RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000486404.5

CHMP3-208, Transcript of charged multivesicular body protein 3, human

TSL 3

Gene CHMP3, Length 650 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CHMP3-208	ENST00000486404	TREX1	Q9NSU2	369 aa		12.52	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	MARCH4	Q9P2E8	410 aa	Predicted RBP	12.52	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	POLG2	Q9UHN1	485 aa		12.52	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	SNX12	Q9UMY4	172 aa		12.52	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	SOX13	Q9UN79	622 aa		12.52	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	RPS6KL1	Q9Y6S9	549 aa		12.52	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	ATRX	P46100	2492 aa		12.52	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	ATM	Q13315	3056 aa		12.51	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	TCRBV7S3A2	A0A539	114 aa		12.51	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	SLC5A10	A0PJK1	596 aa		12.51	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	GOLGA8M	H3BSY2	632 aa		12.51	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	CES2	O00748	559 aa		12.51	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	SPAG6	O75602	509 aa		12.51	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	TMEM63A	O94886	807 aa		12.51	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	VAPB	O95292	243 aa		12.51	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	CCNYL3	P0C7X3	344 aa		12.51	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	FOLR1	P15328	257 aa		12.51	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	ZNF28	P17035	718 aa		12.51	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	WT1	P19544	449 aa	Predicted RBP	12.51	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	TUBB4B	P68371	445 aa		12.51	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	CYP4F2	P78329	520 aa		12.51	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	MC1R	Q01726	317 aa		12.51	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	C19orf57	Q0VDD7	668 aa		12.51	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	TUBB2A	Q13885	445 aa		12.51	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	LY6D	Q14210	128 aa		12.51	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	GPR19	Q15760	415 aa		12.51	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	CYP1B1	Q16678	543 aa		12.51	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	DNAJC21	Q5F1R6	531 aa	Known RBP	12.51	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	ANKRD22	Q5VYY1	191 aa		12.51	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	ARMC3	Q5W041	872 aa		12.51	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	CES3	Q6UWW8	571 aa		12.51	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	TIPARP	Q7Z3E1	657 aa	Known RBP	12.51	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	SDCCAG8	Q86SQ7	713 aa	Predicted RBP	12.51	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	LRRC6	Q86X45	466 aa		12.51	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	TBC1D21	Q8IYX1	336 aa		12.51	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	SLC22A15	Q8IZD6	547 aa		12.51	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	D2HGDH	Q8N465	521 aa		12.51	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	OR5K2	Q8NHB8	316 aa		12.51	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	STARD8	Q92502	1023 aa		12.51	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	EXTL1	Q92935	676 aa		12.51	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	ZNF669	Q96BR6	464 aa	Predicted RBP	12.51	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	MFSD3	Q96ES6	412 aa		12.51	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	TUBB2B	Q9BVA1	445 aa		12.51	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	KIFC1	Q9BW19	673 aa		12.51	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	C1GALT1	Q9NS00	363 aa		12.51	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	SEMA5B	Q9P283	1151 aa		12.51	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	ASIC3	Q9UHC3	531 aa		12.51	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	ICK	Q9UPZ9	632 aa		12.51	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	LOC101059948	A0A1B0GTJ6	334 aa		12.5	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	SLC9B1P1	A6NJY1	282 aa		12.5	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	BTN3A3	O00478	584 aa		12.5	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	CPNE3	O75131	537 aa	Known RBP	12.5	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	SCRG1	O75711	98 aa		12.5	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	PRKAR1A	P10644	381 aa		12.5	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	TCP1	P17987	556 aa	Known RBP	12.5	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	CCR7	P32248	378 aa		12.5	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	DLST	P36957	453 aa		12.5	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	MAGEA6	P43360	314 aa		12.5	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	COL9A2	Q14055	689 aa	Predicted RBP	12.5	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	KIAA0930	Q6ICG6	404 aa	Predicted RBP	12.5	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	FBXO38	Q6PIJ6	1188 aa		12.5	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	SPESP1	Q6UW49	350 aa		12.5	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	OTOA	Q7RTW8	1153 aa		12.5	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	BPHL	Q86WA6	291 aa	Predicted RBP	12.5	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	DCUN1D3	Q8IWE4	304 aa		12.5	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	KRT222	Q8N1A0	295 aa		12.5	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	OR8K5	Q8NH50	307 aa		12.5	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	CFAP61	Q8NHU2	1237 aa		12.5	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	LKAAEAR1	Q8TD35	194 aa		12.5	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	CPT1B	Q92523	772 aa		12.5	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	N4BP2L2	Q92802	583 aa	Predicted RBP	12.5	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	SLC45A3	Q96JT2	553 aa		12.5	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	CARD6	Q9BX69	1037 aa		12.5	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	ACTR10	Q9NZ32	417 aa		12.5	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	CROT	Q9UKG9	612 aa		12.5	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	PLAGL1	Q9UM63	463 aa		12.5	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	BTRC	Q9Y297	605 aa		12.5	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	VPS9D1	Q9Y2B5	631 aa		12.5	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	MAD1L1	Q9Y6D9	718 aa		12.5	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	COL6A6	A6NMZ7	2263 aa		12.49	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	PIPSL	A2A3N6	862 aa		12.49	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	IQCF5	A8MTL0	148 aa		12.49	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	TMEM150C	B9EJG8	249 aa		12.49	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	BHMG1	C9JSJ3	638 aa	Predicted RBP	12.49	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	GOLGA8K	D6RF30	607 aa		12.49	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	GOLGA8T	H3BQL2	631 aa		12.49	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	KPNA5	O15131	536 aa		12.49	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	ZNF185	O15231	689 aa		12.49	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	AVIL	O75366	819 aa		12.49	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	MLN	P12872	115 aa		12.49	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	OGN	P20774	298 aa	Known RBP	12.49	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	RPS3	P23396	243 aa	Known RBP eCLIP	12.49	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	ACADL	P28330	430 aa		12.49	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	PRDX3	P30048	256 aa	Known RBP	12.49	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	GNG11	P61952	73 aa		12.49	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	CDC20	Q12834	499 aa		12.49	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	DHX34	Q14147	1143 aa	Known RBP	12.49	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	ZNF470	Q6ECI4	717 aa		12.49	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	PWWP2B	Q6NUJ5	590 aa		12.49	□□□□□ -0.41
CHMP3-208	ENST00000486404	TTC23L	Q6PF05	361 aa		12.49	□□□□□ -0.41

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