENST00000637775 1455 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 UPK3A-202ENST00000396082 627 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 RPSAP43-201ENST00000402237 625 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 LBH-204ENST00000406087 559 ntTSL 4 BASIC25.21■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 HNRNPA1P28-201ENST00000424481 961 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 AL591424.1-201ENST00000442569 1213 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 ICAM2-203ENST00000449662 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 AC010327.4-202ENST00000591484 748 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 WNT7B-204ENST00000410089 2202 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 LRRC23-201ENST00000007969 1615 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 IGF2-207ENST00000434045 1583 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 TMEM74-201ENST00000297459 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 LINC00466-207ENST00000634725 1736 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 PVR-204ENST00000406449 1344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 PRRG3-205ENST00000538575 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 DNAJC28-203ENST00000402202 1480 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 HSPB1-201ENST00000248553 909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 ENTPD8-201ENST00000344119 2111 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 GNB2-205ENST00000419828 1285 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 NMU-202ENST00000505262 693 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 COX5A-204ENST00000567270 579 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 SNHG15-206ENST00000580528 1073 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 NUTM2B-AS1-211ENST00000601369 1233 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 LINC01635-202ENST00000635097 1023 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 ANAPC13-206ENST00000514612 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
NPHP3Q7Z494 SLC16A5-201ENST00000329783 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.5 ms