Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 UPK3BP1-201ENST00000428678 509 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
COL3A1P02461 AP000777.3-201ENST00000538705 491 ntTSL 3 BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL3A1P02461 AC138207.7-201ENST00000584499 668 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL3A1P02461 SPACA6-213ENST00000637797 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL3A1P02461 TMEM259-209ENST00000592590 2509 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL3A1P02461 GLRB-207ENST00000541722 2765 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL3A1P02461 EEF1D-246ENST00000532741 2387 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL3A1P02461 EMX1-202ENST00000394111 1528 ntTSL 3 BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL3A1P02461 AL163051.1-201ENST00000569214 1512 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
COL3A1P02461 CCDC34-202ENST00000328697 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL3A1P02461 C20orf196-201ENST00000303142 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL3A1P02461 UBE2C-204ENST00000356455 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL3A1P02461 GYG2P1-201ENST00000357871 623 ntTSL 3 BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL3A1P02461 MIR149-201ENST00000384879 89 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
COL3A1P02461 MIR2117HG-201ENST00000588060 506 ntTSL 4 BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL3A1P02461 MRPS7-204ENST00000579761 1717 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL3A1P02461 LAT-204ENST00000395461 1448 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL3A1P02461 IFRD2-204ENST00000436390 2275 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL3A1P02461 TMPRSS5-201ENST00000299882 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL3A1P02461 ZFYVE21-202ENST00000311141 1383 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL3A1P02461 RASSF1-210ENST00000616212 1842 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL3A1P02461 ISLR2-204ENST00000453268 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
COL3A1P02461 TSPY8-203ENST00000383005 435 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
COL3A1P02461 RNF144A-AS1-205ENST00000439208 757 ntTSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.54
COL3A1P02461 CLDN7-204ENST00000571881 735 ntTSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.54
COL3A1P02461 AC069148.1-201ENST00000608741 768 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
COL3A1P02461 KCNE1B-204ENST00000623803 811 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
COL3A1P02461 SPINK2-207ENST00000631082 392 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
COL3A1P02461 RHOT2-201ENST00000315082 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
COL3A1P02461 ENTPD8-202ENST00000371506 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
COL3A1P02461 AL024508.2-201ENST00000607749 1894 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
COL3A1P02461 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 SOCS2-201ENST00000340600 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 CCDC50-202ENST00000392456 2454 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 ARHGAP22-203ENST00000374172 2380 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 RGS3-231ENST00000613049 1726 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 ZFAND2A-201ENST00000316495 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 ZFAND2A-203ENST00000401903 968 ntTSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 AL603832.1-201ENST00000421943 449 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 KLHL21-204ENST00000467612 1056 ntTSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 FNDC5-205ENST00000496770 837 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 LCN10-205ENST00000497771 723 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 ANKRD34C-AS1-201ENST00000557790 594 ntTSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 IRGC-201ENST00000244314 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 SPSB3-201ENST00000301717 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 STX17-212ENST00000534052 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 SIGLEC10-204ENST00000436984 1776 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 METTL5-207ENST00000410097 1370 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 PRODH-215ENST00000610940 2405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 SDHAP2-201ENST00000455183 2001 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 REEP1-209ENST00000541910 969 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 AC026471.3-201ENST00000565137 578 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 AL807752.6-202ENST00000622933 765 ntAPPRIS P5 TSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 SLBP-201ENST00000318386 1635 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 ASCL5-202ENST00000458416 1420 ntAPPRIS P1 BASIC24.63■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 RPP25-201ENST00000322177 3049 ntAPPRIS P1 BASIC24.63■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 MYLKP1-201ENST00000509077 1580 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 NAT16-201ENST00000300303 2935 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 CTSA-201ENST00000191018 1898 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 ACSF3-202ENST00000378345 1541 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 OGFOD3-202ENST00000329197 1652 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 DMWD-201ENST00000270223 3305 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 CDHR5-201ENST00000349570 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 FAM110A-201ENST00000246100 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 BX323043.1-201ENST00000641006 1765 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 DMKN-212ENST00000443640 842 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 RAP1B-229ENST00000543393 874 ntTSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 AL390719.2-201ENST00000606993 987 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 AC064853.5-201ENST00000641976 258 ntAPPRIS P1 BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 BACE2-201ENST00000328735 2824 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 RNF167-205ENST00000571816 1728 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 DUS1L-202ENST00000354321 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 TMEM8B-204ENST00000439587 2150 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 FADS1-204ENST00000433932 1690 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 NARFL-201ENST00000251588 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 FPGS-203ENST00000373247 2279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 TIGD6-202ENST00000515406 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 LRRC23-209ENST00000443597 1628 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 CENPT-215ENST00000564817 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 TMEM177-204ENST00000424086 1738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 STYXL1-208ENST00000451157 1570 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 BCL2L10-201ENST00000260442 1249 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 MED30-201ENST00000297347 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 PLAC8-202ENST00000411416 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 SSR4P1-202ENST00000429427 967 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 AC051649.1-201ENST00000509204 330 ntTSL 3 BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 IFI27L1-206ENST00000554562 571 ntTSL 3 BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 C6orf48-210ENST00000614363 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 CLEC4G-201ENST00000328853 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 EIF2B4-210ENST00000493344 1949 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 GSDMD-201ENST00000262580 1762 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 AC135782.1-201ENST00000537498 2154 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 PHYKPL-201ENST00000308158 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 TEPSIN-201ENST00000300714 2287 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 DDX59-201ENST00000331314 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 C5orf30-203ENST00000515669 1573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 ARSI-203ENST00000515301 1429 ntTSL 4 BASIC24.6■■□□□ 1.53
COL3A1P02461 TIMM8A-201ENST00000372902 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.8 ms