RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496447.5

PTPRF-215, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 5,887 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-215	ENST00000496447	TMC3	Q7Z5M5	1100 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	SH3RF1	Q7Z6J0	888 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC41A1	Q8IVJ1	513 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	CPA6	Q8N4T0	437 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	PROX1	Q92786	737 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	HSD17B14	Q9BPX1	270 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	TMPRSS4	Q9NRS4	437 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	MTPAP	Q9NVV4	582 aa	Known RBP eCLIP	13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	KIAA1522	Q9P206	1035 aa	Predicted RBP	13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	SNX6	Q9UNH7	406 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	SAC3D1	A6NKF1	404 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	TK2	O00142	265 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	MAGEC1	O60732	1142 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	USP2	O75604	605 aa	Predicted RBP	13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	PARN	O95453	639 aa	Known RBP	13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	RXRG	P48443	463 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	HSDL1	Q3SXM5	330 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	SPDYC	Q5MJ68	293 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	PPP1R26	Q5T8A7	1209 aa	Predicted RBP	13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	TYW3	Q6IPR3	259 aa	Known RBP	13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	EFCAB3	Q8N7B9	438 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	EURL	Q9NYK6	297 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	ATP6V1H	Q9UI12	483 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	CTPS1	P17812	591 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	PRKCI	P41743	596 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	MATK	P42679	507 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	CRADD	P78560	199 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	PPIG	Q13427	754 aa	Known RBP eCLIP	13.26	□□□□□ -0.29	2e-7	■■□□□ 12.2
PTPRF-215	ENST00000496447	OTOP2	Q7RTS6	562 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	TRIM74	Q86UV6	250 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	TRIM73	Q86UV7	250 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	RERG	Q96A58	199 aa	Predicted RBP	13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	PCDHGA4	Q9Y5G9	962 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	CACNB4	O00305	520 aa	Predicted RBP	13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	CAPN1	P07384	714 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	ETS1	P14921	441 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	CEP78	Q5JTW2	689 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	C7orf61	Q8IZ16	206 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	FBXO22	Q8NEZ5	403 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	CLIP3	Q96DZ5	547 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF670	Q9BS34	389 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	CCDC28B	Q9BUN5	200 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	RSPH9	Q9H1X1	276 aa	Predicted RBP	13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	EXO5	Q9H790	373 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	LIMD1	Q9UGP4	676 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	TMA7	Q9Y2S6	64 aa	Known RBP	13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	PCDHA11	Q9Y5I1	949 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	WFS1	O76024	890 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	EPN2	O95208	641 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	HSMCR30	P0CW71	290 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	FAS	P25445	335 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	TNFRSF8	P28908	595 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	IL5RA	Q01344	420 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	ZACN	Q401N2	412 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	ABHD15	Q6UXT9	468 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	KYAT3	Q6YP21	454 aa	Known RBP	13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	ZCCHC23	Q6ZST2	131 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	PHF13	Q86YI8	300 aa	Predicted RBP	13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	SMG7	Q92540	1137 aa	Known RBP	13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	ADI1	Q9BV57	179 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	SAR1A	Q9NR31	198 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	CCL16	O15467	120 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	APOD	P05090	189 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	COPZ1	P61923	177 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	SULT2A1	Q06520	285 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	KCTD21	Q4G0X4	260 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM180A	Q6UWF9	173 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	DHFR2	Q86XF0	187 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	ARL10	Q8N8L6	244 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	NDN	Q99608	321 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	FAIM2	Q9BWQ8	316 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	APOBEC3C	Q9NRW3	190 aa	Known RBP eCLIP	13.26	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	GSAP	A4D1B5	854 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	INPP4B	O15327	924 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	SMNDC1	O75940	238 aa	Known RBP eCLIP	13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC35G4	P0C7Q5	338 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	CCDC166	P0CW27	439 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	SPATA31C1	P0DKV0	1188 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	VAV1	P15498	845 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	CLCN5	P51795	746 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	MAX	P61244	160 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	PEX6	Q13608	980 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	EID3	Q8N140	333 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	NLGN2	Q8NFZ4	835 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	PRDM12	Q9H4Q4	367 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	PLGRKT	Q9HBL7	147 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	TMEM165	Q9HC07	324 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	RPL26L1	Q9UNX3	145 aa	Known RBP	13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	TBC1D3D	A0A087WVF3	549 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	TBC1D3I	A0A087WXS9	549 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	TBC1D3E	A0A087X179	549 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	TBC1D3K	A0A087X1G2	549 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	TBC1D3F	A6NER0	549 aa	Predicted RBP	13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	TBC1D3L	B9A6J9	549 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	DUSP11	O75319	330 aa	Known RBP	13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	ATG7	O95352	703 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	TBC1D3H	P0C7X1	549 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	PRKAG1	P54619	331 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	MEA1	Q16626	185 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PTPRF-215	ENST00000496447	TBC1D3G	Q6DHY5	549 aa		13.25	□□□□□ -0.29

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