RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000438120.5

PTPRF-209, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRF, Length 6,377 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRF-209ENST00000438120 SPG7Q9UQ90 795 aa20.48■□□□□ 0.87
PTPRF-209ENST00000438120 KRI1Q8N9T8 703 aaKnown RBP20.47■□□□□ 0.87
PTPRF-209ENST00000438120 ARGLU1Q9NWB6 273 aaPredicted RBP20.47■□□□□ 0.87
PTPRF-209ENST00000438120 BTBD11A6QL63 1104 aa20.47■□□□□ 0.87
PTPRF-209ENST00000438120 BICDL1Q6ZP65 573 aa20.47■□□□□ 0.87
PTPRF-209ENST00000438120 CCDC184Q52MB2 194 aa20.47■□□□□ 0.87
PTPRF-209ENST00000438120 MPHOSPH8Q99549 860 aa20.47■□□□□ 0.87
PTPRF-209ENST00000438120 ZC3H6P61129 1189 aaKnown RBP20.46■□□□□ 0.87
PTPRF-209ENST00000438120 PIP4K2BP78356 416 aa20.46■□□□□ 0.87
PTPRF-209ENST00000438120 CCDC57Q2TAC2 916 aa20.46■□□□□ 0.87
PTPRF-209ENST00000438120 ATF7IPQ6VMQ6 1270 aa20.46■□□□□ 0.87
PTPRF-209ENST00000438120 SRGAP3O43295 1099 aa20.46■□□□□ 0.87
PTPRF-209ENST00000438120 AK7Q96M32 723 aa20.46■□□□□ 0.87
PTPRF-209ENST00000438120 PDCP20941 246 aa20.46■□□□□ 0.87
PTPRF-209ENST00000438120 KIAA1107Q9UPP5 1409 aa20.46■□□□□ 0.87
PTPRF-209ENST00000438120 RBM5P52756 815 aaKnown RBP eCLIP20.45■□□□□ 0.86
PTPRF-209ENST00000438120 ZNF396Q96N95 335 aaPredicted RBP20.45■□□□□ 0.86
PTPRF-209ENST00000438120 PRDM11Q9NQV5 511 aa20.45■□□□□ 0.86
PTPRF-209ENST00000438120 CCAR1Q8IX12 1150 aaKnown RBP20.45■□□□□ 0.86
PTPRF-209ENST00000438120 TXLNAP40222 546 aa20.44■□□□□ 0.86
PTPRF-209ENST00000438120 ZHX3Q9H4I2 956 aa20.44■□□□□ 0.86
PTPRF-209ENST00000438120 ERBINQ96RT1 1412 aa20.44■□□□□ 0.86
PTPRF-209ENST00000438120 CWC27Q6UX04 472 aaKnown RBP20.44■□□□□ 0.86
PTPRF-209ENST00000438120 HFM1A2PYH4 1435 aa20.44■□□□□ 0.86
PTPRF-209ENST00000438120 MCM2P49736 904 aa20.44■□□□□ 0.86
PTPRF-209ENST00000438120 MVPQ14764 893 aaKnown RBP20.44■□□□□ 0.86
PTPRF-209ENST00000438120 MAGEC2Q9UBF1 373 aaPredicted RBP20.44■□□□□ 0.86
PTPRF-209ENST00000438120 CCDC69A6NI79 296 aa20.43■□□□□ 0.86
PTPRF-209ENST00000438120 PNISRQ8TF01 805 aaKnown RBP20.43■□□□□ 0.86
PTPRF-209ENST00000438120 MBD3O95983 291 aa20.43■□□□□ 0.86
PTPRF-209ENST00000438120 HSP90B2PQ58FF3 399 aa20.42■□□□□ 0.86
