Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 CNTNAP3B-203ENST00000377561 5379 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
SDC1P18827 SLC37A2-203ENST00000403796 2910 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
SDC1P18827 SRMS-201ENST00000217188 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
SDC1P18827 CD70-201ENST00000245903 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
SDC1P18827 NFATC1-201ENST00000253506 4642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
SDC1P18827 MCAT-202ENST00000327555 1134 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
SDC1P18827 KANK3-201ENST00000330915 2787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
SDC1P18827 QPCTL-202ENST00000366382 1814 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
SDC1P18827 SETMAR-206ENST00000430981 1671 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
SDC1P18827 CCK-203ENST00000434608 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
SDC1P18827 SMG1P1-207ENST00000446662 852 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
SDC1P18827 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC17.85■□□□□ 0.45
SDC1P18827 NOC2LP1-202ENST00000452600 2235 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
SDC1P18827 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
SDC1P18827 MOK-228ENST00000523231 1114 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
SDC1P18827 GUCA1A-205ENST00000541991 1921 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
SDC1P18827 KDM2B-217ENST00000543852 1188 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
SDC1P18827 PRKAR1B-212ENST00000544935 2494 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
SDC1P18827 SPIB-206ENST00000596074 847 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
SDC1P18827 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
SDC1P18827 FMN2-201ENST00000319653 6434 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
SDC1P18827 PAX1-205ENST00000613128 5352 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
SDC1P18827 LGI3-201ENST00000306317 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
SDC1P18827 EIF2B5-201ENST00000273783 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
SDC1P18827 CCDC50-202ENST00000392456 2454 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
SDC1P18827 PLK1-201ENST00000300093 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
SDC1P18827 ZNF385A-202ENST00000352268 2076 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
SDC1P18827 ABALON-201ENST00000629058 1903 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
SDC1P18827 KCNIP4-205ENST00000382152 1767 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
SDC1P18827 DLK1-202ENST00000341267 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
SDC1P18827 HAUS4-217ENST00000555367 1454 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
SDC1P18827 KRT8P45-201ENST00000414328 1447 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
SDC1P18827 IFNL4-203ENST00000634680 1421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
SDC1P18827 PRSS50-202ENST00000315170 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
SDC1P18827 RSPO4-201ENST00000217260 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
SDC1P18827 C20orf27-201ENST00000217195 1302 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
SDC1P18827 RASA4B-201ENST00000306682 2589 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
SDC1P18827 BOLA1-203ENST00000369153 1096 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.84■□□□□ 0.45
SDC1P18827 C7orf50-203ENST00000397100 1264 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC17.84■□□□□ 0.45
SDC1P18827 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
SDC1P18827 SAPCD2P4-201ENST00000424595 1171 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
SDC1P18827 AL590666.2-201ENST00000448869 758 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
SDC1P18827 STAC3-202ENST00000546246 1014 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
SDC1P18827 AL031600.3-201ENST00000566287 1124 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
SDC1P18827 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
SDC1P18827 PPP1R7-201ENST00000234038 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
SDC1P18827 STK25-203ENST00000403346 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
SDC1P18827 MINPP1-201ENST00000371994 2183 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
SDC1P18827 ACSM2A-201ENST00000219054 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
SDC1P18827 CHRFAM7A-202ENST00000397827 2794 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
SDC1P18827 SMPD3-201ENST00000219334 5453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
SDC1P18827 GCSH-208ENST00000639169 2537 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.45
SDC1P18827 TWIST2-202ENST00000612363 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
SDC1P18827 CSPG5-202ENST00000383738 4161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
SDC1P18827 KIFC3-201ENST00000379655 3427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
SDC1P18827 KCNN4-209ENST00000615047 2029 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.45
SDC1P18827 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
SDC1P18827 PDE4A-202ENST00000344979 2579 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
SDC1P18827 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
SDC1P18827 GYG2P1-201ENST00000357871 623 ntTSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.44
SDC1P18827 LCE2B-201ENST00000368780 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
SDC1P18827 FAM197Y1-201ENST00000421178 764 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
SDC1P18827 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
SDC1P18827 FAM131A-208ENST00000453072 1038 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
SDC1P18827 SFXN1-203ENST00000502393 637 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
SDC1P18827 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC17.83■□□□□ 0.44
SDC1P18827 AP002433.1-201ENST00000525548 964 ntTSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.44
SDC1P18827 AC090877.2-202ENST00000560363 574 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
SDC1P18827 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.44
SDC1P18827 ZNF667-AS1-208ENST00000594783 475 ntTSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.44
SDC1P18827 MYC-208ENST00000641036 567 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
SDC1P18827 PPP2R2C-209ENST00000515571 1832 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
SDC1P18827 GUCY1A2-201ENST00000282249 3047 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
SDC1P18827 SSUH2-202ENST00000341795 1799 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
SDC1P18827 GTPBP2-202ENST00000307126 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
SDC1P18827 NAP1L5-201ENST00000323061 2321 ntAPPRIS P1 BASIC17.83■□□□□ 0.44
SDC1P18827 LYPD3-201ENST00000244333 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
SDC1P18827 OGFOD3-202ENST00000329197 1652 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
SDC1P18827 SLC2A14-214ENST00000542505 1650 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
SDC1P18827 PCDHA1-202ENST00000394633 2204 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
SDC1P18827 ANKRD18DP-201ENST00000335478 2171 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
SDC1P18827 TNFRSF19-202ENST00000382258 1625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
SDC1P18827 C19orf25-207ENST00000588871 2128 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
SDC1P18827 NECAB1-201ENST00000417640 5289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
SDC1P18827 AL162741.1-201ENST00000565563 1558 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
SDC1P18827 TAL1-202ENST00000371884 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
SDC1P18827 SNX17-201ENST00000233575 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SDC1P18827 MAPK8IP3-202ENST00000356010 4456 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
SDC1P18827 AC138430.1-201ENST00000586064 5409 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
SDC1P18827 FSCN1P1-201ENST00000568912 1481 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
SDC1P18827 EGFL6-202ENST00000380602 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SDC1P18827 AC112777.1-201ENST00000540175 1423 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
SDC1P18827 MYC-207ENST00000621592 2366 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SDC1P18827 SOST-201ENST00000301691 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SDC1P18827 CLN3-206ENST00000360019 1840 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
SDC1P18827 CHTOP-207ENST00000614256 1840 ntTSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
SDC1P18827 TMEM191C-214ENST00000621561 1337 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
SDC1P18827 URI1-202ENST00000392271 3444 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SDC1P18827 BSX-201ENST00000343035 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
SDC1P18827 S100A14-203ENST00000368701 1080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.2 ms