RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000635861.1

CLN3-241, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,404 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-241ENST00000635861 PDGFDQ9GZP0 370 aaPredicted RBP25.64■■□□□ 1.7
CLN3-241ENST00000635861 MTFR1LQ9H019 292 aa25.64■■□□□ 1.7
CLN3-241ENST00000635861 FLT4P35916 1363 aa25.64■■□□□ 1.69
CLN3-241ENST00000635861 ZBTB7AO95365 584 aa25.63■■□□□ 1.69
CLN3-241ENST00000635861 MAP2P11137 1827 aaKnown RBP25.63■■□□□ 1.69
CLN3-241ENST00000635861 PTGER2P43116 358 aa25.63■■□□□ 1.69
CLN3-241ENST00000635861 NBPF6Q5VWK0 638 aa25.61■■□□□ 1.69
CLN3-241ENST00000635861 NBPF4Q96M43 638 aa25.61■■□□□ 1.69
CLN3-241ENST00000635861 COL24A1Q17RW2 1714 aa25.61■■□□□ 1.69
CLN3-241ENST00000635861 TUBGCP6Q96RT7 1819 aa25.6■■□□□ 1.69
CLN3-241ENST00000635861 NSD3Q9BZ95 1437 aa25.59■■□□□ 1.69
CLN3-241ENST00000635861 RAPGEF4Q8WZA2 1011 aa25.59■■□□□ 1.69
CLN3-241ENST00000635861 LRRC4BQ9NT99 713 aa25.58■■□□□ 1.69
CLN3-241ENST00000635861 PKD1L3Q7Z443 1732 aa25.57■■□□□ 1.68
CLN3-241ENST00000635861 ATF5Q9Y2D1 282 aaPredicted RBP25.57■■□□□ 1.68
CLN3-241ENST00000635861 PRIM1P49642 420 aaKnown RBP25.56■■□□□ 1.68
CLN3-241ENST00000635861 SGIP1Q9BQI5 828 aa25.56■■□□□ 1.68
CLN3-241ENST00000635861 CARD14Q9BXL6 1004 aa25.56■■□□□ 1.68
CLN3-241ENST00000635861 NSD2O96028 1365 aa25.56■■□□□ 1.68
CLN3-241ENST00000635861 TATP17735 454 aaPredicted RBP25.55■■□□□ 1.68
CLN3-241ENST00000635861 HSP90AB2PQ58FF8 381 aa25.55■■□□□ 1.68
CLN3-241ENST00000635861 SYTL4Q96C24 671 aaPredicted RBP25.55■■□□□ 1.68
CLN3-241ENST00000635861 ZNF827Q17R98 1081 aa25.54■■□□□ 1.68
CLN3-241ENST00000635861 SLC16A10Q8TF71 515 aa25.54■■□□□ 1.68
CLN3-241ENST00000635861 AKT1S1Q96B36 256 aa25.54■■□□□ 1.68
CLN3-241ENST00000635861 PCDH11XQ9BZA7 1347 aa25.54■■□□□ 1.68
CLN3-241ENST00000635861 PCDH11YQ9BZA8 1340 aa25.54■■□□□ 1.68
CLN3-241ENST00000635861 HMGB2P26583 209 aaKnown RBP25.54■■□□□ 1.68
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CLN3-241ENST00000635861 CHD4Q14839 1912 aa25.53■■□□□ 1.68
CLN3-241ENST00000635861 NCAPD2Q15021 1401 aa25.53■■□□□ 1.68
CLN3-241ENST00000635861 MAP3K5Q99683 1374 aa25.52■■□□□ 1.68
CLN3-241ENST00000635861 YY1P25490 414 aa25.52■■□□□ 1.68
CLN3-241ENST00000635861 USHBP1Q8N6Y0 703 aa25.52■■□□□ 1.68
CLN3-241ENST00000635861 PCGF6Q9BYE7 350 aa25.52■■□□□ 1.68
CLN3-241ENST00000635861 TAF1LQ8IZX4 1826 aa25.51■■□□□ 1.67
CLN3-241ENST00000635861 C5P01031 1676 aa25.5■■□□□ 1.67
CLN3-241ENST00000635861 SYT17Q9BSW7 474 aa25.49■■□□□ 1.67
CLN3-241ENST00000635861 FHDC1Q9C0D6 1143 aaPredicted RBP25.49■■□□□ 1.67
CLN3-241ENST00000635861 ARXQ96QS3 562 aa25.48■■□□□ 1.67
CLN3-241ENST00000635861 EMILIN1Q9Y6C2 1016 aa25.48■■□□□ 1.67
CLN3-241ENST00000635861 WASHC2AQ641Q2 1341 aa25.48■■□□□ 1.67
CLN3-241ENST00000635861 TOGARAM1Q9Y4F4 1720 aa25.47■■□□□ 1.67
CLN3-241ENST00000635861 CCNL1Q9UK58 526 aaPredicted RBP25.46■■□□□ 1.67
CLN3-241ENST00000635861 PNPLA7Q6ZV29 1317 aa25.46■■□□□ 1.67
CLN3-241ENST00000635861 TFCP2L1Q9NZI6 479 aa25.46■■□□□ 1.67
CLN3-241ENST00000635861 PLEKHG2Q9H7P9 1386 aa25.45■■□□□ 1.66
CLN3-241ENST00000635861 EIF4G2P78344 907 aaKnown RBP eCLIP25.44■■□□□ 1.661e-9■■■■□ 22.4
