RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000538708.5

PTPRB-204, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type B, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRB, Length 5,839 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Endoplasmic reticulum, Nucleus .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRB-204ENST00000538708 RAI14Q9P0K7 980 aa11.41□□□□□ -0.58
PTPRB-204ENST00000538708 ANKIB1Q9P2G1 1089 aa11.41□□□□□ -0.58
PTPRB-204ENST00000538708 CDK5RAP3Q96JB5 506 aa11.41□□□□□ -0.58
PTPRB-204ENST00000538708 UTP3Q9NQZ2 479 aaKnown RBP eCLIP11.41□□□□□ -0.58
PTPRB-204ENST00000538708 HIP1O00291 1037 aa11.4□□□□□ -0.58
PTPRB-204ENST00000538708 CCDC85AQ96PX6 553 aaPredicted RBP11.4□□□□□ -0.58
PTPRB-204ENST00000538708 GOLGA6L3A6NEY3 463 aa11.4□□□□□ -0.58
PTPRB-204ENST00000538708 C8orf37Q96NL8 207 aa11.4□□□□□ -0.58
PTPRB-204ENST00000538708 SRCIN1Q9C0H9 1055 aa11.4□□□□□ -0.58
PTPRB-204ENST00000538708 CCDC61Q9Y6R9 512 aa11.4□□□□□ -0.58
PTPRB-204ENST00000538708 TIAM1Q13009 1591 aa11.4□□□□□ -0.58
PTPRB-204ENST00000538708 ZSCAN25Q6NSZ9 544 aa11.4□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 TNRQ92752 1358 aa11.39□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 CCT4P50991 539 aaKnown RBP11.39□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 DDX11L8A8MPP1 907 aa11.39□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 GOLGA6L1Q8N7Z2 621 aa11.39□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 C1orf115Q9H7X2 142 aa11.39□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 CT47A1Q5JQC4 288 aaPredicted RBP11.39□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 NOB1Q9ULX3 412 aaKnown RBP11.39□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 BICRAQ9NZM4 1560 aa11.38□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 FKBP4Q02790 459 aaKnown RBP eCLIP11.38□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 ODF2Q5BJF6 829 aa11.38□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 TSR2Q969E8 191 aaKnown RBP11.38□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP11.38□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP11.38□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 KRT18P05783 430 aaKnown RBP11.37□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 CADPS2Q86UW7 1296 aa11.37□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 FBXO3Q9UK99 471 aa11.37□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 BRD4O60885 1362 aaPredicted RBP11.37□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 CCDC69A6NI79 296 aa11.37□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 CDC45O75419 566 aa11.37□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 NSD3Q9BZ95 1437 aa11.37□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 PCF11O94913 1555 aaKnown RBP11.37□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 IBSPP21815 317 aaPredicted RBP11.37□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 LRP2BPQ9P2M1 347 aa11.37□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 RBM19Q9Y4C8 960 aaKnown RBP11.37□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 IPO7O95373 1038 aaKnown RBP11.36□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 MAP4K4O95819 1239 aaPredicted RBP11.36□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 AMOTQ4VCS5 1084 aa11.36□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 PRXQ9BXM0 1461 aa11.36□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 CAVIN4Q5BKX8 364 aa11.36□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 ZNF622Q969S3 477 aaKnown RBP eCLIP11.36□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 RFC4P35249 363 aa11.35□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 SOGA3Q5TF21 947 aa11.35□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 C16orf71Q8IYS4 520 aaPredicted RBP11.35□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 