RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000597776.1

LSM4-205, Transcript of LSM4 homolog, U6 small nuclear RNA and mRNA degradation associated, human

TSL 2

Gene LSM4, Length 446 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
LSM4-205	ENST00000597776	KIF20B	Q96Q89	1820 aa		14.71	□□□□□ -0.05
LSM4-205	ENST00000597776	KCNQ4	P56696	695 aa		14.71	□□□□□ -0.05
LSM4-205	ENST00000597776	SGIP1	Q9BQI5	828 aa		14.71	□□□□□ -0.05
LSM4-205	ENST00000597776	NSD2	O96028	1365 aa		14.71	□□□□□ -0.06
LSM4-205	ENST00000597776	DCAF8L1	A6NGE4	600 aa		14.7	□□□□□ -0.06
LSM4-205	ENST00000597776	CARD14	Q9BXL6	1004 aa		14.7	□□□□□ -0.06
LSM4-205	ENST00000597776	FHDC1	Q9C0D6	1143 aa	Predicted RBP	14.7	□□□□□ -0.06
LSM4-205	ENST00000597776	SMG6	Q86US8	1419 aa	Known RBP	14.69	□□□□□ -0.06
LSM4-205	ENST00000597776	CDCA8	Q53HL2	280 aa		14.69	□□□□□ -0.06
LSM4-205	ENST00000597776	HSP90AB2P	Q58FF8	381 aa		14.69	□□□□□ -0.06
LSM4-205	ENST00000597776	AKT1S1	Q96B36	256 aa		14.69	□□□□□ -0.06
LSM4-205	ENST00000597776	NSD3	Q9BZ95	1437 aa		14.68	□□□□□ -0.06
LSM4-205	ENST00000597776	SLC27A3	Q5K4L6	730 aa		14.68	□□□□□ -0.06
LSM4-205	ENST00000597776	SYT17	Q9BSW7	474 aa		14.68	□□□□□ -0.06
LSM4-205	ENST00000597776	INSR	P06213	1382 aa		14.68	□□□□□ -0.06
LSM4-205	ENST00000597776	UTRN	P46939	3433 aa		14.68	□□□□□ -0.06
LSM4-205	ENST00000597776	RAPGEF4	Q8WZA2	1011 aa		14.67	□□□□□ -0.06
LSM4-205	ENST00000597776	FLT4	P35916	1363 aa		14.67	□□□□□ -0.06
LSM4-205	ENST00000597776	ARX	Q96QS3	562 aa		14.66	□□□□□ -0.06
LSM4-205	ENST00000597776	EMILIN1	Q9Y6C2	1016 aa		14.66	□□□□□ -0.06
LSM4-205	ENST00000597776	TUBGCP6	Q96RT7	1819 aa		14.66	□□□□□ -0.06
LSM4-205	ENST00000597776	LY75	O60449	1722 aa		14.66	□□□□□ -0.06
LSM4-205	ENST00000597776	PNPLA7	Q6ZV29	1317 aa		14.66	□□□□□ -0.06
LSM4-205	ENST00000597776	TAT	P17735	454 aa	Predicted RBP	14.65	□□□□□ -0.06
LSM4-205	ENST00000597776	PCGF6	Q9BYE7	350 aa		14.65	□□□□□ -0.06
LSM4-205	ENST00000597776	CGNL1	Q0VF96	1302 aa		14.65	□□□□□ -0.06
LSM4-205	ENST00000597776	QSER1	Q2KHR3	1735 aa		14.64	□□□□□ -0.07
LSM4-205	ENST00000597776	KIF24	Q5T7B8	1368 aa		14.64	□□□□□ -0.07
LSM4-205	ENST00000597776	TFCP2L1	Q9NZI6	479 aa		14.64	□□□□□ -0.07
LSM4-205	ENST00000597776	CCNL1	Q9UK58	526 aa	Predicted RBP	14.64	□□□□□ -0.07
LSM4-205	ENST00000597776	PPM1G	O15355	546 aa	Predicted RBP	14.63	□□□□□ -0.07
LSM4-205	ENST00000597776	PCDH11X	Q9BZA7	1347 aa		14.63	□□□□□ -0.07
