RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000586792.5

ZNF540-204, Transcript of zinc finger protein 540, human

TSL 3 BASIC

Gene ZNF540, Length 564 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ZNF540-204	ENST00000586792	TMEM41A	Q96HV5	264 aa		4.8	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	CNOT6L	Q96LI5	555 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	ZNF830	Q96NB3	372 aa	Predicted RBP	4.8	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	TMEM120A	Q9BXJ8	343 aa		4.8	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	PLA2G2F	Q9BZM2	168 aa		4.8	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	SDCBP2	Q9H190	292 aa		4.8	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	LRRC4	Q9HBW1	653 aa		4.8	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	PNPLA8	Q9NP80	782 aa		4.8	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	EMC7	Q9NPA0	242 aa		4.8	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	TRPV5	Q9NQA5	729 aa		4.8	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	ITM2C	Q9NQX7	267 aa		4.8	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	DUS2	Q9NX74	493 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	GCNT4	Q9P109	453 aa		4.8	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	HMGXB4	Q9UGU5	601 aa		4.8	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	PRSS50	Q9UI38	385 aa		4.8	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	LSM7	Q9UK45	103 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	BLOC1S6	Q9UL45	172 aa		4.8	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	SIK3	Q9Y2K2	1263 aa		4.8	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	CEP83	Q9Y592	693 aa		4.8	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	PTPRD	P23468	1912 aa		4.8	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	HELZ	P42694	1942 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	SYNJ2BP-COX16	A0A087WUM0	186 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	LINC01548	A6NM66	108 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	SPECC1L-ADORA2A	F8WAN1	911 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	DYNC1I1	O14576	645 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	YY2	O15391	372 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	MED7	O43513	233 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	PHF2	O75151	1096 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	TUSC2	O75896	110 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	IRF1	P10914	325 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	RALA	P11233	206 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	CD72	P21854	359 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	CNTF	P26441	200 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	ATP5D	P30049	168 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	PTPN7	P35236	360 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	ATP5C1	P36542	298 aa	Known RBP	4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	TUB	P50607	506 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	CCR3	P51677	355 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	BCAT1	P54687	386 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	CSE1L	P55060	971 aa	Known RBP	4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	SARNP	P82979	210 aa	Known RBP	4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	GCNT1	Q02742	428 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	GRSF1	Q12849	480 aa	Known RBP eCLIP	4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	COX10	Q12887	443 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	MRPL28	Q13084	256 aa	Known RBP	4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	RUNX3	Q13761	415 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	KLF9	Q13886	244 aa	Predicted RBP	4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	ETFDH	Q16134	617 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	GOLGA7B	Q2TAP0	167 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	PREPL	Q4J6C6	727 aa	Predicted RBP	4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	MORN5	Q5VZ52	161 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	TMEM270	Q6UE05	265 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	GBP6	Q6ZN66	633 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	CLEC20A	Q6ZU45	233 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	OVCH2	Q7RTZ1	564 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	DENND1C	Q8IV53	801 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	NXPE1	Q8N323	547 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	ZMIZ2	Q8NF64	920 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	PRSS33	Q8NF86	280 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	OR14C36	Q8NHC7	312 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	CCDC26	Q8TAB7	109 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	DENND1A	Q8TEH3	1009 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	OSCP1	Q8WVF1	389 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	C1GALT1C1	Q96EU7	318 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	ZFYVE19	Q96K21	471 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	CNDP2	Q96KP4	475 aa	Known RBP	4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	TEKT5	Q96M29	485 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	KCNK16	Q96T55	309 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	HNRNPAB	Q99729	332 aa	Known RBP	4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	DUSP16	Q9BY84	665 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	TXLNGY	Q9BZA5	131 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	NAT10	Q9H0A0	1025 aa	Known RBP	4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	EBF3	Q9H4W6	596 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	SUDS3	Q9H7L9	328 aa	Predicted RBP	4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	APOBEC3G	Q9HC16	384 aa	Known RBP	4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	DMRT3	Q9NQL9	472 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	GKN1	Q9NS71	199 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	GTSE1	Q9NYZ3	720 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	WWOX	Q9NZC7	414 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	CAMSAP3	Q9P1Y5	1249 aa	Predicted RBP	4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	TBC1D14	Q9P2M4	693 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	RASAL2	Q9UJF2	1139 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	TSPAN16	Q9UKR8	245 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	KIAA1257	Q9ULG3	409 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	ARHGAP26	Q9UNA1	814 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	CCL26	Q9Y258	94 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	COQ4	Q9Y3A0	265 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	MTF2	Q9Y483	593 aa	Predicted RBP	4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	NME7	Q9Y5B8	376 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	CPQ	Q9Y646	472 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	DOCK8	Q8NF50	2099 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	PATJ	Q8NI35	1801 aa		4.79	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	ZNF638	Q14966	1978 aa	Known RBP	4.78	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	C5orf42	Q9H799	3197 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	COL4A2	P08572	1712 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	TRGV11	A0A075B6L2	103 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	PRSS38	A1L453	326 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	ZNF840P	A6NDX5	716 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	FAM25E	A8MYX2	175 aa		4.78	□□□□□ -1.64
ZNF540-204	ENST00000586792	PALM2-AKAP2	B1ALY0	433 aa	Predicted RBP	4.78	□□□□□ -1.64

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 27.6 ms