RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568169.5

TCF4-238, Transcript of transcription factor 4, human

TSL 5

Gene TCF4, Length 870 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TCF4-238	ENST00000568169	HS3ST3A1	Q9Y663	406 aa		11.66	□□□□□ -0.54
TCF4-238	ENST00000568169	CSNK1G3	Q9Y6M4	447 aa		11.66	□□□□□ -0.54
TCF4-238	ENST00000568169		K7ERQ8	282 aa		11.65	□□□□□ -0.54
TCF4-238	ENST00000568169	MED7	O43513	233 aa		11.65	□□□□□ -0.54
TCF4-238	ENST00000568169	SNAP91	O60641	907 aa		11.65	□□□□□ -0.54
TCF4-238	ENST00000568169	CLDN11	O75508	207 aa		11.65	□□□□□ -0.54
TCF4-238	ENST00000568169	NEBL	O76041	1014 aa		11.65	□□□□□ -0.54
TCF4-238	ENST00000568169	PCDH8	O95206	1070 aa		11.65	□□□□□ -0.54
TCF4-238	ENST00000568169	PRNP	P04156	253 aa		11.65	□□□□□ -0.54
TCF4-238	ENST00000568169	GLI1	P08151	1106 aa		11.65	□□□□□ -0.54
TCF4-238	ENST00000568169	NME1	P15531	152 aa	Known RBP	11.65	□□□□□ -0.54
TCF4-238	ENST00000568169	RBMS1	P29558	406 aa	Known RBP	11.65	□□□□□ -0.54
TCF4-238	ENST00000568169	CDH4	P55283	916 aa		11.65	□□□□□ -0.54
TCF4-238	ENST00000568169	FZD2	Q14332	565 aa		11.65	□□□□□ -0.54
TCF4-238	ENST00000568169	C3orf38	Q5JPI3	329 aa		11.65	□□□□□ -0.54
TCF4-238	ENST00000568169	SEL1L3	Q68CR1	1132 aa		11.65	□□□□□ -0.54
TCF4-238	ENST00000568169	OR6B2	Q6IFH4	312 aa		11.65	□□□□□ -0.54
TCF4-238	ENST00000568169	ZCCHC8	Q6NZY4	707 aa	Known RBP	11.65	□□□□□ -0.54
TCF4-238	ENST00000568169	ERN2	Q76MJ5	926 aa	Known RBP	11.65	□□□□□ -0.54
TCF4-238	ENST00000568169	C14orf80	Q86SX3	495 aa		11.65	□□□□□ -0.54
TCF4-238	ENST00000568169	CHST14	Q8NCH0	376 aa		11.65	□□□□□ -0.54
TCF4-238	ENST00000568169	ZNF548	Q8NEK5	533 aa	Predicted RBP	11.65	□□□□□ -0.54
TCF4-238	ENST00000568169	SPATA20	Q8TB22	786 aa		11.65	□□□□□ -0.54
TCF4-238	ENST00000568169	RNF34	Q969K3	372 aa		11.65	□□□□□ -0.54
TCF4-238	ENST00000568169	ATXN7L3B	Q96GX2	97 aa		11.65	□□□□□ -0.54
TCF4-238	ENST00000568169	PRR11	Q96HE9	360 aa	Predicted RBP	11.65	□□□□□ -0.54
TCF4-238	ENST00000568169	CCDC114	Q96M63	670 aa		11.65	□□□□□ -0.54
TCF4-238	ENST00000568169	HDAC8	Q9BY41	377 aa		11.65	□□□□□ -0.54
TCF4-238	ENST00000568169	ASNSD1	Q9NWL6	643 aa		11.65	□□□□□ -0.54
TCF4-238	ENST00000568169	PCDHGA8	Q9Y5G5	932 aa		11.65	□□□□□ -0.54
TCF4-238	ENST00000568169	ENTPD2	Q9Y5L3	495 aa		11.65	□□□□□ -0.54
TCF4-238	ENST00000568169	HS3ST4	Q9Y661	456 aa		11.65	□□□□□ -0.54
TCF4-238	ENST00000568169	ARHGEF17	Q96PE2	2063 aa	Predicted RBP	11.64	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	SYNJ2BP-COX16	A0A087WUM0	186 aa		11.64	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	SPTY2D1-AS1	A0A0U1RR47	76 aa		11.64	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	CPED1	A4D0V7	1026 aa		11.64	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	EME2	A4GXA9	379 aa	Predicted RBP	11.64	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	POM121B	A6NF01	834 aa		11.64	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	CDRT15L2	A8MXV6	281 aa		11.64	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	PYCARD-AS1	I3L0S3	204 aa		11.64	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	RIOK3	O14730	519 aa	Known RBP	11.64	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	SMAD6	O43541	496 aa	Known RBP	11.64	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	PAGE1	O75459	146 aa		11.64	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	LETM1	O95202	739 aa	Predicted RBP	11.64	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	CSF2	P04141	144 aa		11.64	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	KRT5	P13647	590 aa		11.64	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	GGCX	P38435	758 aa		11.64	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	MLLT3	P42568	568 aa	Predicted RBP	11.64	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	KRT83	P78385	493 aa		11.64	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	KCNC4	Q03721	635 aa		11.64	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	PDCL	Q13371	301 aa		11.64	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	FGL2	Q14314	439 aa		11.64	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	