RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000636228.1

CLN3-246, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene CLN3, Length 1,224 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-246ENST00000636228 CTSKP43235 329 aa16.71■□□□□ 0.27
CLN3-246ENST00000636228 PSMD8P48556 350 aa16.71■□□□□ 0.27
CLN3-246ENST00000636228 STK19P49842 368 aaPredicted RBP16.71■□□□□ 0.27
CLN3-246ENST00000636228 APBA1Q02410 837 aa16.71■□□□□ 0.27
CLN3-246ENST00000636228 COL9A2Q14055 689 aaPredicted RBP16.71■□□□□ 0.27
CLN3-246ENST00000636228 MORC3Q14149 939 aa16.71■□□□□ 0.27
CLN3-246ENST00000636228 USP30Q70CQ3 517 aa16.71■□□□□ 0.27
CLN3-246ENST00000636228 TMPRSS7Q7RTY8 843 aa16.71■□□□□ 0.27
CLN3-246ENST00000636228 CHSY1Q86X52 802 aa16.71■□□□□ 0.27
CLN3-246ENST00000636228 STK40Q8N2I9 435 aa16.71■□□□□ 0.27
CLN3-246ENST00000636228 ZNF557Q8N988 423 aaPredicted RBP16.71■□□□□ 0.27
CLN3-246ENST00000636228 IGSF8Q969P0 613 aa16.71■□□□□ 0.27
CLN3-246ENST00000636228 OMDQ99983 421 aa16.71■□□□□ 0.27
CLN3-246ENST00000636228 SLC4A5Q9BY07 1137 aa16.71■□□□□ 0.27
CLN3-246ENST00000636228 COX16Q9P0S2 106 aa16.71■□□□□ 0.27
CLN3-246ENST00000636228 CNTN6Q9UQ52 1028 aa16.71■□□□□ 0.27
CLN3-246ENST00000636228 UTP18Q9Y5J1 556 aaKnown RBP eCLIP16.71■□□□□ 0.27
CLN3-246ENST00000636228 A0A1W2PPC4 97 aa16.7■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 BICDL2A1A5D9 508 aa16.7■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 FAM149AA5PLN7 773 aa16.7■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 THAP12O43422 761 aa16.7■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 TRUB2O95900 331 aaKnown RBP16.7■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 APOEP02649 317 aa16.7■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 WNT1P04628 370 aa16.7■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 VAV1P15498 845 aa16.7■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 PPP1R2P41236 205 aa16.7■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 ACADSBP45954 432 aa16.7■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 CCT8P50990 548 aa16.7■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 C21orf59P57076 290 aa16.7■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 NUCB2P80303 420 aa16.7■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 ECT2LQ008S8 904 aa16.7■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 NNTQ13423 1086 aa16.7■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 GATAD2AQ86YP4 633 aa16.7■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 CREBRFQ8IUR6 639 aa16.7■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 AADATQ8N5Z0 425 aa16.7■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 ZNF606Q8WXB4 792 aa16.7■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 CRACR2AQ9BSW2 395 aa16.7■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 POPDC2Q9HBU9 364 aa16.7■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 NUMA1Q14980 2115 aa16.7■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 DMXL2Q8TDJ6 3036 aa16.7■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 EDDM13A0A1B0GTR0 161 aa16.69■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 PLK4O00444 970 aa16.69■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 SART1O43290 800 aaKnown RBP16.69■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 DKK1O94907 266 aa16.69■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 MOCS3O95396 460 aa16.69■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 SRPRAP08240 638 aaKnown RBP16.69■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 PDGFRAP16234 1089 aa16.69■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 MZF1P28698 734 aaPredicted RBP16.69■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 USP8P40818 1118 aa16.69■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 GRK6P43250 576 aa16.69■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 METAP1P53582 386 aa16.69■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 YWHAZP63104 245 aaKnown RBP16.69■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 RACK1P63244 317 aaKnown RBP16.69■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 KCNJ12Q14500 433 aa16.69■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 RNF219Q5W0B1 726 aaPredicted RBP16.69■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 TMEM110Q86TL2 294 aa16.69■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 ELOA2Q8IYF1 753 aaPredicted RBP16.69■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 PTPRN2Q92932 1015 aa16.69■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 ACE2Q9BYF1 805 aaPredicted RBP16.69■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 AASDHPPTQ9NRN7 309 aa16.69■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 SCML1Q9UN30 329 aa16.69■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 RAXQ9Y2V3 346 aa16.69■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 GPSM3Q9Y4H4 160 aa16.69■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 LAMA5O15230 3695 aa16.68■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 TARSL2A2RTX5 802 aaKnown RBP16.68■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 CBX4O00257 560 aa16.68■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 VILLO15195 856 aa16.68■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 MED7O43513 233 aa16.68■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 TNFSF14O43557 240 aa16.68■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 GRAP2O75791 330 aa16.68■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 GNA14O95837 355 aa16.68■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 SLC9A1P19634 815 aa16.68■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 GNA15P30679 374 aa16.68■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 PAK1Q13153 545 aa16.68■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 ARHGAP44Q17R89 818 aa16.68■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 DHRS13Q6UX07 377 aa16.68■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 WDTC1Q8N5D0 677 aa16.68■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 KDM1BQ8NB78 822 aa16.68■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 OR2T34Q8NGX1 318 aa16.68■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 OR14C36Q8NHC7 312 aa16.68■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 STK32AQ8WU08 396 aa16.68■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 HNRNPLLQ8WVV9 542 aaKnown RBP16.68■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 BTN2A3PQ96KV6 586 aa16.68■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 PKD1L2Q7Z442 2459 aa16.68■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 A0A1B0GTQ1 180 aa16.67■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 LRRC72A6NJI9 287 aa16.67■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 BECN2A8MW95 431 aa16.67■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 KCNU1A8MYU2 1149 aa16.67■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 F5H5T6 163 aa16.67■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 PCDHGA12O60330 932 aa16.67■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 IL1BP01584 269 aa16.67■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 IGLV3-25P01717 112 aa16.67■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 GGCXP38435 758 aa16.67■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 MARSP56192 900 aaKnown RBP16.67■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 CLDN6P56747 220 aa16.67■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 CYP4F3Q08477 520 aa16.67■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 PDCLQ13371 301 aa16.67■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 EIF4EBP2Q13542 120 aaPredicted RBP16.67■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 ARID5BQ14865 1188 aa16.67■□□□□ 0.26
CLN3-246ENST00000636228 SHBQ15464 509 aa16.67■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 18.1 ms