RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000455631.5

PTPRA-208, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type A, human

TSL 5

Gene PTPRA, Length 1,107 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRA-208	ENST00000455631	IP6K1	Q92551	441 aa		33.04	■■■□□ 2.88
PTPRA-208	ENST00000455631		A0A1W2PP64	1363 aa		33.04	■■■□□ 2.88
PTPRA-208	ENST00000455631	PRIM1	P49642	420 aa	Known RBP	33.03	■■■□□ 2.88
PTPRA-208	ENST00000455631	TERF2IP	Q9NYB0	399 aa		33.01	■■■□□ 2.87
PTPRA-208	ENST00000455631	NSD2	O96028	1365 aa		33	■■■□□ 2.87
PTPRA-208	ENST00000455631	MSH5	O43196	834 aa		32.98	■■■□□ 2.87
PTPRA-208	ENST00000455631	CARD11	Q9BXL7	1154 aa		32.98	■■■□□ 2.87
PTPRA-208	ENST00000455631	CCNL1	Q9UK58	526 aa	Predicted RBP	32.98	■■■□□ 2.87
PTPRA-208	ENST00000455631	RGPD2	P0DJD1	1756 aa		32.97	■■■□□ 2.87
PTPRA-208	ENST00000455631	YBX3	P16989	372 aa	Known RBP eCLIP	32.97	■■■□□ 2.87	4e-8	■□□□□ 9
PTPRA-208	ENST00000455631	GRIN3B	O60391	1043 aa		32.95	■■■□□ 2.87
PTPRA-208	ENST00000455631	MEGF6	O75095	1541 aa		32.94	■■■□□ 2.86
PTPRA-208	ENST00000455631	IFFO2	Q5TF58	517 aa		32.92	■■■□□ 2.86
PTPRA-208	ENST00000455631	ZCRB1	Q8TBF4	217 aa	Known RBP	32.92	■■■□□ 2.86
PTPRA-208	ENST00000455631	MAP3K19	Q56UN5	1328 aa		32.92	■■■□□ 2.86
PTPRA-208	ENST00000455631	HOXC9	P31274	260 aa		32.91	■■■□□ 2.86
PTPRA-208	ENST00000455631	COL23A1	Q86Y22	540 aa	Predicted RBP	32.91	■■■□□ 2.86
PTPRA-208	ENST00000455631	USP47	Q96K76	1375 aa		32.91	■■■□□ 2.86
PTPRA-208	ENST00000455631	AMPH	P49418	695 aa		32.9	■■■□□ 2.86
PTPRA-208	ENST00000455631	MSL1	Q68DK7	614 aa		32.9	■■■□□ 2.86
PTPRA-208	ENST00000455631	COG3	Q96JB2	828 aa		32.89	■■■□□ 2.86
PTPRA-208	ENST00000455631	C5	P01031	1676 aa		32.88	■■■□□ 2.85
PTPRA-208	ENST00000455631	ATP10D	Q9P241	1426 aa		32.87	■■■□□ 2.85
PTPRA-208	ENST00000455631	FBLN1	P23142	703 aa		32.85	■■■□□ 2.85
PTPRA-208	ENST00000455631	PUS7	Q96PZ0	661 aa	Known RBP	32.84	■■■□□ 2.85
PTPRA-208	ENST00000455631	CEP350	Q5VT06	3117 aa		32.81	■■■□□ 2.84
PTPRA-208	ENST00000455631	RTL1	A6NKG5	1358 aa		32.81	■■■□□ 2.84
PTPRA-208	ENST00000455631	USHBP1	Q8N6Y0	703 aa		32.79	■■■□□ 2.84
PTPRA-208	ENST00000455631	TAF1L	Q8IZX4	1826 aa		32.79	■■■□□ 2.84
PTPRA-208	ENST00000455631	NBPF6	Q5VWK0	638 aa		32.78	■■■□□ 2.84
PTPRA-208	ENST00000455631	NBPF4	Q96M43	638 aa		32.78	■■■□□ 2.84
