RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000471880.5

SSR4-208, Transcript of signal sequence receptor subunit 4, human

TSL 5

Gene SSR4, Length 785 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SSR4-208	ENST00000471880	KRT27	Q7Z3Y8	459 aa		20.62	■□□□□ 0.89
SSR4-208	ENST00000471880	AATK	Q6ZMQ8	1374 aa		20.61	■□□□□ 0.89
SSR4-208	ENST00000471880	AXIN2	Q9Y2T1	843 aa		20.61	■□□□□ 0.89
SSR4-208	ENST00000471880	TNS1	Q9HBL0	1735 aa	Known RBP	20.61	■□□□□ 0.89
SSR4-208	ENST00000471880	USP31	Q70CQ4	1352 aa		20.6	■□□□□ 0.89
SSR4-208	ENST00000471880	CSB-PGBD3	P0DP91	1061 aa		20.6	■□□□□ 0.89
SSR4-208	ENST00000471880	PARP4	Q9UKK3	1724 aa	Known RBP	20.6	■□□□□ 0.89
SSR4-208	ENST00000471880	HSPA5	P11021	654 aa	Known RBP	20.59	■□□□□ 0.89
SSR4-208	ENST00000471880	TOM1L2	Q6ZVM7	507 aa		20.59	■□□□□ 0.89
SSR4-208	ENST00000471880	ARHGEF25	Q86VW2	580 aa		20.59	■□□□□ 0.89
SSR4-208	ENST00000471880	BLM	P54132	1417 aa	Predicted RBP	20.59	■□□□□ 0.89
SSR4-208	ENST00000471880	ANKRD36B	Q8N2N9	1353 aa		20.59	■□□□□ 0.89
SSR4-208	ENST00000471880	LRRC37A3	O60309	1634 aa		20.57	■□□□□ 0.88
SSR4-208	ENST00000471880	OVOS2	A0A0J9YW53	1432 aa		20.57	■□□□□ 0.88
SSR4-208	ENST00000471880	RGPD1	P0DJD0	1748 aa		20.57	■□□□□ 0.88
SSR4-208	ENST00000471880	OVOS2	Q6IE36	1432 aa		20.57	■□□□□ 0.88
SSR4-208	ENST00000471880	COG3	Q96JB2	828 aa		20.57	■□□□□ 0.88
SSR4-208	ENST00000471880	SF3B2	Q13435	895 aa	Known RBP	20.56	■□□□□ 0.88
SSR4-208	ENST00000471880	DEFB132	Q7Z7B7	95 aa		20.56	■□□□□ 0.88
SSR4-208	ENST00000471880	TCP11L2	Q8N4U5	519 aa		20.56	■□□□□ 0.88
SSR4-208	ENST00000471880	CRB1	P82279	1406 aa		20.55	■□□□□ 0.88
SSR4-208	ENST00000471880	KIF20B	Q96Q89	1820 aa		20.55	■□□□□ 0.88
SSR4-208	ENST00000471880	BARGIN	Q6ZT62	677 aa		20.54	■□□□□ 0.88
SSR4-208	ENST00000471880	PEAK1	Q9H792	1746 aa		20.53	■□□□□ 0.88
SSR4-208	ENST00000471880	SBF2	Q86WG5	1849 aa		20.53	■□□□□ 0.88
SSR4-208	ENST00000471880	PDE3B	Q13370	1112 aa		20.53	■□□□□ 0.88
SSR4-208	ENST00000471880	CCDC125	Q86Z20	511 aa		20.52	■□□□□ 0.88
SSR4-208	ENST00000471880	GGNBP2	Q9H3C7	697 aa		20.52	■□□□□ 0.88
SSR4-208	ENST00000471880	ABCC6	O95255	1503 aa		20.52	■□□□□ 0.87
SSR4-208	ENST00000471880	RGPD2	P0DJD1	1756 aa		20.51	■□□□□ 0.87
SSR4-208	ENST00000471880	WDR17	Q8IZU2	1322 aa		20.51	■□□□□ 0.87
SSR4-208	ENST00000471880	THRAP3	Q9Y2W1	955 aa	Known RBP	20.5	■□□□□ 0.87