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CLN3-241ENST00000635861 CYP27B1O15528 508 aa25.41■■□□□ 1.66
CLN3-241ENST00000635861 BCLAF1Q9NYF8 920 aaKnown RBP eCLIP25.41■■□□□ 1.66
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CLN3-241ENST00000635861 SPG7Q9UQ90 795 aa25.4■■□□□ 1.66
CLN3-241ENST00000635861 KCNQ4P56696 695 aa25.39■■□□□ 1.66
CLN3-241ENST00000635861 NKX1-1Q15270 411 aaPredicted RBP25.39■■□□□ 1.66
CLN3-241ENST00000635861 POLKQ9UBT6 870 aa25.39■■□□□ 1.66
CLN3-241ENST00000635861 SMARCC1Q92922 1105 aaPredicted RBP25.38■■□□□ 1.65
CLN3-241ENST00000635861 PALLDQ8WX93 1383 aa25.38■■□□□ 1.65
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CLN3-241ENST00000635861 EYA1Q99502 592 aa25.37■■□□□ 1.65
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CLN3-241ENST00000635861 FLAD1Q8NFF5 587 aa25.36■■□□□ 1.65
CLN3-241ENST00000635861 POLR3GLQ9BT43 218 aa25.36■■□□□ 1.65
CLN3-241ENST00000635861 UBR3Q6ZT12 1888 aa25.35■■□□□ 1.65
CLN3-241ENST00000635861 CCER1Q8TC90 406 aaPredicted RBP25.33■■□□□ 1.65
CLN3-241ENST00000635861 PANK3Q9H999 370 aa25.31■■□□□ 1.64
CLN3-241ENST00000635861 EIF4A2Q14240 407 aaKnown RBP25.3■■□□□ 1.64
CLN3-241ENST00000635861 COL23A1Q86Y22 540 aaPredicted RBP25.3■■□□□ 1.64
CLN3-241ENST00000635861 IFNL2Q8IZJ0 200 aa25.3■■□□□ 1.64
CLN3-241ENST00000635861 ZNF831Q5JPB2 1677 aa25.29■■□□□ 1.64
CLN3-241ENST00000635861 PIGBQ92521 554 aa25.29■■□□□ 1.64
CLN3-241ENST00000635861 GOLGB1Q14789 3259 aaKnown RBP25.28■■□□□ 1.64
CLN3-241ENST00000635861 IGSF1Q8N6C5 1336 aa25.28■■□□□ 1.64
CLN3-241ENST00000635861 MSH5O43196 834 aa25.28■■□□□ 1.64
CLN3-241ENST00000635861 PHKG2P15735 406 aa25.28■■□□□ 1.64
CLN3-241ENST00000635861 TMOD3Q9NYL9 352 aa25.27■■□□□ 1.64
CLN3-241ENST00000635861 TNNT2P45379 298 aaPredicted RBP25.26■■□□□ 1.63
CLN3-241ENST00000635861 KLHL34Q8N239 644 aa25.25■■□□□ 1.63
CLN3-241ENST00000635861 AK7Q96M32 723 aa25.25■■□□□ 1.63
CLN3-241ENST00000635861 GPR162Q16538 588 aa25.24■■□□□ 1.63
CLN3-241ENST00000635861 LOC102724428A0A0B4J2F2 783 aa25.22■■□□□ 1.63
CLN3-241ENST00000635861 HSP90AB1P08238 724 aaKnown RBP25.22■■□□□ 1.63
CLN3-241ENST00000635861 SIK1P57059 783 aa25.22■■□□□ 1.63
CLN3-241ENST00000635861 SSFA2P28290 1259 aa25.2■■□□□ 1.63
CLN3-241ENST00000635861 MORC1Q86VD1 984 aa25.2■■□□□ 1.63
CLN3-241ENST00000635861 ZNF784Q8NCA9 323 aaPredicted RBP25.2■■□□□ 1.63
CLN3-241ENST00000635861 KNSTRNQ9Y448 316 aa25.2■■□□□ 1.63
CLN3-241ENST00000635861 ERVV-2B6SEH9 535 aa25.2■■□□□ 1.62
CLN3-241ENST00000635861 AMOTQ4VCS5 1084 aa25.2■■□□□ 1.62
CLN3-241ENST00000635861 PLEKHO1Q53GL0 409 aaPredicted RBP25.19■■□□□ 1.62
CLN3-241ENST00000635861 COL5A3P25940 1745 aaPredicted RBP25.18■■□□□ 1.62
CLN3-241ENST00000635861 NLGN2Q8NFZ4 835 aa25.18■■□□□ 1.62
CLN3-241ENST00000635861 DCAF5Q96JK2 942 aa25.18■■□□□ 1.62
CLN3-241ENST00000635861 CD2APQ9Y5K6 639 aa25.18■■□□□ 1.62
CLN3-241ENST00000635861 MSL1Q68DK7 614 aa25.17■■□□□ 1.62
CLN3-241ENST00000635861 ASAP1Q9ULH1 1129 aa25.17■■□□□ 1.62
CLN3-241ENST00000635861 GRIN3BO60391 1043 aa25.16■■□□□ 1.62
CLN3-241ENST00000635861 SCN11AQ9UI33 1791 aa25.16■■□□□ 1.62
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