RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	OR2A12	Q8NGT7	310 aa		8.75	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	ACTL9	Q8TC94	416 aa		8.75	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	ACTRT1	Q8TDG2	376 aa		8.75	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	SNRNP27	Q8WVK2	155 aa	Known RBP	8.75	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	HTR3C	Q8WXA8	447 aa		8.75	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	HDAC11	Q96DB2	347 aa		8.75	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	CAPZA3	Q96KX2	299 aa		8.75	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	GDAP1L1	Q96MZ0	367 aa		8.75	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	WDR24	Q96S15	920 aa		8.75	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	VAT1	Q99536	393 aa		8.75	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	IL12RB2	Q99665	862 aa		8.75	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	HEPH	Q9BQS7	1158 aa		8.75	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	SLC17A9	Q9BYT1	436 aa		8.75	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	KLC2	Q9H0B6	622 aa		8.75	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	NOL6	Q9H6R4	1146 aa	Known RBP	8.75	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	NT5M	Q9NPB1	228 aa		8.75	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	FRRS1L	Q9P0K9	344 aa		8.75	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	HECA	Q9UBI9	543 aa	Predicted RBP	8.75	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	IL36A	Q9UHA7	158 aa		8.75	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	AMACR	Q9UHK6	382 aa		8.75	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	TRHDE	Q9UKU6	1024 aa		8.75	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	NEU3	Q9UQ49	428 aa		8.75	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	HS3ST2	Q9Y278	367 aa		8.75	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	MFHAS1	Q9Y4C4	1052 aa		8.75	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	HEMK1	Q9Y5R4	338 aa	Predicted RBP	8.75	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	UBR5	O95071	2799 aa	Predicted RBP	8.75	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	SPTY2D1-AS1	A0A0U1RR47	76 aa		8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	LOC107983988	A0A1B0GUW6	1196 aa	Predicted RBP	8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	EME2	A4GXA9	379 aa	Predicted RBP	8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	CFAP69	A5D8W1	941 aa		8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	GOLGA6C	A6NDK9	693 aa		8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	GOLGA6B	A6NDN3	693 aa		8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	CDRT15L2	A8MXV6	281 aa		8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	KCNN4	O15554	427 aa		8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	LEFTY1	O75610	366 aa		8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	ZMPSTE24	O75844	475 aa		8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	TMCC1	O94876	653 aa		8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	CSF2	P04141	144 aa		8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	PRNP	P04156	253 aa		8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	GOLGA6D	P0CG33	693 aa		8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	CA4	P22748	312 aa		8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	XPA	P23025	273 aa	Predicted RBP	8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	CHRNA4	P43681	627 aa		8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	ARF5	P84085	180 aa		8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	PPID	Q08752	370 aa	Known RBP	8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	SNX1	Q13596	522 aa		8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	PDE1C	Q14123	709 aa	Predicted RBP	8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	NOMO1	Q15155	1222 aa		8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	CYTH1	Q15438	398 aa		8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	NR0B2	Q15466	257 aa		8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	TCEA2	Q15560	299 aa		8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	MYLK3	Q32MK0	819 aa		8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	TEX44	Q53QW1	395 aa		8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	ARTN	Q5T4W7	220 aa		8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	IGF2-AS	Q6U949	168 aa		8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	ARHGAP36	Q6ZRI8	547 aa		8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	SRL	Q86TD4	932 aa		8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	JAML	Q86YT9	394 aa		8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	DCP2	Q8IU60	420 aa	Known RBP	8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	RBFA	Q8N0V3	343 aa		8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	RASGEF1C	Q8N431	466 aa		8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	ARL14	Q8N4G2	192 aa		8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	CCDC89	Q8N998	374 aa		8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	TMIE	Q8NEW7	156 aa		8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	ATL2	Q8NHH9	583 aa		8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	WDR36	Q8NI36	951 aa	Known RBP	8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	GRK7	Q8WTQ7	553 aa		8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	C1orf54	Q8WWF1	131 aa		8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	FATE1	Q969F0	183 aa		8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	MAGOHB	Q96A72	148 aa	Known RBP	8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	PPP1R16A	Q96I34	528 aa		8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	MS4A14	Q96JA4	679 aa		8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	PPP1R2P1	Q96PQ5	205 aa		8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	CCNL2	Q96S94	520 aa	Predicted RBP	8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	POLR1E	Q9GZS1	481 aa	Known RBP	8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	TCEAL2	Q9H3H9	227 aa	Predicted RBP	8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	USP29	Q9HBJ7	922 aa		8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	GOLGA6A	Q9NYA3	693 aa		8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	KLHL8	Q9P2G9	620 aa	Predicted RBP	8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	IL17B	Q9UHF5	180 aa		8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	TTC7A	Q9ULT0	858 aa	Predicted RBP	8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	DRG1	Q9Y295	367 aa	Known RBP	8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	HS3ST3A1	Q9Y663	406 aa		8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	NBAS	A2RRP1	2371 aa		8.74	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	UTP20	O75691	2785 aa	Known RBP	8.73	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	IGLON5	A6NGN9	336 aa		8.73	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	KCNK1	O00180	336 aa		8.73	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	FPGT	O14772	594 aa		8.73	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	PSMD3	O43242	534 aa		8.73	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	GCAT	O75600	419 aa		8.73	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	GSR	P00390	522 aa		8.73	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	NME1	P15531	152 aa	Known RBP	8.73	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	PECAM1	P16284	738 aa	Predicted RBP	8.73	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	RBL1	P28749	1068 aa		8.73	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	CSNK1D	P48730	415 aa		8.73	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	LMAN1	P49257	510 aa		8.73	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	CSRP3	P50461	194 aa		8.73	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	NEK3	P51956	506 aa		8.73	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	POLR2L	P62875	67 aa	Known RBP	8.73	□□□□□ -1.01
USP4-213	ENST00000488520	RPS21	P63220	83 aa	Known RBP	8.73	□□□□□ -1.01

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