LSM4-205	ENST00000597776	PCDH11Y	Q9BZA8	1340 aa		14.63	□□□□□ -0.07
LSM4-205	ENST00000597776	POLR3GL	Q9BT43	218 aa		14.62	□□□□□ -0.07
LSM4-205	ENST00000597776	TIMELESS	Q9UNS1	1208 aa		14.62	□□□□□ -0.07
LSM4-205	ENST00000597776	MAP3K5	Q99683	1374 aa		14.61	□□□□□ -0.07
LSM4-205	ENST00000597776	CYP27B1	O15528	508 aa		14.61	□□□□□ -0.07
LSM4-205	ENST00000597776	KLHL34	Q8N239	644 aa		14.61	□□□□□ -0.07
LSM4-205	ENST00000597776	SLC16A10	Q8TF71	515 aa		14.61	□□□□□ -0.07
LSM4-205	ENST00000597776	ANKRD26	Q9UPS8	1709 aa		14.61	□□□□□ -0.07
LSM4-205	ENST00000597776	TOGARAM1	Q9Y4F4	1720 aa		14.61	□□□□□ -0.07
LSM4-205	ENST00000597776	NCAPD2	Q15021	1401 aa		14.59	□□□□□ -0.07
LSM4-205	ENST00000597776	GOLGB1	Q14789	3259 aa	Known RBP	14.59	□□□□□ -0.07
LSM4-205	ENST00000597776	COL24A1	Q17RW2	1714 aa		14.59	□□□□□ -0.07
LSM4-205	ENST00000597776	PKD1L3	Q7Z443	1732 aa		14.59	□□□□□ -0.07
LSM4-205	ENST00000597776	POLD1	P28340	1107 aa		14.59	□□□□□ -0.07
LSM4-205	ENST00000597776	MPRIP	Q6WCQ1	1025 aa		14.59	□□□□□ -0.07
LSM4-205	ENST00000597776	CLSPN	Q9HAW4	1339 aa		14.59	□□□□□ -0.07
LSM4-205	ENST00000597776	PALLD	Q8WX93	1383 aa		14.59	□□□□□ -0.07
LSM4-205	ENST00000597776	C5	P01031	1676 aa		14.58	□□□□□ -0.07
LSM4-205	ENST00000597776	MSH5	O43196	834 aa		14.58	□□□□□ -0.08
LSM4-205	ENST00000597776	COL23A1	Q86Y22	540 aa	Predicted RBP	14.58	□□□□□ -0.08
LSM4-205	ENST00000597776	TNNT2	P45379	298 aa	Predicted RBP	14.57	□□□□□ -0.08
LSM4-205	ENST00000597776	POLK	Q9UBT6	870 aa		14.57	□□□□□ -0.08
LSM4-205	ENST00000597776	WASHC2A	Q641Q2	1341 aa		14.57	□□□□□ -0.08
LSM4-205	ENST00000597776	MSL1	Q68DK7	614 aa		14.56	□□□□□ -0.08
LSM4-205	ENST00000597776	ZNF784	Q8NCA9	323 aa	Predicted RBP	14.56	□□□□□ -0.08
LSM4-205	ENST00000597776	NLGN2	Q8NFZ4	835 aa		14.56	□□□□□ -0.08
LSM4-205	ENST00000597776	EYA1	Q99502	592 aa		14.56	□□□□□ -0.08
LSM4-205	ENST00000597776	MAP2	P11137	1827 aa	Known RBP	14.55	□□□□□ -0.08
LSM4-205	ENST00000597776	ITGB4	P16144	1822 aa		14.55	□□□□□ -0.08
LSM4-205	ENST00000597776	GPR162	Q16538	588 aa		14.55	□□□□□ -0.08
LSM4-205	ENST00000597776	HSPA5	P11021	654 aa	Known RBP	14.54	□□□□□ -0.08
LSM4-205	ENST00000597776	PELP1	Q8IZL8	1130 aa	Known RBP	14.54	□□□□□ -0.08
LSM4-205	ENST00000597776	PIGB	Q92521	554 aa		14.54	□□□□□ -0.08
LSM4-205	ENST00000597776	SPG7	Q9UQ90	795 aa		14.54	□□□□□ -0.08
LSM4-205	ENST00000597776	TAF1L	Q8IZX4	1826 aa		14.53	□□□□□ -0.08
