Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 ZFAND2B-207ENST00000409412 569 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 GPR32P1-201ENST00000601788 811 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 C10orf142-202ENST00000623589 1010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 VPS51-217ENST00000639871 243 ntTSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 NRG2-204ENST00000358522 2559 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 SETMAR-206ENST00000430981 1671 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 UBL4A-202ENST00000369660 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 RNF135-205ENST00000535306 2098 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 IRX5-202ENST00000394636 2401 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 WDR45-205ENST00000376358 1432 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 IRF3-202ENST00000377135 1442 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 PODXL2-201ENST00000342480 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 ISOC2-203ENST00000438389 1566 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 RSPH14-201ENST00000216036 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 POU4F3-201ENST00000230732 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 YWHAZ-204ENST00000395953 994 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 EXOSC3-202ENST00000396521 768 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 IGHV3-47-201ENST00000425060 335 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 AC139887.2-202ENST00000507446 534 ntTSL 4 BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 PENK-208ENST00000523051 772 ntTSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 AC243965.1-201ENST00000557595 781 ntTSL 3 BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 C19orf25-204ENST00000586564 1265 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 AC139530.3-201ENST00000620344 690 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 LIN28B-AS1-205ENST00000637414 879 ntTSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 AF228730.7-201ENST00000641842 219 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC19.04■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 RELB-207ENST00000625761 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 IL17RC-203ENST00000403601 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 POMC-204ENST00000405623 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 KRT8P32-201ENST00000512863 1461 ntBASIC19.04■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 ME2-218ENST00000640965 2476 ntTSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 HPS6-201ENST00000299238 2649 ntAPPRIS P1 BASIC19.04■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 CENPT-215ENST00000564817 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 MFSD10-202ENST00000355443 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 PAQR9-201ENST00000340634 2452 ntAPPRIS P1 BASIC19.04■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 NPB-201ENST00000333383 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 PARK7-201ENST00000338639 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 MAL-203ENST00000353004 873 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 TEX30-205ENST00000376029 959 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 IGF2-202ENST00000381392 1005 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 AC026471.3-201ENST00000565137 578 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 AC148477.8-201ENST00000624298 468 ntBASIC19.04■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 AC068587.9-201ENST00000641814 219 ntBASIC19.04■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 IL9RP2-201ENST00000423948 1312 ntBASIC19.04■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 CFC1-203ENST00000621673 1444 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 MRGPRF-AS1-201ENST00000538407 1490 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 EBF1-202ENST00000380654 2345 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 CASTOR1-202ENST00000407689 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 RELT-202ENST00000393580 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 MUTYH-203ENST00000372098 1839 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 MUTYH-204ENST00000372104 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 MUTYH-205ENST00000372110 1809 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 WAS-201ENST00000376701 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 P2RY6-203ENST00000393591 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 NECTIN3-211ENST00000493615 1876 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 RGMB-AS1-201ENST00000498871 1903 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 FP475955.4-201ENST00000623131 1990 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 CEP85L-205ENST00000419517 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 HINT1-201ENST00000304043 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 BAALC-202ENST00000306391 243 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 KLHL7-201ENST00000322275 969 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 BAALC-204ENST00000330955 222 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 PHOSPHO2-201ENST00000359744 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 MCFD2-208ENST00000409973 821 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 AC008825.1-201ENST00000504398 452 ntTSL 3 BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 SAXO2-206ENST00000566205 340 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 SRSF1-209ENST00000585096 568 ntTSL 4 BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 REXO1L6P-202ENST00000619970 1078 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 HOXA11-AS1_5.1-201ENST00000620211 203 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 NSUN5P1-202ENST00000421140 1535 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 NSUN5P2-203ENST00000457352 1529 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 ZNF385C-201ENST00000436535 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 WRB-201ENST00000333781 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 CIRBP-202ENST00000413636 1606 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 RASSF1-201ENST00000327761 1757 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 HDAC2-201ENST00000368632 2084 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 IGFALS-201ENST00000215539 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 GGT6-202ENST00000381550 2145 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 PRR23B-201ENST00000329447 1896 ntAPPRIS P1 BASIC19.02■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 AL365232.1-201ENST00000423730 1636 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 C19orf25-201ENST00000427685 1410 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 NUDT16-201ENST00000502852 1552 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 AC020661.1-201ENST00000503052 1584 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 CCDC63-202ENST00000545036 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 MIR574-201ENST00000385209 96 ntBASIC19.02■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 TTC3-203ENST00000399010 2115 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 ZBED5-AS1-202ENST00000529014 771 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 MIR7706-201ENST00000613747 67 ntBASIC19.02■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 NDUFA6-204ENST00000617763 1183 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 GFI1-202ENST00000370332 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 CSPG5-203ENST00000456150 2089 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 TMEM222-201ENST00000374076 1599 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
COL4A3Q01955 PBK-203ENST00000522944 1499 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28 ms