Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 TCF3P1-201ENST00000423021 1937 ntBASIC20.64■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 SUMF2-201ENST00000275607 1894 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 IFRD1-201ENST00000005558 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 RCC2P3-201ENST00000418112 1537 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 SSH3-202ENST00000308298 2046 ntTSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 ZNF259P1-201ENST00000407656 1365 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 CLN3-216ENST00000565316 1318 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 TNNC1-201ENST00000232975 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 ISCA2-201ENST00000298818 851 ntTSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 PHOSPHO2-201ENST00000359744 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 AC092159.3-201ENST00000439196 571 ntTSL 4 BASIC20.63■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 EIF5A2-203ENST00000474096 570 ntTSL 4 BASIC20.63■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 AC055811.1-201ENST00000584203 1231 ntTSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 AC010632.1-201ENST00000590376 572 ntTSL 4 BASIC20.63■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 LINC02084-201ENST00000606069 1096 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 MED16-213ENST00000616387 1078 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 AL691403.2-201ENST00000618460 490 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 OGG1-202ENST00000302008 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 PRSS33-201ENST00000293851 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 ABHD5-205ENST00000458276 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 PPP5C-202ENST00000391919 1929 ntTSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 RAB5C-202ENST00000393860 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 KLHL21-206ENST00000610898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 MYBL2-202ENST00000396863 2704 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 CALHM2-201ENST00000260743 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 ESAM-201ENST00000278927 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 AL353692.3-201ENST00000407031 1396 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 CAMKV-205ENST00000467248 1688 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 ARFRP1-207ENST00000612157 1698 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 SUSD1-203ENST00000374264 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 ADIPOR1-202ENST00000367254 1116 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 INPP5F-203ENST00000369081 874 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 ELP6-205ENST00000439305 880 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 TSTD3-201ENST00000452647 962 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 LAT-205ENST00000454369 1262 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 COX18-204ENST00000507544 1086 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 NT5C3B-215ENST00000521789 993 ntTSL 3 BASIC20.62■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 PRSS8-206ENST00000568261 1214 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 NUBP2-214ENST00000568706 913 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 GABARAP-204ENST00000571253 837 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 ANAPC11-210ENST00000574924 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 AC011840.4-201ENST00000578471 627 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 AC020934.1-201ENST00000588469 739 ntTSL 3 BASIC20.62■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 AC008608.2-201ENST00000606089 416 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 AL355385.1-201ENST00000606123 409 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 PRKN-208ENST00000610470 531 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 PRKN-209ENST00000612485 225 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 GPX4-212ENST00000616066 924 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 FAM215A-202ENST00000632077 792 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 RMND5B-201ENST00000313386 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 PVRIG-201ENST00000317271 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 FDXR-202ENST00000413947 1809 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 AL512353.2-201ENST00000448759 1962 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 FUT5-202ENST00000588525 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 HAUS4-218ENST00000555986 1626 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 ROMO1-201ENST00000336695 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 CARD9-201ENST00000371732 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 MIR564-202ENST00000385049 94 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 PTTG1-202ENST00000393964 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 TTLL12-204ENST00000494035 888 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 MCCC2-205ENST00000509358 1214 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 AP000688.1-201ENST00000535199 1221 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 CIRBP-235ENST00000591935 746 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 CA11-201ENST00000084798 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 INO80E-201ENST00000304516 1489 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 ST8SIA5-202ENST00000536490 1499 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 TMSB4X-203ENST00000380636 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 MTMR14-201ENST00000296003 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 KRT16P3-203ENST00000580621 1939 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 PRR16-201ENST00000379551 1826 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 DLK2-203ENST00000372488 1590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 SERPINB6-207ENST00000612421 1570 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 PBX1-222ENST00000627490 1769 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 SEPT4-201ENST00000317256 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 C17orf62-204ENST00000437807 2242 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 LAMTOR5-201ENST00000256644 868 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 AP000688.4-201ENST00000436303 446 ntTSL 3 BASIC20.6■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 CR559946.1-201ENST00000453835 531 ntTSL 4 BASIC20.6■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 LAMTOR5-204ENST00000483260 694 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
COL6A1P12109 FAM57A-205ENST00000572018 373 ntTSL 3 BASIC20.6■□□□□ 0.89
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.8 ms