PTPRF-209ENST00000438120 PIBF1Q8WXW3 757 aa20.42■□□□□ 0.86
PTPRF-209ENST00000438120 THUMPD2Q9BTF0 503 aaKnown RBP20.42■□□□□ 0.86
PTPRF-209ENST00000438120 LETM1O95202 739 aaPredicted RBP20.42■□□□□ 0.86
PTPRF-209ENST00000438120 ME1P48163 572 aa20.42■□□□□ 0.86
PTPRF-209ENST00000438120 CHD1LQ86WJ1 897 aa20.42■□□□□ 0.86
PTPRF-209ENST00000438120 NACAP1Q9BZK3 213 aa20.42■□□□□ 0.86
PTPRF-209ENST00000438120 NESP48681 1621 aa20.42■□□□□ 0.86
PTPRF-209ENST00000438120 FILIP1LQ4L180 1135 aa20.42■□□□□ 0.86
PTPRF-209ENST00000438120 WDR63Q8IWG1 891 aa20.42■□□□□ 0.86
PTPRF-209ENST00000438120 CCDC173Q0VFZ6 552 aa20.4■□□□□ 0.86
PTPRF-209ENST00000438120 ANKLE2Q86XL3 938 aa20.4■□□□□ 0.86
PTPRF-209ENST00000438120 NUTM1Q86Y26 1132 aa20.4■□□□□ 0.86
PTPRF-209ENST00000438120 TRIM22Q8IYM9 498 aa20.4■□□□□ 0.86
PTPRF-209ENST00000438120 SERPINC1P01008 464 aa20.39■□□□□ 0.86
PTPRF-209ENST00000438120 SLC52A1Q9NWF4 448 aa20.39■□□□□ 0.86
PTPRF-209ENST00000438120 ACBD3Q9H3P7 528 aa20.39■□□□□ 0.85
PTPRF-209ENST00000438120 LARP1BQ659C4 914 aaKnown RBP20.39■□□□□ 0.85
PTPRF-209ENST00000438120 CDR1P51861 262 aa20.39■□□□□ 0.85
PTPRF-209ENST00000438120 MCM10Q7L590 875 aa20.39■□□□□ 0.85
PTPRF-209ENST00000438120 JAKMIP1Q96N16 626 aaKnown RBP20.38■□□□□ 0.85
PTPRF-209ENST00000438120 K7ELQ4 463 aaPredicted RBP20.38■□□□□ 0.85
PTPRF-209ENST00000438120 DCTN1Q14203 1278 aa20.38■□□□□ 0.85
PTPRF-209ENST00000438120 RAI14Q9P0K7 980 aa20.38■□□□□ 0.85
PTPRF-209ENST00000438120 BRPF3Q9ULD4 1205 aa20.38■□□□□ 0.85
PTPRF-209ENST00000438120 SMARCE1Q969G3 411 aa20.38■□□□□ 0.85
PTPRF-209ENST00000438120 WAPLQ7Z5K2 1190 aa20.37■□□□□ 0.85
PTPRF-209ENST00000438120 TDO2P48775 406 aa20.37■□□□□ 0.85
PTPRF-209ENST00000438120 ZSCAN29Q8IWY8 852 aaPredicted RBP20.37■□□□□ 0.85
PTPRF-209ENST00000438120 TNMDQ9H2S6 317 aa20.37■□□□□ 0.85
PTPRF-209ENST00000438120 SF3B2Q13435 895 aaKnown RBP20.37■□□□□ 0.85
PTPRF-209ENST00000438120 EXOC6BQ9Y2D4 811 aa20.37■□□□□ 0.85
PTPRF-209ENST00000438120 PDRG1Q9NUG6 133 aa20.36■□□□□ 0.85
PTPRF-209ENST00000438120 CEP126Q9P2H0 1117 aa20.36■□□□□ 0.85
PTPRF-209ENST00000438120 NUDT16Q96DE0 195 aaKnown RBP20.36■□□□□ 0.85
PTPRF-209ENST00000438120 ANKRD1Q15327 319 aa20.36■□□□□ 0.85