PTPRA-208	ENST00000455631	CD2AP	Q9Y5K6	639 aa		32.78	■■■□□ 2.84
PTPRA-208	ENST00000455631	CGNL1	Q0VF96	1302 aa		32.77	■■■□□ 2.84
PTPRA-208	ENST00000455631	RAPGEF4	Q8WZA2	1011 aa		32.77	■■■□□ 2.84
PTPRA-208	ENST00000455631	GPBP1L1	Q9HC44	474 aa	Predicted RBP	32.77	■■■□□ 2.84
PTPRA-208	ENST00000455631	SMG6	Q86US8	1419 aa	Known RBP	32.77	■■■□□ 2.84
PTPRA-208	ENST00000455631	RRS1	Q15050	365 aa	Known RBP	32.76	■■■□□ 2.83
PTPRA-208	ENST00000455631	PALLD	Q8WX93	1383 aa		32.74	■■■□□ 2.83
PTPRA-208	ENST00000455631	FLAD1	Q8NFF5	587 aa		32.73	■■■□□ 2.83
PTPRA-208	ENST00000455631	ZNF526	Q8TF50	670 aa	Predicted RBP	32.73	■■■□□ 2.83
PTPRA-208	ENST00000455631	ADCY9	O60503	1353 aa		32.72	■■■□□ 2.83
PTPRA-208	ENST00000455631	TAT	P17735	454 aa	Predicted RBP	32.72	■■■□□ 2.83
PTPRA-208	ENST00000455631	PCDH11X	Q9BZA7	1347 aa		32.72	■■■□□ 2.83
PTPRA-208	ENST00000455631	PCDH11Y	Q9BZA8	1340 aa		32.72	■■■□□ 2.83
PTPRA-208	ENST00000455631	C4B	P0C0L5	1744 aa		32.71	■■■□□ 2.83
PTPRA-208	ENST00000455631	HMGB2	P26583	209 aa	Known RBP	32.7	■■■□□ 2.83
PTPRA-208	ENST00000455631	TESK2	Q96S53	571 aa		32.7	■■■□□ 2.83
PTPRA-208	ENST00000455631	MPRIP	Q6WCQ1	1025 aa		32.69	■■■□□ 2.82
PTPRA-208	ENST00000455631	TONSL	Q96HA7	1378 aa		32.69	■■■□□ 2.82
PTPRA-208	ENST00000455631	TOGARAM1	Q9Y4F4	1720 aa		32.68	■■■□□ 2.82
PTPRA-208	ENST00000455631	AK7	Q96M32	723 aa		32.67	■■■□□ 2.82
PTPRA-208	ENST00000455631	ITGB4	P16144	1822 aa		32.66	■■■□□ 2.82
PTPRA-208	ENST00000455631	ST20-MTHFS	A0A0A6YYL1	179 aa		32.66	■■■□□ 2.82
PTPRA-208	ENST00000455631	GGNBP2	Q9H3C7	697 aa		32.66	■■■□□ 2.82
PTPRA-208	ENST00000455631	WWC3	Q9ULE0	1092 aa		32.66	■■■□□ 2.82
PTPRA-208	ENST00000455631	HSPA6	P17066	643 aa		32.65	■■■□□ 2.82
PTPRA-208	ENST00000455631	UBR3	Q6ZT12	1888 aa		32.65	■■■□□ 2.82
PTPRA-208	ENST00000455631	PHF14	O94880	888 aa		32.64	■■■□□ 2.82
PTPRA-208	ENST00000455631	IGSF1	Q8N6C5	1336 aa		32.64	■■■□□ 2.82
PTPRA-208	ENST00000455631	FYB1	O15117	783 aa		32.62	■■■□□ 2.81
PTPRA-208	ENST00000455631	AMIGO3	Q86WK7	504 aa		32.62	■■■□□ 2.81
PTPRA-208	ENST00000455631	INSR	P06213	1382 aa		32.61	■■■□□ 2.81
PTPRA-208	ENST00000455631	KIF20B	Q96Q89	1820 aa		32.61	■■■□□ 2.81
PTPRA-208	ENST00000455631	HSP90AB2P	Q58FF8	381 aa		32.61	■■■□□ 2.81
PTPRA-208	ENST00000455631	SMARCC1	Q92922	1105 aa	Predicted RBP	32.61	■■■□□ 2.81
PTPRA-208	ENST00000455631	NSD3	Q9BZ95	1437 aa		32.6	■■■□□ 2.81
