Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 ZFAND2A-203ENST00000401903 968 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 AL645929.1-201ENST00000420084 975 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 MCCD1P1-208ENST00000445732 328 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 AP003396.1-201ENST00000501918 507 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 AC087623.2-201ENST00000528407 534 ntTSL 4 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 AC011247.3-202ENST00000605062 570 ntTSL 4 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 BCL10-202ENST00000620248 774 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 SEPT11-201ENST00000264893 5593 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 PRKAG2-203ENST00000418337 2318 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 METRNL-203ENST00000571814 1900 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 SLC22A23-203ENST00000406686 5658 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 SDK1-202ENST00000404826 10397 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 HR-202ENST00000381418 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 CERS6-201ENST00000305747 7217 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 RFXANK-205ENST00000456252 1325 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 THOP1-202ENST00000395212 1877 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 AKIRIN2-201ENST00000257787 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 NFATC1-217ENST00000591814 4819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 OTOP2-201ENST00000331427 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 AC007952.6-201ENST00000573168 2673 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 AC003957.1-201ENST00000625108 2673 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 SLC25A3-201ENST00000188376 1909 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 MUS81-201ENST00000308110 2392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 OR10H5-201ENST00000308940 1132 ntAPPRIS P1 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 ATP5G2P1-201ENST00000433580 426 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 CNP-204ENST00000472031 1019 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 HELT-202ENST00000505610 846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 MIR3180-5-201ENST00000583743 153 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 WDR88-203ENST00000592765 651 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 DNAJB6-218ENST00000634080 1005 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 NDUFAB1-201ENST00000007516 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 CSNK2A2-201ENST00000262506 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 PTPRK-218ENST00000525459 1722 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 AGFG1-201ENST00000310078 8668 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 LRPPRC-202ENST00000409659 1610 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 CACNA1B-204ENST00000371357 9642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 L3HYPDH-201ENST00000247194 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 TNFRSF1A-213ENST00000540022 1527 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 DSCC1-201ENST00000313655 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 PLD4-204ENST00000540372 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 MAGI3-201ENST00000307546 6430 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 FXR2-201ENST00000250113 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 DUT-202ENST00000455976 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 KLRG2-201ENST00000340940 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 TSNAXIP1-202ENST00000415766 2338 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 SHC3-202ENST00000375835 9768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 ANTXR1-203ENST00000409829 2221 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 AC096719.1-201ENST00000510705 1874 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 AC003075.1-204ENST00000433005 540 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 MRPL2-208ENST00000489623 570 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 LINC00092-202ENST00000580908 580 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 L34079.3-201ENST00000600242 546 ntTSL 4 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 RABAC1-210ENST00000601891 628 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 CYP2E1-205ENST00000463117 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 KIAA1549-201ENST00000422774 6283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 AC093484.2-201ENST00000580996 2166 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 CACNA1A-215ENST00000635727 7536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 NLRP6-201ENST00000312165 2679 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 UBE2O-201ENST00000319380 5436 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 AC005906.2-203ENST00000640962 2091 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 CFP-203ENST00000396992 1592 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 NTMT1-203ENST00000372483 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 STXBP6-203ENST00000419632 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 SSC5D-201ENST00000389623 4845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 PCID2-202ENST00000337344 1898 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 GOSR2-210ENST00000576910 1891 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 AC009133.6-201ENST00000609618 2252 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 DUSP1-201ENST00000239223 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 FFAR3-201ENST00000327809 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 TM9SF1-203ENST00000524835 1938 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 CDH5-204ENST00000563425 1932 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 UBE2Z-201ENST00000360943 3122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 PAFAH1B3-201ENST00000262890 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 RPA2-201ENST00000313433 1237 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 PLAC8-202ENST00000411416 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 AL161452.1-201ENST00000415062 1117 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 TFF3-204ENST00000518498 1109 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 AL117335.1-203ENST00000619200 948 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 IFNL4-203ENST00000634680 1421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 SKOR2-202ENST00000425639 3899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 MYEOV-202ENST00000441339 1996 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 FAM76B-204ENST00000536839 2546 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 MRGPRF-201ENST00000309099 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 ANGPTL4-201ENST00000301455 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 ARID3A-201ENST00000263620 5941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 PACS2-203ENST00000447393 6365 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 FLYWCH1-201ENST00000253928 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 BAZ1B-201ENST00000339594 6102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 C1QTNF1-209ENST00000581774 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 PLPP4-202ENST00000398250 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 ITGB7-209ENST00000550743 2138 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 RELB-207ENST00000625761 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 FUOM-201ENST00000278025 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 MED25-201ENST00000312865 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 TH-203ENST00000352909 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 GDF5OS-201ENST00000374375 1734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.5 ms