RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000489247.1

ATG4A-208, Transcript of autophagy related 4A cysteine peptidase, human

TSL 2

Gene ATG4A, Length 623 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ATG4A-208	ENST00000489247	HHAT	Q5VTY9	493 aa		5.59	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	YOD1	Q5VVQ6	348 aa	Predicted RBP	5.59	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM91A1	Q658Y4	838 aa		5.59	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	RAP1GAP2	Q684P5	730 aa		5.59	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	KIAA1841	Q6NSI8	718 aa		5.59	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	LILRA6	Q6PI73	481 aa		5.59	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	CDHR3	Q6ZTQ4	885 aa		5.59	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	NLRP9	Q7RTR0	991 aa		5.59	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	OTOP3	Q7RTS5	596 aa		5.59	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	TMPRSS7	Q7RTY8	843 aa		5.59	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	TMEM150A	Q86TG1	271 aa		5.59	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	SETD3	Q86TU7	594 aa	Predicted RBP	5.59	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	ITIH5	Q86UX2	942 aa		5.59	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF227	Q86WZ6	799 aa		5.59	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	CTAGE3P	Q8IX95	158 aa		5.59	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	LMNTD2	Q8IXW0	634 aa		5.59	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	TMEM199	Q8N511	208 aa		5.59	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	GBP7	Q8N8V2	638 aa	Predicted RBP	5.59	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	MGARP	Q8TDB4	240 aa		5.59	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	LRRC8C	Q8TDW0	803 aa		5.59	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	STON2	Q8WXE9	905 aa		5.59	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	MYEOV	Q96EZ4	313 aa		5.59	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	FEM1C	Q96JP0	617 aa		5.59	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	C7orf26	Q96N11	449 aa		5.59	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	RPRD1A	Q96P16	312 aa	Predicted RBP	5.59	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	PSKH2	Q96QS6	385 aa		5.59	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	GPR22	Q99680	433 aa		5.59	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	DDX50	Q9BQ39	737 aa	Known RBP	5.59	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	ELAC2	Q9BQ52	826 aa	Known RBP	5.59	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	C19orf43	Q9BQ61	176 aa		5.59	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	MGME1	Q9BQP7	344 aa		5.59	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	ACE2	Q9BYF1	805 aa	Predicted RBP	5.59	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	RHOJ	Q9H4E5	214 aa		5.59	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	UGT1A7	Q9HAW7	530 aa		5.59	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	UGT1A10	Q9HAW8	530 aa		5.59	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	UGT1A8	Q9HAW9	530 aa		5.59	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	FGFR1OP2	Q9NVK5	253 aa		5.59	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	C19orf73	Q9NVV2	129 aa		5.59	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	TRPM5	Q9NZQ8	1165 aa		5.59	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	MPP6	Q9NZW5	540 aa		5.59	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	SLAMF8	Q9P0V8	285 aa		5.59	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	KLHL14	Q9P2G3	628 aa		5.59	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	DNMT3B	Q9UBC3	853 aa	Known RBP	5.59	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	NUDT5	Q9UKK9	219 aa		5.59	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC12A4	Q9UP95	1085 aa		5.59	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	LZTS1	Q9Y250	596 aa		5.59	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	ATP11B	Q9Y2G3	1177 aa		5.59	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	TCAF1	Q9Y4C2	921 aa		5.59	□□□□□ -1.51
ATG4A-208	ENST00000489247	CENPF	P49454	3210 aa		5.59	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	TET1	Q8NFU7	2136 aa		5.59	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	BRCA2	P51587	3418 aa		5.58	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	MROH6	A6NGR9	719 aa		5.58	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247		J3KR12	359 aa		5.58	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	MYO1C	O00159	1063 aa		5.58	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC7A4	O43246	635 aa		5.58	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	KDELR3	O43731	214 aa		5.58	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	PLIN3	O60664	434 aa		5.58	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	USP12	O75317	370 aa		5.58	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	PIAS1	O75925	651 aa		5.58	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	DNAJC8	O75937	253 aa	Predicted RBP	5.58	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	GJB5	O95377	273 aa		5.58	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	PAPLN	O95428	1278 aa		5.58	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	KLKB1	P03952	638 aa		5.58	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	PRKCG	P05129	697 aa		5.58	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	MPO	P05164	745 aa		5.58	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	BPGM	P07738	259 aa		5.58	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	ATXN1L	P0C7T5	689 aa	Known RBP	5.58	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	HSPA8	P11142	646 aa	Known RBP	5.58	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	COL6A2	P12110	1019 aa		5.58	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	CSF2RA	P15509	400 aa		5.58	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	RPL17	P18621	184 aa	Known RBP	5.58	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	HLA-DPA1	P20036	260 aa		5.58	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC6A4	P31645	630 aa		5.58	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	GRIA2	P42262	883 aa		5.58	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	MAGEA9	P43362	315 aa		5.58	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	ALDH1A3	P47895	512 aa		5.58	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	HARS2	P49590	506 aa	Known RBP	5.58	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	SERPINB8	P50452	374 aa		5.58	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	KCNQ1	P51787	676 aa		5.58	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	EPHA5	P54756	1037 aa		5.58	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	CRADD	P78560	199 aa		5.58	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC7A9	P82251	487 aa		5.58	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	OCRL	Q01968	901 aa		5.58	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	GNA12	Q03113	381 aa		5.58	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	ACTN3	Q08043	901 aa	Predicted RBP	5.58	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	NSUN2	Q08J23	767 aa	Known RBP eCLIP	5.58	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC10A7	Q0GE19	358 aa		5.58	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	IFT88	Q13099	833 aa		5.58	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	OLIG2	Q13516	323 aa		5.58	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	LAMB3	Q13751	1172 aa		5.58	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	PDE1C	Q14123	709 aa	Predicted RBP	5.58	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	IHH	Q14623	411 aa		5.58	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	VEPH1	Q14D04	833 aa		5.58	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	POLD3	Q15054	466 aa	Predicted RBP	5.58	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	ZKSCAN8	Q15776	578 aa	Predicted RBP	5.58	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	UGP2	Q16851	508 aa		5.58	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	PABPC1L	Q4VXU2	614 aa	Known RBP	5.58	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM182A	Q5T1J6	154 aa		5.58	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	CERCAM	Q5T4B2	595 aa		5.58	□□□□□ -1.52
ATG4A-208	ENST00000489247	ADGRF1	Q5T601	910 aa		5.58	□□□□□ -1.52

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 45 ms