RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000486549.5

USP4-212, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, humanhuman

TSL 5

Gene USP4, Length 749 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4-212ENST00000486549 GALNT15Q8N3T1 639 aa14.65□□□□□ -0.06
USP4-212ENST00000486549 CHCHD4Q8N4Q1 142 aa14.65□□□□□ -0.06
USP4-212ENST00000486549 TRAM1L1Q8N609 369 aa14.65□□□□□ -0.06
USP4-212ENST00000486549 PRELID2Q8N945 189 aa14.65□□□□□ -0.06
USP4-212ENST00000486549 CCL4L1Q8NHW4 92 aa14.65□□□□□ -0.06
USP4-212ENST00000486549 CDH19Q9H159 772 aa14.65□□□□□ -0.06
USP4-212ENST00000486549 RAB6BQ9NRW1 208 aa14.65□□□□□ -0.06
USP4-212ENST00000486549 IGF2BP1Q9NZI8 577 aaKnown RBP eCLIP14.65□□□□□ -0.06
USP4-212ENST00000486549 IL17CQ9P0M4 197 aa14.65□□□□□ -0.06
USP4-212ENST00000486549 SIRPGQ9P1W8 387 aa14.65□□□□□ -0.06
USP4-212ENST00000486549 PAK5Q9P286 719 aa14.65□□□□□ -0.06
USP4-212ENST00000486549 NFKBIL1Q9UBC1 381 aaPredicted RBP14.65□□□□□ -0.06
USP4-212ENST00000486549 CNOT6Q9ULM6 557 aaKnown RBP14.65□□□□□ -0.06
USP4-212ENST00000486549 SNX12Q9UMY4 172 aa14.65□□□□□ -0.06
USP4-212ENST00000486549 DRG1Q9Y295 367 aaKnown RBP14.65□□□□□ -0.06
USP4-212ENST00000486549 GPSM3Q9Y4H4 160 aa14.65□□□□□ -0.06
USP4-212ENST00000486549 KCTD3Q9Y597 815 aa14.65□□□□□ -0.06
USP4-212ENST00000486549 OAS3Q9Y6K5 1087 aaKnown RBP14.65□□□□□ -0.06
USP4-212ENST00000486549 ZNF106Q9H2Y7 1883 aaKnown RBP14.65□□□□□ -0.06
USP4-212ENST00000486549 EPG5Q9HCE0 2579 aa14.65□□□□□ -0.06
USP4-212ENST00000486549 CHD8Q9HCK8 2581 aa14.65□□□□□ -0.06
USP4-212ENST00000486549 C2orf81A6NN90 581 aa14.64□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 TPP1O14773 563 aa14.64□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 ZNF185O15231 689 aa14.64□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 STX7O15400 261 aaKnown RBP14.64□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 PSMD3O43242 534 aa14.64□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 RFPL3O75679 317 aa14.64□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 TPH1P17752 444 aa14.64□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 LPOP22079 712 aaPredicted RBP14.64□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 RPL22P35268 128 aaKnown RBP14.64□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 SEPT6Q14141 434 aa14.64□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 TAF1AQ15573 450 aaPredicted RBP14.64□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 C6orf132Q5T0Z8 1188 aa14.64□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 FAM151BQ6UXP7 276 aa14.64□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 C17orf53Q8N3J3 647 aaPredicted RBP14.64□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 SCG3Q8WXD2 468 aaKnown RBP14.64□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 GATA6Q92908 595 aa14.64□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 PLEKHG4BQ96PX9 1271 aa14.64□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 NAP1L3Q99457 506 aaPredicted RBP14.64□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 HOMER3Q9NSC5 361 aa14.64□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 GULP1Q9UBP9 304 aa14.64□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 GPR34Q9UPC5 381 aa14.64□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 LY6G6EA0A0G2JKS1 128 aa14.63□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 GLYATL1P3A0A0U1RQE8 302 aa14.63□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 C1QTNF9BB2RNN3 333 aa14.63□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 GPR39O43194 453 aa14.63□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 SLC25A14O95258 325 aaPredicted RBP14.63□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 CRTAMO95727 393 aa14.63□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 IVLP07476 585 aa14.63□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 C1QTNF9P0C862 333 aa14.63□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 CKMT1AP12532 417 aa14.63□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 AK4P27144 223 aaPredicted RBP14.63□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 ADCY8P40145 1251 aa14.63□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 TERF1P54274 439 aa14.63□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 TMPRSS15P98073 1019 aa14.63□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 ILF3Q12906 894 aaKnown RBP eCLIP14.63□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 TRIP13Q15645 432 aaPredicted RBP14.63□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 ATP13A5Q4VNC0 1218 aa14.63□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 DHRS13Q6UX07 377 aa14.63□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 PPP1R21Q6ZMI0 780 aa14.63□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 LINC00523Q86TU6 105 aa14.63□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 GALNT13Q8IUC8 556 aa14.63□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 PHYKPLQ8IUZ5 450 aa14.63□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 KYQ8NBH2 561 aa14.63□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 FAM46DQ8NEK8 389 aa14.63□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 OR4K2Q8NGD2 314 aa14.63□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 OR52K1Q8NGK4 314 aa14.63□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 OR13C4Q8NGS5 318 aa14.63□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 GDAP1Q8TB36 358 aa14.63□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 BRSK1Q8TDC3 778 aa14.63□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 GLYATL1Q969I3 302 aa14.63□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 MAGOHBQ96A72 148 aaKnown RBP14.63□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 OR2M4Q96R27 311 aa14.63□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 BOCQ9BWV1 1114 aa14.63□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 GSDMCQ9BYG8 508 aa14.63□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 OR2AG1Q9H205 316 aa14.63□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 ARNT2Q9HBZ2 717 aa14.63□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 IL26Q9NPH9 171 aa14.63□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 EVA1BQ9NVM1 165 aa14.63□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 ZNHIT2Q9UHR6 403 aa14.63□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 FEZ2Q9UHY8 353 aaPredicted RBP14.63□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 FKBPLQ9UIM3 349 aa14.63□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 KLK13Q9UKR3 277 aa14.63□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 TTC7AQ9ULT0 858 aaPredicted RBP14.63□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 PRKAB1Q9Y478 270 aa14.63□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 PLEKHM1Q9Y4G2 1056 aa14.63□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 PCDHGA1Q9Y5H4 931 aa14.63□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 U3KQA8 63 aa14.63□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 ZFC3H1O60293 1989 aaKnown RBP14.63□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 PLXNB3Q9ULL4 1909 aa14.62□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 PTPRBP23467 1997 aa14.62□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 CPED1A4D0V7 1026 aa14.62□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 ERI2A8K979 691 aaKnown RBP14.62□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 B4DGG1 531 aa14.62□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 MTX2O75431 263 aa14.62□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 APRTP07741 180 aa14.62□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 ACP1P24666 158 aa14.62□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 VPS41P49754 854 aa14.62□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 DUSP3P51452 185 aaPredicted RBP14.62□□□□□ -0.07
USP4-212ENST00000486549 CLDN6P56747 220 aa14.62□□□□□ -0.07
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 24.7 ms