RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568232.1

CLK3-222, Transcript of CDC like kinase 3, human

Gene CLK3, Length 958 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLK3-222	ENST00000568232	LGI2	Q8N0V4	545 aa		12.09	□□□□□ -0.47
CLK3-222	ENST00000568232	SIX6OS1	Q8N1H7	587 aa		12.09	□□□□□ -0.47
CLK3-222	ENST00000568232	ZSCAN1	Q8NBB4	408 aa		12.09	□□□□□ -0.47
CLK3-222	ENST00000568232	AZIN2	Q96A70	460 aa		12.09	□□□□□ -0.47
CLK3-222	ENST00000568232	DHX58	Q96C10	678 aa		12.09	□□□□□ -0.47
CLK3-222	ENST00000568232	FCRL2	Q96LA5	508 aa	Predicted RBP	12.09	□□□□□ -0.47
CLK3-222	ENST00000568232	IL12RB2	Q99665	862 aa		12.09	□□□□□ -0.47
CLK3-222	ENST00000568232	C7orf25	Q9BPX7	421 aa		12.09	□□□□□ -0.47
CLK3-222	ENST00000568232	BOC	Q9BWV1	1114 aa		12.09	□□□□□ -0.47
CLK3-222	ENST00000568232	MMRN2	Q9H8L6	949 aa		12.09	□□□□□ -0.47
CLK3-222	ENST00000568232	CISH	Q9NSE2	258 aa		12.09	□□□□□ -0.47
CLK3-222	ENST00000568232	NCKIPSD	Q9NZQ3	722 aa		12.09	□□□□□ -0.47
CLK3-222	ENST00000568232	PISD	Q9UG56	409 aa		12.09	□□□□□ -0.47
CLK3-222	ENST00000568232	TSPAN16	Q9UKR8	245 aa		12.09	□□□□□ -0.47
CLK3-222	ENST00000568232	PLAA	Q9Y263	795 aa		12.09	□□□□□ -0.47
CLK3-222	ENST00000568232	CSNK1G3	Q9Y6M4	447 aa		12.09	□□□□□ -0.47
CLK3-222	ENST00000568232	ITPR2	Q14571	2701 aa		12.09	□□□□□ -0.47
CLK3-222	ENST00000568232	LRBA	P50851	2863 aa		12.08	□□□□□ -0.47
CLK3-222	ENST00000568232	SPTY2D1-AS1	A0A0U1RR47	76 aa		12.08	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232		A6NNZ2	444 aa		12.08	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	MCF2L	O15068	1137 aa		12.08	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	RAD51B	O15315	384 aa		12.08	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	SPINT1	O43278	529 aa		12.08	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	GCAT	O75600	419 aa		12.08	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	PCDH8	O95206	1070 aa		12.08	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	CTSL	P07711	333 aa		12.08	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	JUND	P17535	347 aa		12.08	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	ITIH1	P19827	911 aa		12.08	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	CASR	P41180	1078 aa		12.08	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	AMPD3	Q01432	767 aa		12.08	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	PPP3CA	Q08209	521 aa		12.08	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	FGL2	Q14314	439 aa		12.08	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	DLG2	Q15700	870 aa		12.08	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	DMRTA1	Q5VZB9	504 aa		12.08	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	CEP135	Q66GS9	1140 aa		12.08	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	RAP1GAP2	Q684P5	730 aa		12.08	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	CNNM4	Q6P4Q7	775 aa		12.08	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	CIR1	Q86X95	450 aa	Predicted RBP	12.08	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	RBFA	Q8N0V3	343 aa		12.08	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	CLEC4C	Q8WTT0	213 aa		12.08	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	DDX50	Q9BQ39	737 aa	Known RBP	12.08	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	DNAI2	Q9GZS0	605 aa		12.08	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	TCEAL2	Q9H3H9	227 aa	Predicted RBP	12.08	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	GPR27	Q9NS67	375 aa		12.08	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	SEPT10	Q9P0V9	454 aa		12.08	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	PLEKHB1	Q9UF11	243 aa	Predicted RBP	12.08	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	RABGEF1	Q9UJ41	708 aa		12.08	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	ZFC3H1	O60293	1989 aa	Known RBP	12.07	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	PRAMEF33	A0A0G2JMD5	474 aa		12.07	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232		H3BM21	787 aa		12.07	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	SPTLC2	O15270	562 aa		12.07	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	NVL	O15381	856 aa	Known RBP	12.07	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	PRAMEF10	O60809	474 aa		12.07	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	PAK4	O96013	591 aa	Predicted RBP	12.07	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	NEFL	P07196	543 aa		12.07	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	RGS7	P49802	495 aa		12.07	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	VAMP7	P51809	220 aa		12.07	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	ADK	P55263	362 aa	Known RBP	12.07	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	KCNAB2	Q13303	367 aa		12.07	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	NEK5	Q6P3R8	708 aa		12.07	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	PARG	Q86W56	976 aa		12.07	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	DCP2	Q8IU60	420 aa	Known RBP	12.07	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	SLC9A9	Q8IVB4	645 aa		12.07	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	WDR48	Q8TAF3	677 aa		12.07	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	GOLGA5	Q8TBA6	731 aa		12.07	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	JPH3	Q8WXH2	748 aa	Predicted RBP	12.07	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	SEMA4D	Q92854	862 aa		12.07	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	ADNP	Q9H2P0	1102 aa		12.07	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	ZNF71	Q9NQZ8	489 aa	Predicted RBP	12.07	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	FOXJ2	Q9P0K8	574 aa		12.07	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	IPO11	Q9UI26	975 aa	Known RBP	12.07	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	PADI4	Q9UM07	663 aa		12.07	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	HS3ST3A1	Q9Y663	406 aa		12.07	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	CREBBP	Q92793	2442 aa		12.06	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	KPNA3	O00505	521 aa	Predicted RBP	12.06	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	TPP1	O14773	563 aa		12.06	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	ATP9B	O43861	1147 aa		12.06	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	KRT38	O76015	456 aa		12.06	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	NR3C1	P04150	777 aa		12.06	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	JMJD7	P0C870	316 aa		12.06	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	ETV5	P41161	510 aa		12.06	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	RPIA	P49247	311 aa		12.06	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	POLE2	P56282	527 aa		12.06	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	CCL7	P80098	99 aa		12.06	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	BST2	Q10589	180 aa	Known RBP	12.06	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	EIF2B5	Q13144	721 aa	Known RBP	12.06	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	EIF3I	Q13347	325 aa	Known RBP	12.06	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	CUL4B	Q13620	913 aa		12.06	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	PDE1C	Q14123	709 aa	Predicted RBP	12.06	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	SLC39A14	Q15043	492 aa		12.06	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	TMEM259	Q4ZIN3	620 aa		12.06	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	BORA	Q6PGQ7	559 aa		12.06	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	KCTD13	Q8WZ19	329 aa		12.06	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	NAT6	Q93015	286 aa		12.06	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	USP28	Q96RU2	1077 aa		12.06	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	SLC12A9	Q9BXP2	914 aa		12.06	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	STRADB	Q9C0K7	418 aa		12.06	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	KCTD10	Q9H3F6	313 aa		12.06	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	CNGB3	Q9NQW8	809 aa		12.06	□□□□□ -0.48
CLK3-222	ENST00000568232	PNMA8B	Q9ULN7	279 aa	Predicted RBP	12.06	□□□□□ -0.48

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