SSR4-208	ENST00000471880	NSD3	Q9BZ95	1437 aa		20.48	■□□□□ 0.87
SSR4-208	ENST00000471880	FBLN1	P23142	703 aa		20.48	■□□□□ 0.87
SSR4-208	ENST00000471880	LTV1	Q96GA3	475 aa	Predicted RBP	20.48	■□□□□ 0.87
SSR4-208	ENST00000471880	NLRP2	Q9NX02	1062 aa		20.48	■□□□□ 0.87
SSR4-208	ENST00000471880	AMPH	P49418	695 aa		20.47	■□□□□ 0.87
SSR4-208	ENST00000471880	DISP2	A7MBM2	1401 aa		20.46	■□□□□ 0.87
SSR4-208	ENST00000471880	FYB1	O15117	783 aa		20.46	■□□□□ 0.87
SSR4-208	ENST00000471880	ANKRD24	Q8TF21	1146 aa		20.46	■□□□□ 0.87
SSR4-208	ENST00000471880	DDB1	Q16531	1140 aa		20.44	■□□□□ 0.86
SSR4-208	ENST00000471880	CARD14	Q9BXL6	1004 aa		20.44	■□□□□ 0.86
SSR4-208	ENST00000471880	TRIM37	O94972	964 aa		20.43	■□□□□ 0.86
SSR4-208	ENST00000471880	RRS1	Q15050	365 aa	Known RBP	20.43	■□□□□ 0.86
SSR4-208	ENST00000471880	FAM196A	Q6ZSG2	479 aa		20.43	■□□□□ 0.86
SSR4-208	ENST00000471880	CARD10	Q9BWT7	1032 aa		20.43	■□□□□ 0.86
SSR4-208	ENST00000471880	BAG6	P46379	1132 aa		20.42	■□□□□ 0.86
SSR4-208	ENST00000471880	ERBB3	P21860	1342 aa		20.42	■□□□□ 0.86
SSR4-208	ENST00000471880	MAP3K19	Q56UN5	1328 aa		20.42	■□□□□ 0.86
SSR4-208	ENST00000471880	RREB1	Q92766	1687 aa		20.42	■□□□□ 0.86
SSR4-208	ENST00000471880	FAM208A	Q9UK61	1670 aa	Known RBP	20.42	■□□□□ 0.86
SSR4-208	ENST00000471880	EN1	Q05925	392 aa	Predicted RBP	20.41	■□□□□ 0.86
SSR4-208	ENST00000471880	IP6K1	Q92551	441 aa		20.41	■□□□□ 0.86
SSR4-208	ENST00000471880	CGNL1	Q0VF96	1302 aa		20.4	■□□□□ 0.86
SSR4-208	ENST00000471880	CCDC7	Q96M83	1385 aa		20.4	■□□□□ 0.86
SSR4-208	ENST00000471880	NUP188	Q5SRE5	1749 aa		20.39	■□□□□ 0.86
SSR4-208	ENST00000471880	PPM1G	O15355	546 aa	Predicted RBP	20.39	■□□□□ 0.85
SSR4-208	ENST00000471880	HOXC9	P31274	260 aa		20.39	■□□□□ 0.85
SSR4-208	ENST00000471880	CDCA7	Q9BWT1	371 aa	Predicted RBP	20.39	■□□□□ 0.85
SSR4-208	ENST00000471880	PANK3	Q9H999	370 aa		20.39	■□□□□ 0.85
SSR4-208	ENST00000471880	MAP2	P11137	1827 aa	Known RBP	20.38	■□□□□ 0.85
SSR4-208	ENST00000471880	KAT6B	Q8WYB5	2073 aa		20.38	■□□□□ 0.85
SSR4-208	ENST00000471880	SHANK3	Q9BYB0	1731 aa		20.37	■□□□□ 0.85
SSR4-208	ENST00000471880	ANKRD26	Q9UPS8	1709 aa		20.37	■□□□□ 0.85
SSR4-208	ENST00000471880	C11orf95	C9JLR9	678 aa	Predicted RBP	20.37	■□□□□ 0.85
SSR4-208	ENST00000471880	TNNT2	P45379	298 aa	Predicted RBP	20.37	■□□□□ 0.85