LSM4-205	ENST00000597776	EIF4G2	P78344	907 aa	Known RBP eCLIP	14.53	□□□□□ -0.08
LSM4-205	ENST00000597776	EIF4A2	Q14240	407 aa	Known RBP	14.53	□□□□□ -0.08
LSM4-205	ENST00000597776	NKX1-1	Q15270	411 aa	Predicted RBP	14.53	□□□□□ -0.08
LSM4-205	ENST00000597776	AMIGO3	Q86WK7	504 aa		14.53	□□□□□ -0.08
LSM4-205	ENST00000597776	C4B	P0C0L5	1744 aa		14.52	□□□□□ -0.08
LSM4-205	ENST00000597776	SMIM5	Q71RC9	77 aa		14.52	□□□□□ -0.09
LSM4-205	ENST00000597776	SMARCC1	Q92922	1105 aa	Predicted RBP	14.52	□□□□□ -0.09
LSM4-205	ENST00000597776	CHD4	Q14839	1912 aa		14.51	□□□□□ -0.09
LSM4-205	ENST00000597776	PANK3	Q9H999	370 aa		14.51	□□□□□ -0.09
LSM4-205	ENST00000597776	PHF14	O94880	888 aa		14.5	□□□□□ -0.09
LSM4-205	ENST00000597776	PHKG2	P15735	406 aa		14.5	□□□□□ -0.09
LSM4-205	ENST00000597776	CCER1	Q8TC90	406 aa	Predicted RBP	14.5	□□□□□ -0.09
LSM4-205	ENST00000597776	AK7	Q96M32	723 aa		14.5	□□□□□ -0.09
LSM4-205	ENST00000597776	BCLAF1	Q9NYF8	920 aa	Known RBP eCLIP	14.5	□□□□□ -0.09
LSM4-205	ENST00000597776	TMOD3	Q9NYL9	352 aa		14.5	□□□□□ -0.09
LSM4-205	ENST00000597776	LOC102724428	A0A0B4J2F2	783 aa		14.49	□□□□□ -0.09
LSM4-205	ENST00000597776	SIK1	P57059	783 aa		14.49	□□□□□ -0.09
LSM4-205	ENST00000597776	LINC00116	Q8NCU8	138 aa		14.49	□□□□□ -0.09
LSM4-205	ENST00000597776	ASAP1	Q9ULH1	1129 aa		14.49	□□□□□ -0.09
LSM4-205	ENST00000597776	YBX3	P16989	372 aa	Known RBP eCLIP	14.48	□□□□□ -0.09	1e-10	■■■□□ 17.4
LSM4-205	ENST00000597776	IFNL2	Q8IZJ0	200 aa		14.48	□□□□□ -0.09
LSM4-205	ENST00000597776	FLAD1	Q8NFF5	587 aa		14.48	□□□□□ -0.09
LSM4-205	ENST00000597776	UBR3	Q6ZT12	1888 aa		14.48	□□□□□ -0.09
LSM4-205	ENST00000597776	IGSF1	Q8N6C5	1336 aa		14.47	□□□□□ -0.09
LSM4-205	ENST00000597776	RPL17-C18orf32	A0A0A6YYL6	228 aa	Known RBP	14.47	□□□□□ -0.09
LSM4-205	ENST00000597776	ITPK1	Q13572	414 aa		14.47	□□□□□ -0.09
LSM4-205	ENST00000597776	HMGB2	P26583	209 aa	Known RBP	14.46	□□□□□ -0.09
LSM4-205	ENST00000597776	ATG3	Q9NT62	314 aa		14.46	□□□□□ -0.09
LSM4-205	ENST00000597776	GNPAT	O15228	680 aa		14.44	□□□□□ -0.1
LSM4-205	ENST00000597776	ATP6V1A	P38606	617 aa		14.44	□□□□□ -0.1
LSM4-205	ENST00000597776	MORC1	Q86VD1	984 aa		14.44	□□□□□ -0.1
LSM4-205	ENST00000597776	AEBP1	Q8IUX7	1158 aa		14.44	□□□□□ -0.1
LSM4-205	ENST00000597776	CD2AP	Q9Y5K6	639 aa		14.44	□□□□□ -0.1

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 49.1 ms