RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000628078.2

TCF4-262, Transcript of transcription factor 4, human

TSL 5

Gene TCF4, Length 1,277 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TCF4-262	ENST00000628078	GDF3	Q9NR23	364 aa		13.91	□□□□□ -0.18
TCF4-262	ENST00000628078	SLTM	Q9NWH9	1034 aa	Known RBP eCLIP	13.91	□□□□□ -0.18
TCF4-262	ENST00000628078	SLC12A6	Q9UHW9	1150 aa		13.91	□□□□□ -0.18
TCF4-262	ENST00000628078	VANGL2	Q9ULK5	521 aa		13.91	□□□□□ -0.18
TCF4-262	ENST00000628078	FZD4	Q9ULV1	537 aa		13.91	□□□□□ -0.18
TCF4-262	ENST00000628078	CNTN6	Q9UQ52	1028 aa		13.91	□□□□□ -0.18
TCF4-262	ENST00000628078	SNX10	Q9Y5X0	201 aa		13.91	□□□□□ -0.18
TCF4-262	ENST00000628078	AK5	Q9Y6K8	562 aa		13.91	□□□□□ -0.18
TCF4-262	ENST00000628078	TDRD6	O60522	2096 aa	Known RBP	13.91	□□□□□ -0.18
TCF4-262	ENST00000628078	ITIH6	Q6UXX5	1313 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TCF4-262	ENST00000628078	APC2	O95996	2303 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TCF4-262	ENST00000628078	BICDL2	A1A5D9	508 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TCF4-262	ENST00000628078	SART1	O43290	800 aa	Known RBP	13.9	□□□□□ -0.18
TCF4-262	ENST00000628078	IGLV3-25	P01717	112 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TCF4-262	ENST00000628078	NXPH1	P58417	271 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TCF4-262	ENST00000628078	CDK17	Q00537	523 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TCF4-262	ENST00000628078	CNTN1	Q12860	1018 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TCF4-262	ENST00000628078	PAK1	Q13153	545 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TCF4-262	ENST00000628078	PDCL	Q13371	301 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TCF4-262	ENST00000628078	NNT	Q13423	1086 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TCF4-262	ENST00000628078	ARID5B	Q14865	1188 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TCF4-262	ENST00000628078	DLG2	Q15700	870 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TCF4-262	ENST00000628078	INAVA	Q3KP66	663 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TCF4-262	ENST00000628078	CXorf57	Q6NSI4	855 aa	Known RBP	13.9	□□□□□ -0.18
TCF4-262	ENST00000628078	PRPF39	Q86UA1	669 aa	Known RBP	13.9	□□□□□ -0.18
TCF4-262	ENST00000628078	KDM1B	Q8NB78	822 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TCF4-262	ENST00000628078	FRS2	Q8WU20	508 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TCF4-262	ENST00000628078	CPXM1	Q96SM3	734 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TCF4-262	ENST00000628078	ARHGAP20	Q9P2F6	1191 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TCF4-262	ENST00000628078	ACACA	Q13085	2346 aa		13.9	□□□□□ -0.18
TCF4-262	ENST00000628078	SHROOM3	Q8TF72	1996 aa		13.89	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	RNF103	O00237	685 aa		13.89	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	RFPL3	O75679	317 aa		13.89	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	PNMA6A	P0CW24	399 aa	Predicted RBP	13.89	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	EPHA8	P29322	1005 aa	Predicted RBP	13.89	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	RNASE9	P60153	205 aa	Known RBP	13.89	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	EIF4EBP2	Q13542	120 aa	Predicted RBP	13.89	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	AUH	Q13825	339 aa	Known RBP	13.89	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	ELAVL3	Q14576	367 aa	Known RBP	13.89	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	RABGAP1L	Q5R372	815 aa		13.89	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	HES3	Q5TGS1	186 aa		13.89	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	FAM183BP	Q6ZVS7	135 aa		13.89	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078		Q6ZVU0	165 aa		13.89	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	TMPRSS12	Q86WS5	348 aa		13.89	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	STK32A	Q8WU08	396 aa		13.89	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	OR8D1	Q8WZ84	308 aa		13.89	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	ALG14	Q96F25	216 aa		13.89	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	PPP1R13B	Q96KQ4	1090 aa		13.89	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	FEM1A	Q9BSK4	669 aa		13.89	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	TMPRSS4	Q9NRS4	437 aa		13.89	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	SLC25A13	Q9UJS0	675 aa		13.89	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	AJAP1	Q9UKB5	411 aa	Predicted RBP	13.89	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	HS3ST4	Q9Y661	456 aa		13.89	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	CELSR3	Q9NYQ7	3312 aa		13.88	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	ZNF559-ZNF177	A0A0A6YYI6	481 aa	Predicted RBP	13.88	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078		K7ERQ8	282 aa		13.88	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	SLC31A1	O15431	190 aa		13.88	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	SNAP91	O60641	907 aa		13.88	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	CNTN5	O94779	1100 aa		13.88	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	ENDOD1	O94919	500 aa		13.88	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	ZIC2	O95409	532 aa	Predicted RBP	13.88	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	GNA14	O95837	355 aa		13.88	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	MT-CO1	P00395	513 aa		13.88	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	PRB1	P04280	392 aa		13.88	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	ERBB2	P04626	1255 aa		13.88	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	MYF5	P13349	255 aa		13.88	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	PRLR	P16471	622 aa		13.88	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	TFE3	P19532	575 aa	Predicted RBP	13.88	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	CCR1	P32246	355 aa		13.88	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	PPP1R2	P41236	205 aa		13.88	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	ARRB1	P49407	418 aa	Predicted RBP	13.88	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	ACADVL	P49748	655 aa		13.88	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	ZNF177	Q13360	481 aa	Predicted RBP	13.88	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	STAT4	Q14765	748 aa		13.88	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	SLC45A4	Q5BKX6	768 aa		13.88	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	NAPEPLD	Q6IQ20	393 aa		13.88	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	BEND5	Q7L4P6	421 aa		13.88	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	C1orf131	Q8NDD1	294 aa	Known RBP	13.88	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	SPAG5	Q96R06	1193 aa		13.88	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	FZD3	Q9NPG1	666 aa		13.88	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	ANLN	Q9NQW6	1124 aa		13.88	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	VPS28	Q9UK41	221 aa		13.88	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	LAMA5	O15230	3695 aa		13.87	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078		A0A1B0GVM2	712 aa		13.87	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	TCAF2	A6NFQ2	919 aa		13.87	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	EIF4E1B	A6NMX2	242 aa	Known RBP	13.87	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	C10orf142	B7Z368	130 aa		13.87	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078		M0QYT0	321 aa		13.87	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	LAT	O43561	262 aa		13.87	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	TLX3	O43711	291 aa	Predicted RBP	13.87	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	RNGTT	O60942	597 aa	Known RBP	13.87	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	PAGE1	O75459	146 aa		13.87	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	EIF2S3	P41091	472 aa	Known RBP	13.87	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	PLK1	P53350	603 aa		13.87	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	SULT2A1	Q06520	285 aa		13.87	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	SLC12A1	Q13621	1099 aa		13.87	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	CAMK4	Q16566	473 aa		13.87	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	ALF	Q53S48	1182 aa		13.87	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	EFHC1	Q5JVL4	640 aa		13.87	□□□□□ -0.19
TCF4-262	ENST00000628078	TRIM65	Q6PJ69	517 aa		13.87	□□□□□ -0.19

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