RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000471861.5

CCDC78-208, Transcript of coiled-coil domain containing 78, human

TSL 3

Gene CCDC78, Length 743 nt, Biotype retained intron.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CCDC78-208	ENST00000471861	EN1	Q05925	392 aa	Predicted RBP	29.44	■■■□□ 2.3
CCDC78-208	ENST00000471861	HIRIP3	Q9BW71	556 aa	Predicted RBP	29.44	■■■□□ 2.3
CCDC78-208	ENST00000471861	POGK	Q9P215	609 aa		29.44	■■■□□ 2.3
CCDC78-208	ENST00000471861	ACIN1	Q9UKV3	1341 aa	Known RBP	29.44	■■■□□ 2.3
CCDC78-208	ENST00000471861	DISP2	A7MBM2	1401 aa		29.43	■■■□□ 2.3
CCDC78-208	ENST00000471861	SPATA31A5	Q5VU36	1347 aa		29.43	■■■□□ 2.3
CCDC78-208	ENST00000471861	SPATA31A7	Q8IWB4	1347 aa		29.43	■■■□□ 2.3
CCDC78-208	ENST00000471861	GPRASP1	Q5JY77	1395 aa		29.4	■■■□□ 2.3
CCDC78-208	ENST00000471861	TRAK1	Q9UPV9	953 aa		29.38	■■■□□ 2.29
CCDC78-208	ENST00000471861	MINK1	Q8N4C8	1332 aa	Predicted RBP	29.38	■■■□□ 2.29
CCDC78-208	ENST00000471861	R3HDM1	Q15032	1099 aa	Known RBP	29.35	■■■□□ 2.29
CCDC78-208	ENST00000471861	EIF3A	Q14152	1382 aa	Known RBP	29.35	■■■□□ 2.29
CCDC78-208	ENST00000471861	WASL	O00401	505 aa	Predicted RBP	29.33	■■■□□ 2.29
CCDC78-208	ENST00000471861	PHRF1	Q9P1Y6	1649 aa	Known RBP	29.32	■■■□□ 2.28
CCDC78-208	ENST00000471861	PRDM11	Q9NQV5	511 aa		29.32	■■■□□ 2.28
CCDC78-208	ENST00000471861	ATP7B	P35670	1465 aa		29.31	■■■□□ 2.28
CCDC78-208	ENST00000471861	EZH2	Q15910	746 aa	Known RBP	29.31	■■■□□ 2.28
CCDC78-208	ENST00000471861	KIAA0232	Q92628	1395 aa		29.3	■■■□□ 2.28
CCDC78-208	ENST00000471861	SPATA31A1	Q5TZJ5	1347 aa		29.3	■■■□□ 2.28
CCDC78-208	ENST00000471861	PAK3	O75914	559 aa	Predicted RBP	29.28	■■■□□ 2.28
CCDC78-208	ENST00000471861	NGDN	Q8NEJ9	315 aa	Known RBP	29.28	■■■□□ 2.28
CCDC78-208	ENST00000471861	CAMKK2	Q96RR4	588 aa		29.27	■■■□□ 2.28
CCDC78-208	ENST00000471861	ARHGEF28	Q8N1W1	1705 aa	Known RBP	29.27	■■■□□ 2.28
CCDC78-208	ENST00000471861	ITSN1	Q15811	1721 aa		29.26	■■■□□ 2.27
CCDC78-208	ENST00000471861	CHRNA2	Q15822	529 aa		29.26	■■■□□ 2.27
CCDC78-208	ENST00000471861	TRIM37	O94972	964 aa		29.24	■■■□□ 2.27
CCDC78-208	ENST00000471861	RREB1	Q92766	1687 aa		29.23	■■■□□ 2.27
CCDC78-208	ENST00000471861	STRN4	Q9NRL3	753 aa		29.22	■■■□□ 2.27
CCDC78-208	ENST00000471861	RAB3GAP2	Q9H2M9	1393 aa		29.22	■■■□□ 2.27
CCDC78-208	ENST00000471861	KDM2A	Q9Y2K7	1162 aa		29.21	■■■□□ 2.27
CCDC78-208	ENST00000471861	FAM196A	Q6ZSG2	479 aa		29.2	■■■□□ 2.26
