RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000298260.8

SKA3-201, Transcript of spindle and kinetochore associated complex subunit 3, humanhuman

TSL 2

Gene SKA3, Length 2,803 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytosol .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3-201ENST00000298260 RNF139Q8WU17 664 aa13.45□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 GPRASP2Q96D09 838 aa13.45□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 DACH2Q96NX9 599 aa13.45□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 CDK5RAP1Q96SZ6 601 aaKnown RBP13.45□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 PCYT2Q99447 389 aa13.45□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 KCTD14Q9BQ13 255 aaPredicted RBP13.45□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 AMBRA1Q9C0C7 1298 aa13.45□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 RPF1Q9H9Y2 349 aaKnown RBP13.45□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 PARVBQ9HBI1 364 aa13.45□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 INTS7Q9NVH2 962 aaKnown RBP13.45□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 DPYSL4O14531 572 aa13.45□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 RFPL2O75678 378 aa13.45□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 SEC24AO95486 1093 aa13.45□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 CSRP3P50461 194 aa13.45□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 C6orf141Q5SZD1 244 aa13.45□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 STEAP3Q658P3 488 aa13.45□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 SLC26A9Q7LBE3 791 aa13.45□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 ANKRD49Q8WVL7 239 aa13.45□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 TP53INP1Q96A56 240 aa13.45□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 C19orf60Q96EN9 201 aa13.45□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 BTBD2Q9BX70 525 aa13.45□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 CDT1Q9H211 546 aa13.45□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 PLSCR3Q9NRY6 295 aa13.45□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 FBXO10Q9UK96 956 aa13.45□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 PDE10AQ9Y233 779 aa13.45□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 UPK1AO00322 258 aa13.45□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 CCRL2O00421 344 aa13.45□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 NPHS1O60500 1241 aa13.45□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 SNX2O60749 519 aa13.45□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 THRBP10828 461 aa13.45□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 SLC1A2P43004 574 aa13.45□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 ALDH7A1P49419 539 aaKnown RBP13.45□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 EMX1Q04741 257 aaPredicted RBP13.45□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 NOMO2Q5JPE7 1267 aa13.45□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 BTBD8Q5XKL5 378 aa13.45□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 STRADAQ7RTN6 431 aa13.45□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 RYBPQ8N488 228 aaPredicted RBP13.45□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 OR6Q1Q8NGQ2 317 aa13.45□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 ATL1Q8WXF7 558 aa13.45□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 NSUN5Q96P11 429 aaKnown RBP13.45□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 TMEM134Q9H6X4 195 aa13.45□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 INTS10Q9NVR2 710 aaKnown RBP13.45□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 ABCD2Q9UBJ2 740 aa13.45□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 NDUFAF1Q9Y375 327 aa13.45□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 U3KQV3 271 aa13.45□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 A0A087WZ62 844 aa13.44□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 AP3D1O14617 1153 aa13.44□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 B4GALT4O60513 344 aa13.44□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 ATP5F1P24539 256 aaPredicted RBP13.44□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 HRH2P25021 359 aa13.44□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 TUBA3CQ13748 450 aa13.44□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 NFYCQ13952 458 aa13.44□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 SNAP47Q5SQN1 464 aa13.44□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 ZNF470Q6ECI4 717 aa13.44□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 TFAP2DQ7Z6R9 452 aa13.44□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 CTU1Q7Z7A3 348 aaKnown RBP13.44□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 C8orf59Q8N0T1 100 aaPredicted RBP13.44□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 NPWQ8N729 165 aa13.44□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 OR10Q1Q8NGQ4 319 aa13.44□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 FRS2Q8WU20 508 aa13.44□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 MUL1Q969V5 352 aa13.44□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 CELF6Q96J87 481 aaKnown RBP13.44□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 CNDP2Q96KP4 475 aaKnown RBP13.44□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 NT5C1AQ9BXI3 368 aa13.44□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 TRIM15Q9C019 465 aa13.44□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 ALG9Q9H6U8 611 aa13.44□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 CASS4Q9NQ75 786 aa13.44□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 MAFBQ9Y5Q3 323 aaPredicted RBP13.44□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 DNAJC15Q9Y5T4 150 aa13.44□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 TTC34A8MYJ7 566 aa13.44□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 PIP5K1BO14986 540 aa13.44□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 IPO13O94829 963 aaKnown RBP13.44□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 ALPLP05186 524 aa13.44□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 FMO3P31513 532 aa13.44□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 CASP3P42574 277 aa13.44□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 VAC14Q08AM6 782 aa13.44□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 LAPTM4AQ15012 233 aa13.44□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 SKIV2LQ15477 1246 aaKnown RBP13.44□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 MPZL3Q6UWV2 235 aa13.44□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 LYPD8Q6UX82 237 aa13.44□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 LYSMD2Q8IV50 215 aa13.44□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 CCDC103Q8IW40 242 aa13.44□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 OR7G1Q8NGA0 311 aa13.44□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 TRIB2Q92519 343 aa13.44□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 TMEM125Q96AQ2 219 aa13.44□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 CARS2Q9HA77 564 aaKnown RBP13.44□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 PLEKHA5Q9HAU0 1116 aa13.44□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 IGSF5Q9NSI5 407 aa13.44□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 THG1LQ9NWX6 298 aaKnown RBP13.44□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 ADPRHL2Q9NX46 363 aa13.44□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 ERVK-18Q9QC07 812 aa13.44□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 ANKRD6Q9Y2G4 727 aa13.44□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 IDH3BO43837 385 aa13.43□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 PLA2G6O60733 806 aa13.43□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 DEAF1O75398 565 aaPredicted RBP13.43□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 JCHAINP01591 159 aa13.43□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 STAG3L1P0CL83 205 aa13.43□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 HSD17B1P14061 328 aa13.43□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 ARNTP27540 789 aa13.43□□□□□ -0.26
SKA3-201ENST00000298260 PSMB9P28065 219 aa13.43□□□□□ -0.26
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 69.7 ms