Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 ETV7-204ENST00000373738 1570 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 ULK3-217ENST00000568667 1470 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 EMB-204ENST00000508934 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 AKNA-205ENST00000374079 2138 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 DPM3-201ENST00000341298 486 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 AGTRAP-205ENST00000400895 786 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 AC093585.1-201ENST00000425183 428 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 RPS2P1-201ENST00000434010 821 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 DNAJB3-201ENST00000446806 729 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 SYNGR4-204ENST00000601610 859 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 ANKMY2-206ENST00000628652 1270 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 TANGO2-217ENST00000456048 2439 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 OTOP2-201ENST00000331427 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 GRB7-202ENST00000394204 1667 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 WDSUB1-202ENST00000359774 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 ZNF7-201ENST00000325217 592 ntTSL 4 BASIC22.77■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 AP006288.1-201ENST00000446065 395 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 GMDS-AS1-205ENST00000529893 900 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 LINC01842-201ENST00000588275 768 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 AL138831.2-201ENST00000606564 490 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 AC008735.5-201ENST00000623544 497 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 MRM3-201ENST00000304478 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 TMPRSS6-207ENST00000442782 1695 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 TMPRSS5-209ENST00000544634 1524 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 CHRNB4-202ENST00000412074 1355 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 KLHL21-206ENST00000610898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 KIAA0930-215ENST00000496226 589 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 TSPAN4-204ENST00000397404 1462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 WDR18-204ENST00000587001 1465 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 MRPL10-203ENST00000414011 1622 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 IRGC-201ENST00000244314 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 AP000688.4-201ENST00000436303 446 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 AC113404.2-201ENST00000507884 177 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 TVP23A-210ENST00000612195 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 PVRIG-201ENST00000317271 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 PRR16-201ENST00000379551 1826 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 NECTIN3-211ENST00000493615 1876 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 CSF3-206ENST00000577675 1360 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 MRPS34-201ENST00000177742 1040 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 PNOC-201ENST00000301908 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 BOLA1-202ENST00000369152 859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 AC092910.1-201ENST00000482027 1129 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 AC069287.3-201ENST00000527297 589 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 OR7E14P-202ENST00000530490 1290 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 REEP1-209ENST00000541910 969 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 AC133919.2-201ENST00000565965 589 ntTSL 4 BASIC22.75■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 CYGB-205ENST00000590175 830 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 ANKRD20A8P-203ENST00000641373 517 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 SETMAR-206ENST00000430981 1671 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 CAMKV-205ENST00000467248 1688 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 AQP8-201ENST00000219660 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 FARSA-202ENST00000423140 1720 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 CBR1-205ENST00000530908 1924 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 SULT2B1-201ENST00000201586 1295 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 AC130456.4-201ENST00000568635 665 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 HMGN3-203ENST00000620514 1010 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 FZR1-202ENST00000395095 1491 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 VKORC1-201ENST00000300851 876 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 PMP22-202ENST00000395936 816 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 DDT-202ENST00000398344 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 DDT-206ENST00000430101 573 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 AC063976.1-201ENST00000457890 381 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 RNASEH2C-202ENST00000527610 835 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 TMEM216-201ENST00000334888 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 SYCE1-203ENST00000368517 1377 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 TMEM25-225ENST00000533102 1410 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 AP005117.1-201ENST00000584346 1413 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 ABHD14B-202ENST00000361143 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 MEDAG-201ENST00000380482 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 ACTL6A-201ENST00000392662 1899 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 PDZD7-201ENST00000370215 2032 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 KRT18P3-201ENST00000451602 1288 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 ALG1L5P-201ENST00000482043 771 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 MTUS2-205ENST00000542829 1165 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 LHX5-AS1-201ENST00000551357 522 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
BRCA1P38398 PNMT-203ENST00000581428 677 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.5 ms