RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568232.1

CLK3-222, Transcript of CDC like kinase 3, human

Gene CLK3, Length 958 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLK3-222	ENST00000568232	CDH5	P33151	784 aa	Predicted RBP	11.64	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	CSNK1D	P48730	415 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	EPHA4	P54764	986 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	MARS	P56192	900 aa	Known RBP	11.64	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	STX17	P56962	302 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	LAMB3	Q13751	1172 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	ZRSR2	Q15696	482 aa	Known RBP	11.64	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	PARP15	Q460N3	678 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	FAM69B	Q5VUD6	431 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	TAF3	Q5VWG9	929 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	CHST15	Q7LFX5	561 aa	Predicted RBP	11.64	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	GALNT13	Q8IUC8	556 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	IQCK	Q8N0W5	287 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	JOSD2	Q8TAC2	188 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	CPA5	Q8WXQ8	436 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	SH3KBP1	Q96B97	665 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	DHTKD1	Q96HY7	919 aa	Predicted RBP	11.64	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	CELF6	Q96J87	481 aa	Known RBP	11.64	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	LURAP1	Q96LR2	239 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	ZNHIT2	Q9UHR6	403 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	KCNK6	Q9Y257	313 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	WASH4P	A8MWX3	477 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232		F5H423	210 aa	Predicted RBP	11.63	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	CREB3	O43889	395 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	PRAMEF11	O60813	436 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	ZG16	O60844	167 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	PALM	O75781	387 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	RASSF9	O75901	435 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	MT-ND3	P03897	115 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	VIPR1	P32241	457 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	GPR1	P46091	355 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	SCNN1B	P51168	640 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	HDAC4	P56524	1084 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	LARP7	Q4G0J3	582 aa	Known RBP eCLIP	11.63	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	TMCO4	Q5TGY1	634 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	PWWP2B	Q6NUJ5	590 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	SYVN1	Q86TM6	617 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	SLC9B2	Q86UD5	537 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	TSPAN33	Q86UF1	283 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	PPP1R3B	Q86XI6	285 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	UMODL1-AS1	Q8N2C9	162 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	NELFB	Q8WX92	580 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	SEC14L1	Q92503	715 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	FAM81B	Q96LP2	452 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	AGAP2	Q99490	1192 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	GPR87	Q9BY21	358 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	LDHAL6B	Q9BYZ2	381 aa	Predicted RBP	11.63	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	STN1	Q9H668	368 aa	Known RBP	11.63	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	CNOT8	Q9UFF9	292 aa	Known RBP	11.63	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	PHTF1	Q9UMS5	762 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	NTNG1	Q9Y2I2	539 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	PCDHGC4	Q9Y5F7	938 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	SLC30A1	Q9Y6M5	507 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	MTOR	P42345	2549 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	ASMTL	O95671	621 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	SDC4	P31431	198 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	RPS15	P62841	145 aa	Known RBP	11.62	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	STIM1	Q13586	685 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	LRP8	Q14114	963 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	ARC	Q7LC44	396 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	ADAMTS17	Q8TE56	1095 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	FAM172A	Q8WUF8	416 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	SCAMP4	Q969E2	229 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	SMARCE1	Q969G3	411 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	SLC39A8	Q9C0K1	460 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	ABCG8	Q9H221	673 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	LRRC19	Q9H756	370 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	CPNE7	Q9UBL6	633 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	DNAJC12	Q9UKB3	198 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	CTNND2	Q9UQB3	1225 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	FARSA	Q9Y285	508 aa	Known RBP	11.62	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	COPG1	Q9Y678	874 aa	Known RBP	11.62	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	FBN3	Q75N90	2809 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	NIPBL	Q6KC79	2804 aa	eCLIP	11.61	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	SSU72P8	A0A1W2PR75	194 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	NPIPB15	A6NHN6	443 aa	Predicted RBP	11.61	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	DNAJC6	O75061	913 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	TMEM63A	O94886	807 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	UBXN7	O94888	489 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	SMC2	O95347	1197 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	ATP1A1	P05023	1023 aa	Known RBP	11.61	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	CYP11B1	P15538	503 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	LPO	P22079	712 aa	Predicted RBP	11.61	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	PON1	P27169	355 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	TEAD1	P28347	426 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	PAPOLA	P51003	745 aa	Known RBP	11.61	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	KRT85	P78386	507 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	DPT	Q07507	201 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	KCNAB1	Q14722	419 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	CRB2	Q5IJ48	1285 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	CACHD1	Q5VU97	1274 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	ADAMTSL4	Q6UY14	1074 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	GBP6	Q6ZN66	633 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	ARHGAP36	Q6ZRI8	547 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	FAM92B	Q6ZTR7	304 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	TECPR1	Q7Z6L1	1165 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	SLFN11	Q7Z7L1	901 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	CREBRF	Q8IUR6	639 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	FAM71A	Q8IYT1	594 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CLK3-222	ENST00000568232	CENPI	Q92674	756 aa	Predicted RBP	11.61	□□□□□ -0.55

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 50.2 ms