PTPRF-209ENST00000438120 BLOC1S2Q6QNY1 142 aa20.36■□□□□ 0.85
PTPRF-209ENST00000438120 TMEM57Q8N5G2 664 aa20.36■□□□□ 0.85
PTPRF-209ENST00000438120 IDH1O75874 414 aaKnown RBP20.35■□□□□ 0.85
PTPRF-209ENST00000438120 SYCP1Q15431 976 aa20.35■□□□□ 0.85
PTPRF-209ENST00000438120 USHBP1Q8N6Y0 703 aa20.35■□□□□ 0.85
PTPRF-209ENST00000438120 TANGO6Q9C0B7 1094 aa20.35■□□□□ 0.85
PTPRF-209ENST00000438120 PTCD1O75127 700 aaKnown RBP20.35■□□□□ 0.85
PTPRF-209ENST00000438120 JMYQ8N9B5 988 aa20.35■□□□□ 0.85
PTPRF-209ENST00000438120 NSD3Q9BZ95 1437 aa20.35■□□□□ 0.85
PTPRF-209ENST00000438120 NCAPD3P42695 1498 aa20.34■□□□□ 0.85
PTPRF-209ENST00000438120 SOGA3Q5TF21 947 aa20.34■□□□□ 0.85
PTPRF-209ENST00000438120 LRP2BPQ9P2M1 347 aa20.34■□□□□ 0.85
PTPRF-209ENST00000438120 AEBP1Q8IUX7 1158 aa20.34■□□□□ 0.85
PTPRF-209ENST00000438120 PAF1Q8N7H5 531 aa20.34■□□□□ 0.85
PTPRF-209ENST00000438120 SSBP05455 408 aaKnown RBP eCLIP20.34■□□□□ 0.85
PTPRF-209ENST00000438120 TMPOP42166 694 aaKnown RBP20.33■□□□□ 0.85
PTPRF-209ENST00000438120 BACH2Q9BYV9 841 aa20.33■□□□□ 0.85
PTPRF-209ENST00000438120 GNAT3A8MTJ3 354 aa20.33■□□□□ 0.85
PTPRF-209ENST00000438120 FAM177A1Q8N128 213 aaPredicted RBP20.33■□□□□ 0.85
PTPRF-209ENST00000438120 WDR33Q9C0J8 1336 aaKnown RBP20.33■□□□□ 0.85
PTPRF-209ENST00000438120 SMARCA5O60264 1052 aaPredicted RBP20.33■□□□□ 0.84
PTPRF-209ENST00000438120 ZSCAN25Q6NSZ9 544 aa20.33■□□□□ 0.84
PTPRF-209ENST00000438120 ERICH3Q5RHP9 1530 aa20.33■□□□□ 0.84
PTPRF-209ENST00000438120 FCHSD2O94868 740 aa20.33■□□□□ 0.84
PTPRF-209ENST00000438120 NFE2L2Q16236 605 aa20.33■□□□□ 0.84
PTPRF-209ENST00000438120 CCDC192P0DO97 292 aa20.32■□□□□ 0.84
PTPRF-209ENST00000438120 KRT85P78386 507 aa20.32■□□□□ 0.84
PTPRF-209ENST00000438120 WWC2Q6AWC2 1192 aa20.32■□□□□ 0.84
PTPRF-209ENST00000438120 DDX11Q96FC9 970 aa20.32■□□□□ 0.84
PTPRF-209ENST00000438120 EHBP1L1Q8N3D4 1523 aa20.32■□□□□ 0.84
PTPRF-209ENST00000438120 SYNJ1O43426 1573 aa20.32■□□□□ 0.84
PTPRF-209ENST00000438120 ABCF2Q9UG63 623 aa20.32■□□□□ 0.84
PTPRF-209ENST00000438120 UBAC1Q9BSL1 405 aa20.32■□□□□ 0.84
PTPRF-209ENST00000438120 PDCL3Q9H2J4 239 aa20.32■□□□□ 0.84
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