CCDC78-208	ENST00000471861	NRK	Q7Z2Y5	1582 aa		29.2	■■■□□ 2.26
CCDC78-208	ENST00000471861	TOPAZ1	Q8N9V7	1692 aa		29.2	■■■□□ 2.26
CCDC78-208	ENST00000471861	NUDT16	Q96DE0	195 aa	Known RBP	29.19	■■■□□ 2.26
CCDC78-208	ENST00000471861	NUP188	Q5SRE5	1749 aa		29.19	■■■□□ 2.26
CCDC78-208	ENST00000471861	SSH2	Q76I76	1423 aa		29.19	■■■□□ 2.26
CCDC78-208	ENST00000471861	DCAF11	Q8TEB1	546 aa		29.18	■■■□□ 2.26
CCDC78-208	ENST00000471861	PARD3	Q8TEW0	1356 aa		29.17	■■■□□ 2.26
CCDC78-208	ENST00000471861	ZC3H6	P61129	1189 aa	Known RBP	29.17	■■■□□ 2.26
CCDC78-208	ENST00000471861	NUTM2G	Q5VZR2	741 aa		29.17	■■■□□ 2.26
CCDC78-208	ENST00000471861	LMO7	Q8WWI1	1683 aa		29.16	■■■□□ 2.26
CCDC78-208	ENST00000471861	CAMTA1	Q9Y6Y1	1673 aa		29.15	■■■□□ 2.26
CCDC78-208	ENST00000471861	POLR3A	O14802	1390 aa	Predicted RBP	29.15	■■■□□ 2.26
CCDC78-208	ENST00000471861	APBA3	O96018	575 aa		29.15	■■■□□ 2.26
CCDC78-208	ENST00000471861	USP35	Q9P2H5	1018 aa		29.15	■■■□□ 2.26
CCDC78-208	ENST00000471861	BARGIN	Q6ZT62	677 aa		29.13	■■■□□ 2.25
CCDC78-208	ENST00000471861	LARP1	Q6PKG0	1096 aa	Known RBP	29.1	■■■□□ 2.25
CCDC78-208	ENST00000471861	ACE	P12821	1306 aa		29.1	■■■□□ 2.25
CCDC78-208	ENST00000471861	CDK19	Q9BWU1	502 aa		29.09	■■■□□ 2.25
CCDC78-208	ENST00000471861	USP19	O94966	1318 aa		29.08	■■■□□ 2.25
CCDC78-208	ENST00000471861	CPD	O75976	1380 aa		29.08	■■■□□ 2.25
CCDC78-208	ENST00000471861	NBPF8	Q3BBV2	869 aa		29.07	■■■□□ 2.24
CCDC78-208	ENST00000471861	PDE3B	Q13370	1112 aa		29.06	■■■□□ 2.24
CCDC78-208	ENST00000471861	STAC3	Q96MF2	364 aa		29.06	■■■□□ 2.24
CCDC78-208	ENST00000471861	PARP4	Q9UKK3	1724 aa	Known RBP	29.05	■■■□□ 2.24
CCDC78-208	ENST00000471861	EVA1C	P58658	441 aa		29.04	■■■□□ 2.24
CCDC78-208	ENST00000471861	TCP11L2	Q8N4U5	519 aa		29.04	■■■□□ 2.24
CCDC78-208	ENST00000471861	PLEKHG3	A1L390	1219 aa		29.03	■■■□□ 2.24
CCDC78-208	ENST00000471861	CCDC61	Q9Y6R9	512 aa		29.03	■■■□□ 2.24
CCDC78-208	ENST00000471861	COL5A2	P05997	1499 aa	Predicted RBP	29.03	■■■□□ 2.24
CCDC78-208	ENST00000471861	PEAK1	Q9H792	1746 aa		29.01	■■■□□ 2.23
CCDC78-208	ENST00000471861	ABTB2	Q8N961	1025 aa		29	■■■□□ 2.23
CCDC78-208	ENST00000471861	NBPF14	Q5TI25	921 aa		28.97	■■■□□ 2.23
CCDC78-208	ENST00000471861	THRAP3	Q9Y2W1	955 aa	Known RBP	28.97	■■■□□ 2.23
CCDC78-208	ENST00000471861	LRRC37A3	O60309	1634 aa		28.96	■■■□□ 2.23
CCDC78-208	ENST00000471861	YY1	P25490	414 aa		28.96	■■■□□ 2.23
