RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000409251.7

PTPRN-202, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type N, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRN, Length 3,622 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRN-202ENST00000409251 ACBD6Q9BR61 282 aa12.77□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 CHCHD6Q9BRQ6 235 aa12.77□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 EHD3Q9NZN3 535 aa12.77□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 A0A0U1RQS6 177 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 PNMA8CA0A1B0GUJ8 204 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 KRT87PA6NCN2 255 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 DPYSL4O14531 572 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 RFPL2O75678 378 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 FKBP9O95302 570 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 CD36P16671 472 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 CRHBPP24387 322 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 CCR1P32246 355 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 RPL9P32969 192 aaKnown RBP12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 NAB1Q13506 487 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 NPTX1Q15818 432 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 ZFP69Q49AA0 526 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 INTS11Q5TA45 600 aaKnown RBP12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 FKBP9P1Q75LS8 142 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 TRIM48Q8IWZ4 208 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 PHACTR4Q8IZ21 702 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 ALDH16A1Q8IZ83 802 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 MTFMTQ96DP5 389 aaKnown RBP12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 TBL1YQ9BQ87 522 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 CD320Q9NPF0 282 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 DKK3Q9UBP4 350 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 ANKRD6Q9Y2G4 727 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 ACOX3O15254 700 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 GOT2P00505 430 aaKnown RBP12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 C1RP00736 705 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 PRSS56P0CW18 603 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 EFNA1P20827 205 aaPredicted RBP12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 RPS3AP61247 264 aaKnown RBP12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 NR6A1Q15406 480 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 ANKRD46Q86W74 232 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 ATG16L2Q8NAA4 619 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 MAELQ96JY0 434 aaKnown RBP12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 C1QTNF1Q9BXJ1 281 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 NT5MQ9NPB1 228 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 GKN1Q9NS71 199 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 IGF2BP1Q9NZI8 577 aaKnown RBP eCLIP12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 ADGRE2Q9UHX3 823 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 FBXW11Q9UKB1 542 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 SIP14410 1827 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 AQP12BA6NM10 295 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 CENPXA8MT69 81 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 HHLA1C9JL84 531 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 AP3D1O14617 1153 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 ALOX5P09917 674 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 SELPP16109 830 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 CD83Q01151 205 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 SELPLGQ14242 412 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 CTU2Q2VPK5 515 aaKnown RBP12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 CCDC58Q4VC31 144 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 XAF1Q6GPH4 301 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 RFPL4BQ6ZWI9 263 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 RBM23Q86U06 439 aaKnown RBP12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 AQP12AQ8IXF9 295 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 MFSD2AQ8NA29 543 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 RPRD1BQ9NQG5 326 aaKnown RBP12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 ANKMY1Q9P2S6 941 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 ZNF221Q9UK13 617 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 RNF112Q9ULX5 631 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 CARD8Q9Y2G2 431 aa12.76□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 CPNE3O75131 537 aaKnown RBP12.75□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 SH3BGRLO75368 114 aa12.75□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 CSF2P04141 144 aa12.75□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 ALDH7A1P49419 539 aaKnown RBP12.75□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 AGTR2P50052 363 aa12.75□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 KCNQ1P51787 676 aa12.75□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 ATP6V0D1P61421 351 aa12.75□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 SNRPD2P62316 118 aaKnown RBP12.75□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 ILF2Q12905 390 aaKnown RBP12.75□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 DSC3Q14574 896 aa12.75□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 TRIM71Q2Q1W2 868 aaKnown RBP12.75□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 SCD5Q86SK9 330 aa12.75□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 MMAAQ8IVH4 418 aaKnown RBP12.75□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 CLYBLQ8N0X4 340 aa12.75□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 ITPKCQ96DU7 683 aa12.75□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 RPRD1AQ96P16 312 aaPredicted RBP12.75□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 ARMC1Q9NVT9 282 aa12.75□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 SNX6Q9UNH7 406 aa12.75□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 EFCAB9A8MZ26 197 aa12.75□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 HACD1B0YJ81 288 aa12.75□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 hCG_2039718K7EN88 272 aa12.75□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 ZNF623O75123 536 aa12.75□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 PRKD3O94806 890 aa12.75□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 CD40LGP29965 261 aa12.75□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 MAGEA6P43360 314 aa12.75□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 IDH2P48735 452 aaKnown RBP12.75□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 EMX1Q04741 257 aaPredicted RBP12.75□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 DMC1Q14565 340 aa12.75□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 ACAP2Q15057 778 aa12.75□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 UGT3A2Q3SY77 523 aa12.75□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 HECTD2Q5U5R9 776 aa12.75□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 TTC23Q5W5X9 447 aa12.75□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 STEAP3Q658P3 488 aa12.75□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 PKN3Q6P5Z2 889 aa12.75□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 STON2Q8WXE9 905 aa12.75□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 CENPIQ92674 756 aaPredicted RBP12.75□□□□□ -0.37
PTPRN-202ENST00000409251 DCSTAMPQ9H295 470 aa12.75□□□□□ -0.37
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 80.8 ms