Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 MAFG-202ENST00000392366 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 CD19-206ENST00000567541 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 SYNDIG1L-201ENST00000331628 2607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 EEF1A1-203ENST00000331523 1923 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 UPP1-201ENST00000331803 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 GPR83-202ENST00000539203 1909 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 GRK2-201ENST00000308595 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 MEN1-208ENST00000394374 3155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 SMARCC1-201ENST00000254480 6375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 COL9A3-201ENST00000343916 2485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 ZNF385C-201ENST00000436535 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 SLC3A2-202ENST00000377889 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 GPR146-201ENST00000397095 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 TBX21-201ENST00000177694 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 SOCS2-201ENST00000340600 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 FEM1AP3-201ENST00000403722 1741 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 MAP3K7CL-206ENST00000399928 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 FAM217A-208ENST00000639338 1929 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 KMT5C-201ENST00000255613 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 TP53BP2-202ENST00000391878 4741 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 FAM83H-201ENST00000388913 5654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 SPRYD7-204ENST00000613924 2285 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 PDE9A-206ENST00000380328 1875 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 DHRS4-203ENST00000397075 727 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 HDAC11-204ENST00000404040 967 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 PLAC8-202ENST00000411416 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 CT47A4-201ENST00000415858 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 CT47A9-201ENST00000417256 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 NAT6-202ENST00000417393 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 CT47A6-201ENST00000419194 1298 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 CT47A10-201ENST00000430448 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 SPAG16-207ENST00000432529 1250 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 CT47A5-201ENST00000439466 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 CT47A3-201ENST00000441330 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 AL445472.1-201ENST00000452532 1007 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 CT47A8-201ENST00000457977 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 CT47A2-201ENST00000458218 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 CNP-204ENST00000472031 1019 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 ANKRD34C-AS1-201ENST00000557790 594 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 BIRC5-207ENST00000590449 568 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 AL117335.1-203ENST00000619200 948 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 BCL10-202ENST00000620248 774 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 SPACA6-213ENST00000637797 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 HMGA1-205ENST00000447654 2159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 PHF12-202ENST00000332830 4759 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 TMEM104-202ENST00000417024 1781 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 SEPT6-202ENST00000354228 1576 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 ZDHHC18-202ENST00000374142 5020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 KIAA1324L-208ENST00000450689 6841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 AC008073.3-201ENST00000610442 2281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 ACTL6B-201ENST00000160382 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 HEXIM2-201ENST00000307275 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 PNKP-224ENST00000631020 1545 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 ZFP92-201ENST00000338647 6105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 ANKRD53-202ENST00000360589 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 AL109659.2-201ENST00000606809 1674 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 EVL-202ENST00000402714 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 REEP2-202ENST00000378339 2170 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 AP5S1-203ENST00000379573 1848 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 MRGPRG-AS1-201ENST00000420873 1818 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 IRX1P1-201ENST00000438849 1838 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 MYOZ3-203ENST00000517768 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 CAB39-202ENST00000409788 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 BRAF-201ENST00000288602 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 S100A11-201ENST00000271638 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 SUMF2-203ENST00000395435 1287 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 PMEPA1-204ENST00000395814 800 ntTSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 AC093901.1-201ENST00000414886 778 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 TMEM135-209ENST00000532959 1149 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 CLDN7-204ENST00000571881 735 ntTSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 IFNL4-202ENST00000616270 1132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 AC079602.3-201ENST00000623931 403 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 GRM5-201ENST00000305432 4475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 STMN3-201ENST00000370053 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 BRSK1-201ENST00000309383 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 CAPZB-202ENST00000264203 2068 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 PAX1-205ENST00000613128 5352 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 SLC39A1-209ENST00000537590 2022 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 YDJC-201ENST00000292778 1351 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 UBE2K-203ENST00000445950 2175 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 ZHX3-212ENST00000558993 1528 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 GAS7-210ENST00000579158 1528 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 TRAPPC12-202ENST00000382110 2483 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 TSR1-201ENST00000301364 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 AC129492.1-201ENST00000399413 1804 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 FBXO24-201ENST00000241071 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 TRAPPC3-209ENST00000616395 1336 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 TSPAN4-204ENST00000397404 1462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 AURKA-202ENST00000347343 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 MZF1-203ENST00000594234 2385 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 MTSS1L-201ENST00000338779 4992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 BAALC-203ENST00000309982 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 CENPX-201ENST00000306704 751 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 MPG-203ENST00000397817 1039 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 MAFF-202ENST00000407965 2325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 EMC9-202ENST00000419198 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 KRT18P23-201ENST00000435622 1283 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 MYD88-206ENST00000443433 914 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 AC116353.4-201ENST00000507279 576 ntTSL 4 BASIC18.02■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.3 ms