PTPRA-208	ENST00000455631	CYP27B1	O15528	508 aa		32.6	■■■□□ 2.81
PTPRA-208	ENST00000455631	FLT4	P35916	1363 aa		32.59	■■■□□ 2.81
PTPRA-208	ENST00000455631	PKD1L3	Q7Z443	1732 aa		32.59	■■■□□ 2.81
PTPRA-208	ENST00000455631	RPL17-C18orf32	A0A0A6YYL6	228 aa	Known RBP	32.58	■■■□□ 2.81
PTPRA-208	ENST00000455631	SLC24A1	O60721	1099 aa		32.58	■■■□□ 2.81
PTPRA-208	ENST00000455631	SMIM5	Q71RC9	77 aa		32.58	■■■□□ 2.81
PTPRA-208	ENST00000455631	PIGB	Q92521	554 aa		32.53	■■■□□ 2.8
PTPRA-208	ENST00000455631	KIF24	Q5T7B8	1368 aa		32.53	■■■□□ 2.8
PTPRA-208	ENST00000455631	MAP2	P11137	1827 aa	Known RBP	32.53	■■■□□ 2.8
PTPRA-208	ENST00000455631	SSFA2	P28290	1259 aa		32.52	■■■□□ 2.8
PTPRA-208	ENST00000455631	LINC00116	Q8NCU8	138 aa		32.5	■■■□□ 2.79
PTPRA-208	ENST00000455631	CIC	Q96RK0	1608 aa	Predicted RBP	32.49	■■■□□ 2.79
PTPRA-208	ENST00000455631	LOC102724428	A0A0B4J2F2	783 aa		32.48	■■■□□ 2.79
PTPRA-208	ENST00000455631	KIF3C	O14782	793 aa		32.48	■■■□□ 2.79
PTPRA-208	ENST00000455631	SIK1	P57059	783 aa		32.48	■■■□□ 2.79
PTPRA-208	ENST00000455631	TMF1	P82094	1093 aa		32.48	■■■□□ 2.79
PTPRA-208	ENST00000455631	GNPAT	O15228	680 aa		32.46	■■■□□ 2.79
PTPRA-208	ENST00000455631	SPG7	Q9UQ90	795 aa		32.45	■■■□□ 2.79
PTPRA-208	ENST00000455631	EMILIN1	Q9Y6C2	1016 aa		32.45	■■■□□ 2.79
PTPRA-208	ENST00000455631	NKX1-1	Q15270	411 aa	Predicted RBP	32.44	■■■□□ 2.78
PTPRA-208	ENST00000455631	NCAPD2	Q15021	1401 aa		32.43	■■■□□ 2.78
PTPRA-208	ENST00000455631	TMOD3	Q9NYL9	352 aa		32.43	■■■□□ 2.78
PTPRA-208	ENST00000455631	PPM1G	O15355	546 aa	Predicted RBP	32.41	■■■□□ 2.78
PTPRA-208	ENST00000455631	ITPK1	Q13572	414 aa		32.41	■■■□□ 2.78
PTPRA-208	ENST00000455631	KIF13B	Q9NQT8	1826 aa		32.41	■■■□□ 2.78
PTPRA-208	ENST00000455631	PXDNL	A1KZ92	1463 aa		32.41	■■■□□ 2.78
PTPRA-208	ENST00000455631	N4BP2	Q86UW6	1770 aa	Predicted RBP	32.4	■■■□□ 2.78
PTPRA-208	ENST00000455631	MMP10	P09238	476 aa		32.4	■■■□□ 2.78
PTPRA-208	ENST00000455631	ATP6V1A	P38606	617 aa		32.4	■■■□□ 2.78
PTPRA-208	ENST00000455631	ASAP1	Q9ULH1	1129 aa		32.4	■■■□□ 2.78
PTPRA-208	ENST00000455631	KIAA1551	Q9HCM1	1747 aa		32.4	■■■□□ 2.78
PTPRA-208	ENST00000455631	ANKRD26	Q9UPS8	1709 aa		32.4	■■■□□ 2.78
PTPRA-208	ENST00000455631	APLP1	P51693	650 aa		32.37	■■■□□ 2.77
PTPRA-208	ENST00000455631	BCS1L	Q9Y276	419 aa		32.35	■■■□□ 2.77

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