CDKN3	Q16667	212 aa		11.64	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	CCDC40	Q4G0X9	1142 aa		11.64	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	KIAA1614	Q5VZ46	1190 aa		11.64	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	GUSBP11	Q6P575	273 aa		11.64	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	KYAT3	Q6YP21	454 aa	Known RBP	11.64	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	PTAR1	Q7Z6K3	402 aa	Predicted RBP	11.64	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	FMR1NB	Q8N0W7	255 aa	Predicted RBP	11.64	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	ATP11C	Q8NB49	1132 aa		11.64	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	TPCN2	Q8NHX9	752 aa		11.64	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	CCDC97	Q96F63	343 aa	Predicted RBP	11.64	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	DHTKD1	Q96HY7	919 aa	Predicted RBP	11.64	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	HNRNPUL1	Q9BUJ2	856 aa	Known RBP eCLIP	11.64	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	C2orf49	Q9BVC5	232 aa	Predicted RBP	11.64	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	SLC17A9	Q9BYT1	436 aa		11.64	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	GTPBP4	Q9BZE4	634 aa	Known RBP	11.64	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	MUC3B	Q9H195	1237 aa		11.64	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	DYRK4	Q9NR20	520 aa		11.64	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	NCKIPSD	Q9NZQ3	722 aa		11.64	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	COX16	Q9P0S2	106 aa		11.64	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	VPS51	Q9UID3	782 aa		11.64	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	KLF15	Q9UIH9	416 aa		11.64	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	SALL4	Q9UJQ4	1053 aa		11.64	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	TLN1	Q9Y490	2541 aa	Known RBP	11.63	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	LRP4	O75096	1905 aa		11.63	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169		H3BM21	787 aa		11.63	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	TPP1	O14773	563 aa		11.63	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	PSMA7	O14818	248 aa		11.63	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	RAD51B	O15315	384 aa		11.63	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	THAP12	O43422	761 aa		11.63	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	HSF2BP	O75031	334 aa		11.63	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	CNTN5	O94779	1100 aa		11.63	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	SMC2	O95347	1197 aa		11.63	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	WISP1	O95388	367 aa		11.63	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	PAK4	O96013	591 aa	Predicted RBP	11.63	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	RRM1	P23921	792 aa		11.63	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	RPS21	P63220	83 aa	Known RBP	11.63	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	ALF	Q53S48	1182 aa		11.63	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	ARSI	Q5FYB1	569 aa		11.63	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	EFHC1	Q5JVL4	640 aa		11.63	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	KIAA1161	Q6NSJ0	714 aa		11.63	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	C22orf39	Q6P5X5	142 aa		11.63	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	RBM44	Q6ZP01	1051 aa	Known RBP	11.63	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	EFL1	Q7Z2Z2	1120 aa	Known RBP	11.63	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	CLEC14A	Q86T13	490 aa		11.63	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	PARG	Q86W56	976 aa		11.63	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	ZNF683	Q8IZ20	524 aa		11.63	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	WDTC1	Q8N5D0	677 aa		11.63	□□□□□ -0.55
TCF4-238	ENST00000568169	DCAF4L2	Q8NA75	395 aa		11.63	□□□□□ -0.55

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 18.3 ms