RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000557005.1

SYNE2-223, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 2, human

TSL 2

Gene SYNE2, Length 5,804 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE2-223	ENST00000557005	VPS51	Q9UID3	782 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	TMCC3	Q9ULS5	477 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	TBX1	O43435	398 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	TNFRSF21	O75509	655 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	RPP40	O75818	363 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	ANGPTL1	O95841	491 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	GSTM1	P09488	218 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	PTPN5	P54829	565 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	CDC42	P60953	191 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	CYP4F8	P98187	520 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	CDH18	Q13634	790 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	MOG	Q16653	247 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	TNFAIP8L3	Q5GJ75	292 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	CHST15	Q7LFX5	561 aa	Predicted RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	ANKRD46	Q86W74	232 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	KRT73	Q86Y46	540 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	ELMOD1	Q8N336	334 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	UXS1	Q8NBZ7	420 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	RAB2B	Q8WUD1	216 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	ESAM	Q96AP7	390 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	EXOC2	Q96KP1	924 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	SNX27	Q96L92	541 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	TEKT5	Q96M29	485 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	FOPNL	Q96NB1	174 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	SORT1	Q99523	831 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	CHCHD6	Q9BRQ6	235 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	TRIM45	Q9H8W5	580 aa	Predicted RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	AGO3	Q9H9G7	860 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	CNTN3	Q9P232	1028 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	KANSL3	Q9P2N6	904 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	EIF2B4	Q9UI10	523 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	C3orf18	Q9UK00	162 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	VPS4A	Q9UN37	437 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	PRG3	Q9Y2Y8	225 aa	Predicted RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	PCDHB7	Q9Y5E2	793 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	PCDHGA7	Q9Y5G6	932 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	NRCAM	Q92823	1304 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	PIPSL	A2A3N6	862 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005		C9IYK1	514 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	SCAMP3	O14828	347 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	EDIL3	O43854	480 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	OR4F21	O95013	312 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	SNAP29	O95721	258 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	FTH1	P02794	183 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	MBL2	P11226	248 aa	Predicted RBP	4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	PRKACG	P22612	351 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	GRM5	P41594	1212 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	GJA9	P57773	515 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	HERVK_113	P63132	956 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	BEX3	Q00994	111 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	FCHO2	Q0JRZ9	810 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	CNTN1	Q12860	1018 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	BOP1	Q14137	746 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	LAPTM4A	Q15012	233 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	DPYSL2	Q16555	572 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	CTC1	Q2NKJ3	1217 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	PIGG	Q5H8A4	983 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	RBM20	Q5T481	1227 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	CTU1	Q7Z7A3	348 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	RASAL3	Q86YV0	1011 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	AADAT	Q8N5Z0	425 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	TTC29	Q8NA56	475 aa	Predicted RBP	4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	MINDY2	Q8NBR6	621 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	BIRC7	Q96CA5	298 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	HBEGF	Q99075	208 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	ERVK-6	Q9BXR3	956 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	POLR1E	Q9GZS1	481 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	MUC13	Q9H3R2	512 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	MEAF6	Q9HAF1	191 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	CNTNAP1	P78357	1384 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	LOC100130705	A0A1B0GUX0	176 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	AIRE	O43918	545 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	PABPC4L	P0CB38	370 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	COL6A2	P12110	1019 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	ARF4	P18085	180 aa	Predicted RBP	4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	CYP2B6	P20813	491 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	EFNA1	P20827	205 aa	Predicted RBP	4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	FUT4	P22083	530 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	S100A1	P23297	94 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	AZGP1	P25311	298 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	AQP1	P29972	269 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	IFNA8	P32881	189 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	SLC11A2	P49281	568 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	RENBP	P51606	427 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	TP53BP2	Q13625	1128 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	IL18	Q14116	193 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	IKBKE	Q14164	716 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	CTXN3	Q4LDR2	81 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	PRAMEF19	Q5SWL8	479 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	METTL21C	Q5VZV1	264 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	FAM151B	Q6UXP7	276 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	PLPPR4	Q7Z2D5	763 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	CEP97	Q8IW35	865 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	CFAP52	Q8N1V2	620 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	PIH1D2	Q8WWB5	315 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	SENP8	Q96LD8	212 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	GAD1	Q99259	594 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	DHRS4	Q9BTZ2	278 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	FAM126A	Q9BYI3	521 aa	Predicted RBP	4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	BCO2	Q9BYV7	579 aa		4.95	□□□□□ -1.62

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