Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 HYOU1-212ENST00000532519 2162 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 AC009090.2-201ENST00000565829 472 ntTSL 3 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 ICAM2-207ENST00000579687 1154 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 RN7SL471P-201ENST00000580476 299 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 KRT13-208ENST00000587544 1456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 FBXO17-202ENST00000595329 1299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 AC020922.2-201ENST00000596786 359 ntTSL 4 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 AC124016.1-201ENST00000609552 612 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 P2RX3-204ENST00000616487 1346 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 AC018445.1-201ENST00000621571 568 ntTSL 4 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 AC068587.9-201ENST00000641814 219 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 LTBP2-205ENST00000556690 5614 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 KAT2A-201ENST00000225916 3109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 RFTN1-201ENST00000334133 2982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 SPATA20-226ENST00000619622 2769 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 KLHL40-201ENST00000287777 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 EI24-201ENST00000278903 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 ATXN2-201ENST00000377617 4702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 ADK-206ENST00000541550 2222 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 LDLRAD4-211ENST00000587757 2171 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 KDM6A-212ENST00000543216 5655 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 OSM-201ENST00000215781 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 SERPINA4-201ENST00000298841 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 P2RY6-201ENST00000349767 1700 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 C7orf49-202ENST00000424142 1738 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 ZNF74-202ENST00000400451 3159 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 BPIFB3-201ENST00000375494 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 CRYZL1-203ENST00000381540 1482 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 KRT8P32-201ENST00000512863 1461 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 NFATC4-202ENST00000413692 5700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 JAKMIP1-208ENST00000637373 1362 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 SLC38A10-201ENST00000288439 2708 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 NDUFB10-201ENST00000268668 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 RPP25L-201ENST00000297613 1092 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 YWHAZ-209ENST00000419477 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 AP002982.1-201ENST00000492365 877 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 RPS23-206ENST00000510210 1058 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 AC026271.3-201ENST00000571884 352 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 AC006504.5-207ENST00000586220 487 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 PTP4A1-201ENST00000370651 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 CEP78-201ENST00000277082 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 ZNF211-204ENST00000347302 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 SNAP47-201ENST00000315781 2367 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 ARHGAP22-203ENST00000374172 2380 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 ZNF598-204ENST00000563630 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 AC135050.7-201ENST00000624508 2218 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 NBPF11-205ENST00000615281 5494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 CPZ-201ENST00000315782 2136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 CCKBR-203ENST00000525462 2138 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 TMEM214-201ENST00000238788 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 TTLL3-209ENST00000426895 2767 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 MFSD10-205ENST00000507555 1573 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 DIDO1-207ENST00000395343 8477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 UCHL5-202ENST00000367449 1507 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 KRT8P11-201ENST00000409686 1436 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 LINC02028-204ENST00000449350 1419 ntTSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 AC112777.1-201ENST00000540175 1423 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 AC138028.1-201ENST00000333666 2137 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 GOLPH3-201ENST00000265070 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 AC018755.2-202ENST00000429354 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 NMRK1-201ENST00000361092 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 TLCD1-202ENST00000394933 784 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 AC004980.1-204ENST00000429707 299 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 TBX20-201ENST00000408931 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 ADAMTS16-201ENST00000274181 4979 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 STOML1-209ENST00000564777 1849 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 AGTR1-201ENST00000349243 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 CLEC10A-201ENST00000254868 1797 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 DOC2A-208ENST00000564944 1782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 LINC01979-201ENST00000576738 5271 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 TLK2-203ENST00000346027 3449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 ZBTB48-202ENST00000377674 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 AC005082.1-201ENST00000413042 2259 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 ZCCHC17-205ENST00000615916 1652 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 C6orf223-202ENST00000439969 2757 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 MYBL2-202ENST00000396863 2704 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 TMEM91-210ENST00000542945 1610 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 HLA-G-205ENST00000428701 1578 ntAPPRIS P2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 RBM7-201ENST00000375490 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 NFATC4-228ENST00000556759 2025 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 FKRP-202ENST00000391909 2801 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 AC114490.1-202ENST00000311990 1887 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 HOXB8-201ENST00000239144 1823 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 FDXR-214ENST00000581530 1827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 MYEOV-201ENST00000308946 2287 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 RELA-202ENST00000406246 2700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 KCTD2-201ENST00000322444 3635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 RAPH1-211ENST00000457812 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 TRIM63-201ENST00000374272 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 LIN28B-AS1-203ENST00000636682 1797 ntTSL 3 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 MTDH-203ENST00000519934 2184 ntTSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 LINC00466-207ENST00000634725 1736 ntTSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC54Q8NEL0 BRPF1-203ENST00000424362 4712 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.7 ms