SSR4-208	ENST00000471880	PTF1A	Q7RTS3	328 aa		20.37	■□□□□ 0.85
SSR4-208	ENST00000471880	MARCH10	Q8NA82	808 aa	Predicted RBP	20.37	■□□□□ 0.85
SSR4-208	ENST00000471880	EXOC5	O00471	708 aa		20.36	■□□□□ 0.85
SSR4-208	ENST00000471880	SRCAP	Q6ZRS2	3230 aa		20.36	■□□□□ 0.85
SSR4-208	ENST00000471880	OVOS2	A0A0G2JMS6	1433 aa		20.36	■□□□□ 0.85
SSR4-208	ENST00000471880	APBA3	O96018	575 aa		20.35	■□□□□ 0.85
SSR4-208	ENST00000471880	IL2RB	P14784	551 aa		20.35	■□□□□ 0.85
SSR4-208	ENST00000471880	EZH2	Q15910	746 aa	Known RBP	20.35	■□□□□ 0.85
SSR4-208	ENST00000471880	TNS2	Q63HR2	1409 aa		20.35	■□□□□ 0.85
SSR4-208	ENST00000471880	SMG6	Q86US8	1419 aa	Known RBP	20.34	■□□□□ 0.85
SSR4-208	ENST00000471880	CAMKK2	Q96RR4	588 aa		20.33	■□□□□ 0.85
SSR4-208	ENST00000471880	RTL1	A6NKG5	1358 aa		20.33	■□□□□ 0.84
SSR4-208	ENST00000471880	KIF7	Q2M1P5	1343 aa		20.32	■□□□□ 0.84
SSR4-208	ENST00000471880	EMILIN1	Q9Y6C2	1016 aa		20.32	■□□□□ 0.84
SSR4-208	ENST00000471880	RGPD3	A6NKT7	1758 aa	Predicted RBP	20.31	■□□□□ 0.84
SSR4-208	ENST00000471880	RGPD4	Q7Z3J3	1758 aa		20.31	■□□□□ 0.84
SSR4-208	ENST00000471880	NHS	Q6T4R5	1651 aa		20.31	■□□□□ 0.84
SSR4-208	ENST00000471880	PSD	A5PKW4	1024 aa	Predicted RBP	20.3	■□□□□ 0.84
SSR4-208	ENST00000471880	HSP90AB2P	Q58FF8	381 aa		20.3	■□□□□ 0.84
SSR4-208	ENST00000471880	USHBP1	Q8N6Y0	703 aa		20.3	■□□□□ 0.84
SSR4-208	ENST00000471880	KNSTRN	Q9Y448	316 aa		20.3	■□□□□ 0.84
SSR4-208	ENST00000471880	FLT4	P35916	1363 aa		20.3	■□□□□ 0.84
SSR4-208	ENST00000471880	BCL9	O00512	1426 aa		20.28	■□□□□ 0.84
SSR4-208	ENST00000471880	BTAF1	O14981	1849 aa		20.28	■□□□□ 0.84
SSR4-208	ENST00000471880	CNGB1	Q14028	1251 aa	Predicted RBP	20.28	■□□□□ 0.84
SSR4-208	ENST00000471880	MORC1	Q86VD1	984 aa		20.27	■□□□□ 0.84
SSR4-208	ENST00000471880	DDX54	Q8TDD1	881 aa	Known RBP	20.27	■□□□□ 0.84
SSR4-208	ENST00000471880	MEGF6	O75095	1541 aa		20.27	■□□□□ 0.83
SSR4-208	ENST00000471880	ACSBG1	Q96GR2	724 aa		20.26	■□□□□ 0.83
SSR4-208	ENST00000471880	INSR	P06213	1382 aa		20.25	■□□□□ 0.83
SSR4-208	ENST00000471880	NBPF6	Q5VWK0	638 aa		20.25	■□□□□ 0.83
SSR4-208	ENST00000471880	RAPGEF4	Q8WZA2	1011 aa		20.25	■□□□□ 0.83
SSR4-208	ENST00000471880	NBPF4	Q96M43	638 aa		20.25	■□□□□ 0.83
SSR4-208	ENST00000471880	DOT1L	Q8TEK3	1739 aa		20.24	■□□□□ 0.83

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