RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000333496.14

CLN3-201, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5 BASIC

Gene CLN3, Length 1,608 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-201ENST00000333496 TBC1D3KA0A087X1G2 549 aa16.08■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 TBC1D3FA6NER0 549 aaPredicted RBP16.08■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 ARHGAP42A6NI28 874 aa16.08■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 PCNX2A6NKB5 2137 aa16.08■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 TBC1D3LB9A6J9 549 aa16.08■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 MTA2O94776 668 aa16.08■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 LCA5LO95447 670 aa16.08■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 TBC1D3HP0C7X1 549 aa16.08■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 CDC25BP30305 580 aa16.08■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 SSR1P43307 286 aaKnown RBP16.08■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 CCR5P51681 352 aa16.08■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 CDH6P55285 790 aa16.08■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 SNRPD1P62314 119 aaKnown RBP16.08■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 GRIK2Q13002 908 aa16.08■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 MMRN1Q13201 1228 aa16.08■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 HADHQ16836 314 aaKnown RBP16.08■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 TBC1D3GQ6DHY5 549 aa16.08■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 TBC1D3CQ6IPX1 549 aa16.08■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 TBC1D3Q8IZP1 549 aaPredicted RBP16.08■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 ZDHHC6Q9H6R6 413 aa16.08■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 LHX3Q9UBR4 397 aa16.08■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 INTUQ9ULD6 942 aa16.08■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 LATO43561 262 aa16.07■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 FECHP22830 423 aa16.07■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 MAN1A1P33908 653 aa16.07■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 CSNK1EP49674 416 aaKnown RBP16.07■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 MESDQ14696 234 aa16.07■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 MYLK3Q32MK0 819 aa16.07■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 LAYNQ6UX15 382 aa16.07■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 ERN2Q76MJ5 926 aaKnown RBP16.07■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 DGLUCYQ7Z3D6 616 aa16.07■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 RHOT2Q8IXI1 618 aa16.07■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 RYBPQ8N488 228 aaPredicted RBP16.07■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 MINDY1Q8N5J2 469 aa16.07■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 LZTR1Q8N653 840 aa16.07■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 RFFLQ8WZ73 363 aa16.07■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 GTPBP2Q9BX10 602 aaKnown RBP16.07■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 HDAC8Q9BY41 377 aa16.07■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 UBA2Q9UBT2 640 aaPredicted RBP16.07■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 TMEM110-MUSTN1A8MSY1 372 aa16.06■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 DFFAO00273 331 aa16.06■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 KRIT1O00522 736 aa16.06■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 WNT9AO14904 365 aa16.06■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 GJB3O75712 270 aa16.06■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 POP4O95707 220 aaKnown RBP16.06■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 SYPP08247 313 aa16.06■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 ITGB7P26010 798 aa16.06■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 GJC1P36383 396 aa16.06■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 AFF3P51826 1226 aaKnown RBP16.06■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 DPYSL3Q14195 570 aa16.06■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 TCEAL1Q15170 157 aa16.06■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 PARS2Q7L3T8 475 aaKnown RBP16.06■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 PPP1R16AQ96I34 528 aa16.06■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 LRIG1Q96JA1 1093 aa16.06■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 EXOC2Q96KP1 924 aa16.06■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 PANX2Q96RD6 677 aa16.06■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 DYRK4Q9NR20 520 aa16.06■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 KLHL11Q9NVR0 708 aa16.06■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 TFR2Q9UP52 801 aa16.06■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 CNOT1A5YKK6 2376 aaKnown RBP16.06■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 CABIN1Q9Y6J0 2220 aa16.06■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 A0A1B0GVT2 93 aa16.05■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 INSIG1O15503 277 aa16.05■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 ADRB3P13945 408 aa16.05■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 MAT2AP31153 395 aaKnown RBP16.05■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 ARHGAP25P42331 645 aa16.05■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 MAGEA1P43355 309 aa16.05■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 GRIA4P48058 902 aa16.05■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 RHOAP61586 193 aa16.05■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 KRT81Q14533 505 aa16.05■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 UAP1L1Q3KQV9 507 aa16.05■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 TMCO3Q6UWJ1 677 aa16.05■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 TRIM69Q86WT6 500 aa16.05■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 CCDC170Q8IYT3 715 aa16.05■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 GDAP1L1Q96MZ0 367 aa16.05■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 SLC6A18Q96N87 628 aa16.05■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 PREBQ9HCU5 417 aa16.05■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 RCOR3Q9P2K3 495 aaPredicted RBP16.05■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 IPO11Q9UI26 975 aaKnown RBP16.05■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 LCMT1Q9UIC8 334 aa16.05■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 SOWAHDA6NJG2 315 aa16.05■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 IGSF6O95976 241 aa16.05■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 WNT1P04628 370 aa16.05■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 UGT2B4P06133 528 aa16.05■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 RGRP47804 291 aa16.05■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 NEK3P51956 506 aa16.05■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 ATXN3P54252 364 aaPredicted RBP16.05■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 RACK1P63244 317 aaKnown RBP16.05■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 IL10RBQ08334 325 aa16.05■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 ZNF805Q5CZA5 627 aa16.05■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 ERMP1Q7Z2K6 904 aa16.05■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 SPC24Q8NBT2 197 aa16.05■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 TSEN2Q8NCE0 465 aaKnown RBP16.05■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 PCDH19Q8TAB3 1148 aa16.05■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 ZDHHC5Q9C0B5 715 aa16.05■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 SP110Q9HB58 689 aa16.05■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 DNAAF2Q9NVR5 837 aaKnown RBP16.05■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 ZFR2Q9UPR6 939 aaKnown RBP16.05■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 CACNA1AO00555 2505 aa16.04■□□□□ 0.16
CLN3-201ENST00000333496 C16orf96A6NNT2 1141 aa16.04■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 35.5 ms