RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000471861.5

CCDC78-208, Transcript of coiled-coil domain containing 78, human

TSL 3

Gene CCDC78, Length 743 nt, Biotype retained intron.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CCDC78-208	ENST00000471861	PELP1	Q8IZL8	1130 aa	Known RBP	28.17	■■■□□ 2.1
CCDC78-208	ENST00000471861	TFCP2L1	Q9NZI6	479 aa		28.17	■■■□□ 2.1
CCDC78-208	ENST00000471861	MEGF6	O75095	1541 aa		28.17	■■■□□ 2.1
CCDC78-208	ENST00000471861	RGPD2	P0DJD1	1756 aa		28.15	■■■□□ 2.1
CCDC78-208	ENST00000471861	GIGYF1	O75420	1035 aa	Predicted RBP	28.15	■■■□□ 2.1
CCDC78-208	ENST00000471861	SYTL4	Q96C24	671 aa	Predicted RBP	28.15	■■■□□ 2.1
CCDC78-208	ENST00000471861	CARD11	Q9BXL7	1154 aa		28.15	■■■□□ 2.1
CCDC78-208	ENST00000471861	YBX3	P16989	372 aa	Known RBP eCLIP	28.13	■■■□□ 2.09
CCDC78-208	ENST00000471861	TERF2IP	Q9NYB0	399 aa		28.13	■■■□□ 2.09
CCDC78-208	ENST00000471861	MAP3K19	Q56UN5	1328 aa		28.13	■■■□□ 2.09
CCDC78-208	ENST00000471861	FBLN1	P23142	703 aa		28.11	■■■□□ 2.09
CCDC78-208	ENST00000471861	HOXC9	P31274	260 aa		28.11	■■■□□ 2.09
CCDC78-208	ENST00000471861	CEP350	Q5VT06	3117 aa		28.11	■■■□□ 2.09
CCDC78-208	ENST00000471861	CCNL1	Q9UK58	526 aa	Predicted RBP	28.09	■■■□□ 2.09
CCDC78-208	ENST00000471861	COL23A1	Q86Y22	540 aa	Predicted RBP	28.07	■■■□□ 2.08
CCDC78-208	ENST00000471861	ZCRB1	Q8TBF4	217 aa	Known RBP	28.07	■■■□□ 2.08
CCDC78-208	ENST00000471861	PUS7	Q96PZ0	661 aa	Known RBP	28.07	■■■□□ 2.08
CCDC78-208	ENST00000471861	C5	P01031	1676 aa		28.03	■■■□□ 2.08
CCDC78-208	ENST00000471861	MSL1	Q68DK7	614 aa		28.03	■■■□□ 2.08
CCDC78-208	ENST00000471861	COG3	Q96JB2	828 aa		28.03	■■■□□ 2.08
CCDC78-208	ENST00000471861	USP47	Q96K76	1375 aa		28.02	■■■□□ 2.08
CCDC78-208	ENST00000471861	AMPH	P49418	695 aa		28.02	■■■□□ 2.08
CCDC78-208	ENST00000471861	TESK2	Q96S53	571 aa		28.02	■■■□□ 2.08
CCDC78-208	ENST00000471861	RTL1	A6NKG5	1358 aa		28.01	■■■□□ 2.07
CCDC78-208	ENST00000471861	ATP10D	Q9P241	1426 aa		28.01	■■■□□ 2.07
CCDC78-208	ENST00000471861	MSH5	O43196	834 aa		28	■■■□□ 2.07
CCDC78-208	ENST00000471861	GRIN3B	O60391	1043 aa		28	■■■□□ 2.07
CCDC78-208	ENST00000471861	NBPF6	Q5VWK0	638 aa		28	■■■□□ 2.07
CCDC78-208	ENST00000471861	USHBP1	Q8N6Y0	703 aa		28	■■■□□ 2.07
CCDC78-208	ENST00000471861	NBPF4	Q96M43	638 aa		28	■■■□□ 2.07
CCDC78-208	ENST00000471861	RRS1	Q15050	365 aa	Known RBP	27.97	■■■□□ 2.07