TDO2P48775 406 aa11.35□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 CRACR2BQ8N4Y2 399 aaPredicted RBP11.35□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 DDX49Q9Y6V7 483 aaKnown RBP11.35□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 METTL24Q5JXM2 366 aa11.34□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 PAF1Q8N7H5 531 aa11.34□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 LMTK3Q96Q04 1460 aa11.34□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 CCDC70Q6NSX1 233 aa11.34□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 AACSQ86V21 672 aa11.34□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 NUP133Q8WUM0 1156 aa11.34□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 WASLO00401 505 aaPredicted RBP11.34□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 ATP2B1P20020 1258 aa11.34□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 NAP1L1P55209 391 aaKnown RBP11.34□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 ST5P78524 1137 aa11.34□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 MIS18AQ9NYP9 233 aa11.34□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 ZFYVE27Q5T4F4 411 aa11.34□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 CCDC73Q6ZRK6 1079 aa11.34□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 CCAR2Q8N163 923 aaKnown RBP11.34□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 CEP126Q9P2H0 1117 aa11.34□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 MYD88Q99836 296 aa11.34□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 ASXL2Q76L83 1435 aa11.34□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 PTPN23Q9H3S7 1636 aa11.33□□□□□ -0.59
PTPRB-204ENST00000538708 MYCNP04198 464 aaPredicted RBP11.33□□□□□ -0.6
PTPRB-204ENST00000538708 NME9Q86XW9 330 aa11.33□□□□□ -0.6
PTPRB-204ENST00000538708 USP5P45974 858 aa11.33□□□□□ -0.6
PTPRB-204ENST00000538708 IPO9Q96P70 1041 aaKnown RBP11.33□□□□□ -0.6
PTPRB-204ENST00000538708 LRRCC1Q9C099 1032 aa11.33□□□□□ -0.6
PTPRB-204ENST00000538708 CHMP4BP1P59074 171 aa11.33□□□□□ -0.6
PTPRB-204ENST00000538708 ZNF76P36508 570 aa11.33□□□□□ -0.6
PTPRB-204ENST00000538708 TXLNAP40222 546 aa11.33□□□□□ -0.6
PTPRB-204ENST00000538708 OLFM4Q6UX06 510 aa11.33□□□□□ -0.6
PTPRB-204ENST00000538708 HSP90AB3PQ58FF7 597 aa11.32□□□□□ -0.6
PTPRB-204ENST00000538708 TRMT112Q9UI30 125 aaKnown RBP11.32□□□□□ -0.6
PTPRB-204ENST00000538708 NCKAP5LQ9HCH0 1330 aa11.32□□□□□ -0.6
PTPRB-204ENST00000538708 CHRNA2Q15822 529 aa11.32□□□□□ -0.6
PTPRB-204ENST00000538708 POLR3DP05423 398 aaPredicted RBP11.32□□□□□ -0.6
PTPRB-204ENST00000538708 AAMPQ13685 434 aa11.32□□□□□ -0.6
PTPRB-204ENST00000538708 SASS6Q6UVJ0 657 aa11.32□□□□□ -0.6
PTPRB-204ENST00000538708 ACSBG1Q96GR2 724 aa11.32□□□□□ -0.6
PTPRB-204ENST00000538708 ABCF2Q9UG63 623 aa11.32□□□□□ -0.6
PTPRB-204ENST00000538708 ZSCAN21Q9Y5A6 473 aaPredicted RBP11.32□□□□□ -0.6
PTPRB-204ENST00000538708 PDE4AP27815 886 aa11.32□□□□□ -0.6
PTPRB-204ENST00000538708 MATR3P43243 847 aaKnown RBP eCLIP11.32□□□□□ -0.6
PTPRB-204ENST00000538708 MCM10Q7L590 875 aa11.32□□□□□ -0.6
PTPRB-204ENST00000538708 A0A087WZG4 1122 aa11.31□□□□□ -0.6
PTPRB-204ENST00000538708 FCHSD2O94868 740 aa11.31□□□□□ -0.6
PTPRB-204ENST00000538708 IDI1Q13907 227 aa11.31□□□□□ -0.6
PTPRB-204ENST00000538708 DZIP1Q86YF9 867 aaKnown RBP11.31□□□□□ -0.6
PTPRB-204ENST00000538708 IDH1O75874 414 aaKnown RBP11.31□□□□□ -0.6
PTPRB-204ENST00000538708 NBPF8Q3BBV2 869 aa11.31□□□□□ -0.6
PTPRB-204ENST00000538708 NBPF14Q5TI25 921 aa11.31□□□□□ -0.6
PTPRB-204ENST00000538708 HSPA2P54652 639 aa11.31□□□□□ -0.6
PTPRB-204ENST00000538708 NFE2L2Q16236 605 aa11.31□□□□□ -0.6
PTPRB-204ENST00000538708 POLD1P28340 1107 aa11.3□□□□□ -0.6
PTPRB-204ENST00000538708 GRM1Q13255 1194 aa11.3□□□□□ -0.6
PTPRB-204ENST00000538708 SKOR2Q2VWA4 1001 aaPredicted RBP11.3□□□□□ -0.6
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 14.3 ms