CCDC78-208	ENST00000471861	KIAA1210	Q9ULL0	1709 aa		28.96	■■■□□ 2.23
CCDC78-208	ENST00000471861	GC	P02774	474 aa		28.95	■■■□□ 2.22
CCDC78-208	ENST00000471861	RGPD3	A6NKT7	1758 aa	Predicted RBP	28.94	■■■□□ 2.22
CCDC78-208	ENST00000471861	RGPD4	Q7Z3J3	1758 aa		28.94	■■■□□ 2.22
CCDC78-208	ENST00000471861	CRB1	P82279	1406 aa		28.94	■■■□□ 2.22
CCDC78-208	ENST00000471861	PPIP5K1	Q6PFW1	1433 aa		28.94	■■■□□ 2.22
CCDC78-208	ENST00000471861	OVOS2	A0A0G2JMS6	1433 aa		28.93	■■■□□ 2.22
CCDC78-208	ENST00000471861	OVOS2	A0A0J9YW53	1432 aa		28.93	■■■□□ 2.22
CCDC78-208	ENST00000471861	OVOS2	Q6IE36	1432 aa		28.93	■■■□□ 2.22
CCDC78-208	ENST00000471861	NLRP13	Q86W25	1043 aa		28.91	■■■□□ 2.22
CCDC78-208	ENST00000471861	SPON1	Q9HCB6	807 aa		28.91	■■■□□ 2.22
CCDC78-208	ENST00000471861	SLIT3	O75094	1523 aa		28.9	■■■□□ 2.22
CCDC78-208	ENST00000471861	SBF2	Q86WG5	1849 aa		28.9	■■■□□ 2.22
CCDC78-208	ENST00000471861	KCNQ2	O43526	872 aa		28.9	■■■□□ 2.22
CCDC78-208	ENST00000471861	CASZ1	Q86V15	1759 aa		28.9	■■■□□ 2.22
CCDC78-208	ENST00000471861	NINL	Q9Y2I6	1382 aa		28.89	■■■□□ 2.22
CCDC78-208	ENST00000471861	NBPF1	Q3BBV0	1214 aa		28.89	■■■□□ 2.22
CCDC78-208	ENST00000471861	ANO8	Q9HCE9	1232 aa	Predicted RBP	28.89	■■■□□ 2.22
CCDC78-208	ENST00000471861	PTF1A	Q7RTS3	328 aa		28.87	■■■□□ 2.21
CCDC78-208	ENST00000471861	PPP1R1B	Q9UD71	204 aa	Predicted RBP	28.87	■■■□□ 2.21
CCDC78-208	ENST00000471861	COL18A1	P39060	1754 aa		28.86	■■■□□ 2.21
CCDC78-208	ENST00000471861	WNK3	Q9BYP7	1800 aa		28.86	■■■□□ 2.21
CCDC78-208	ENST00000471861	CABP2	Q9NPB3	220 aa		28.86	■■■□□ 2.21
CCDC78-208	ENST00000471861	AATK	Q6ZMQ8	1374 aa		28.86	■■■□□ 2.21
CCDC78-208	ENST00000471861	USP6	P35125	1406 aa		28.86	■■■□□ 2.21
CCDC78-208	ENST00000471861	SRPK2	P78362	688 aa	Known RBP	28.85	■■■□□ 2.21
CCDC78-208	ENST00000471861	PIK3C2A	O00443	1686 aa		28.84	■■■□□ 2.21
CCDC78-208	ENST00000471861	BRD4	O60885	1362 aa	Predicted RBP	28.84	■■■□□ 2.21
CCDC78-208	ENST00000471861	C11orf95	C9JLR9	678 aa	Predicted RBP	28.83	■■■□□ 2.21
CCDC78-208	ENST00000471861	PLSCR1	O15162	318 aa		28.83	■■■□□ 2.21
CCDC78-208	ENST00000471861	ZBTB7C	A1YPR0	619 aa		28.82	■■■□□ 2.2
CCDC78-208	ENST00000471861	PDGFD	Q9GZP0	370 aa	Predicted RBP	28.82	■■■□□ 2.2
CCDC78-208	ENST00000471861	QRICH2	Q9H0J4	1663 aa		28.82	■■■□□ 2.2
CCDC78-208	ENST00000471861	CENPJ	Q9HC77	1338 aa	Predicted RBP	28.81	■■■□□ 2.2

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