CCDC78-208	ENST00000471861	TAF1L	Q8IZX4	1826 aa		27.97	■■■□□ 2.07
CCDC78-208	ENST00000471861	TOGARAM1	Q9Y4F4	1720 aa		27.96	■■■□□ 2.07
CCDC78-208	ENST00000471861	IFFO2	Q5TF58	517 aa		27.96	■■■□□ 2.07
CCDC78-208	ENST00000471861	ADCY9	O60503	1353 aa		27.95	■■■□□ 2.06
CCDC78-208	ENST00000471861	CGNL1	Q0VF96	1302 aa		27.93	■■■□□ 2.06
CCDC78-208	ENST00000471861	PALLD	Q8WX93	1383 aa		27.93	■■■□□ 2.06
CCDC78-208	ENST00000471861	ST20-MTHFS	A0A0A6YYL1	179 aa		27.92	■■■□□ 2.06
CCDC78-208	ENST00000471861	AMIGO3	Q86WK7	504 aa		27.92	■■■□□ 2.06
CCDC78-208	ENST00000471861	CD2AP	Q9Y5K6	639 aa		27.91	■■■□□ 2.06
CCDC78-208	ENST00000471861	C4B	P0C0L5	1744 aa		27.91	■■■□□ 2.06
CCDC78-208	ENST00000471861	RAPGEF4	Q8WZA2	1011 aa		27.9	■■■□□ 2.06
CCDC78-208	ENST00000471861	FYB1	O15117	783 aa		27.89	■■■□□ 2.06
CCDC78-208	ENST00000471861	GGNBP2	Q9H3C7	697 aa		27.89	■■■□□ 2.06
CCDC78-208	ENST00000471861	SMG6	Q86US8	1419 aa	Known RBP	27.89	■■■□□ 2.06
CCDC78-208	ENST00000471861	TONSL	Q96HA7	1378 aa		27.88	■■■□□ 2.05
CCDC78-208	ENST00000471861	PCDH11X	Q9BZA7	1347 aa		27.88	■■■□□ 2.05
CCDC78-208	ENST00000471861	PCDH11Y	Q9BZA8	1340 aa		27.88	■■■□□ 2.05
CCDC78-208	ENST00000471861	CYP27B1	O15528	508 aa		27.87	■■■□□ 2.05
CCDC78-208	ENST00000471861	TAT	P17735	454 aa	Predicted RBP	27.87	■■■□□ 2.05
CCDC78-208	ENST00000471861	INSR	P06213	1382 aa		27.86	■■■□□ 2.05
CCDC78-208	ENST00000471861	HSP90AB2P	Q58FF8	381 aa		27.86	■■■□□ 2.05
CCDC78-208	ENST00000471861	UBR3	Q6ZT12	1888 aa		27.86	■■■□□ 2.05
CCDC78-208	ENST00000471861	ITGB4	P16144	1822 aa		27.85	■■■□□ 2.05
CCDC78-208	ENST00000471861	PKD1L3	Q7Z443	1732 aa		27.85	■■■□□ 2.05
CCDC78-208	ENST00000471861	SMIM5	Q71RC9	77 aa		27.85	■■■□□ 2.05
CCDC78-208	ENST00000471861	FLAD1	Q8NFF5	587 aa		27.85	■■■□□ 2.05
CCDC78-208	ENST00000471861	MPRIP	Q6WCQ1	1025 aa		27.84	■■■□□ 2.05
CCDC78-208	ENST00000471861	GPBP1L1	Q9HC44	474 aa	Predicted RBP	27.84	■■■□□ 2.05
CCDC78-208	ENST00000471861	FLT4	P35916	1363 aa		27.83	■■■□□ 2.05
CCDC78-208	ENST00000471861	MAP2	P11137	1827 aa	Known RBP	27.82	■■■□□ 2.04
CCDC78-208	ENST00000471861	KIF20B	Q96Q89	1820 aa		27.82	■■■□□ 2.04
CCDC78-208	ENST00000471861	ZNF526	Q8TF50	670 aa	Predicted RBP	27.81	■■■□□ 2.04
CCDC78-208	ENST00000471861	WWC3	Q9ULE0	1092 aa		27.81	■■■□□ 2.04
CCDC78-208	ENST00000471861	IGSF1	Q8N6C5	1336 aa		27.81	■■■□□ 2.04
CCDC78-208	ENST00000471861	AK7	Q96M32	723 aa		27.8	■■■□□ 2.04
CCDC78-208	ENST00000471861	NCAPD2	Q15021	1401 aa		27.8	■■■□□ 2.04
CCDC78-208	ENST00000471861	KIF24	Q5T7B8	1368 aa		27.78	■■■□□ 2.04
CCDC78-208	ENST00000471861	PHF14	O94880	888 aa		27.78	■■■□□ 2.04
CCDC78-208	ENST00000471861	HSPA6	P17066	643 aa		27.78	■■■□□ 2.04
CCDC78-208	ENST00000471861	RPL17-C18orf32	A0A0A6YYL6	228 aa	Known RBP	27.77	■■■□□ 2.04
CCDC78-208	ENST00000471861	PIGB	Q92521	554 aa		27.77	■■■□□ 2.04
CCDC78-208	ENST00000471861	SMARCC1	Q92922	1105 aa	Predicted RBP	27.76	■■■□□ 2.03
CCDC78-208	ENST00000471861	CIC	Q96RK0	1608 aa	Predicted RBP	27.76	■■■□□ 2.03
CCDC78-208	ENST00000471861	LINC00116	Q8NCU8	138 aa		27.75	■■■□□ 2.03
CCDC78-208	ENST00000471861	EMILIN1	Q9Y6C2	1016 aa		27.74	■■■□□ 2.03
CCDC78-208	ENST00000471861	NSD3	Q9BZ95	1437 aa		27.74	■■■□□ 2.03
CCDC78-208	ENST00000471861	SLC24A1	O60721	1099 aa		27.73	■■■□□ 2.03
CCDC78-208	ENST00000471861	HMGB2	P26583	209 aa	Known RBP	27.73	■■■□□ 2.03
CCDC78-208	ENST00000471861	NKX1-1	Q15270	411 aa	Predicted RBP	27.73	■■■□□ 2.03
CCDC78-208	ENST00000471861	SSFA2	P28290	1259 aa		27.72	■■■□□ 2.03
CCDC78-208	ENST00000471861	ANKRD26	Q9UPS8	1709 aa		27.72	■■■□□ 2.03
CCDC78-208	ENST00000471861	KIAA1551	Q9HCM1	1747 aa		27.71	■■■□□ 2.03
CCDC78-208	ENST00000471861	LOC102724428	A0A0B4J2F2	783 aa		27.7	■■■□□ 2.02
CCDC78-208	ENST00000471861	KIF3C	O14782	793 aa		27.7	■■■□□ 2.02
CCDC78-208	ENST00000471861	SIK1	P57059	783 aa		27.7	■■■□□ 2.02
CCDC78-208	ENST00000471861	TMF1	P82094	1093 aa		27.69	■■■□□ 2.02
CCDC78-208	ENST00000471861	ITPK1	Q13572	414 aa		27.69	■■■□□ 2.02
CCDC78-208	ENST00000471861	CARD14	Q9BXL6	1004 aa		27.68	■■■□□ 2.02
CCDC78-208	ENST00000471861	PXDNL	A1KZ92	1463 aa		27.68	■■■□□ 2.02
CCDC78-208	ENST00000471861	KIF13B	Q9NQT8	1826 aa		27.67	■■■□□ 2.02
CCDC78-208	ENST00000471861	ASAP1	Q9ULH1	1129 aa		27.66	■■■□□ 2.02
CCDC78-208	ENST00000471861	GNPAT	O15228	680 aa		27.65	■■■□□ 2.02
CCDC78-208	ENST00000471861	SPG7	Q9UQ90	795 aa		27.63	■■■□□ 2.01
CCDC78-208	ENST00000471861	TMOD3	Q9NYL9	352 aa		27.62	■■■□□ 2.01
CCDC78-208	ENST00000471861	KDR	P35968	1356 aa		27.61	■■■□□ 2.01
CCDC78-208	ENST00000471861	N4BP2	Q86UW6	1770 aa	Predicted RBP	27.61	■■■□□ 2.01
CCDC78-208	ENST00000471861	MMP10	P09238	476 aa		27.61	■■■□□ 2.01
CCDC78-208	ENST00000471861	EYA1	Q99502	592 aa		27.61	■■■□□ 2.01
CCDC78-208	ENST00000471861	ATP6V1A	P38606	617 aa		27.6	■■■□□ 2.01

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