RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496447.5

PTPRF-215, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 5,887 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-215	ENST00000496447	PPP1R10	Q96QC0	940 aa	Known RBP	13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	MCM8	Q9UJA3	840 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	RAD51B	O15315	384 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	CPA3	P15088	417 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	S100A5	P33763	92 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	CYP4Z1	Q86W10	505 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	FUK	Q8N0W3	1084 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	CAVIN3	Q969G5	261 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	MAGED4	Q96JG8	741 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	UNK	Q9C0B0	810 aa	Known RBP	13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	MPP6	Q9NZW5	540 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	TPST1	O60507	370 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	PRLR	P16471	622 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	SERPINA4	P29622	427 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	BMPR2	Q13873	1038 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	WASHC2D	Q5SRD0	308 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	CRELD2	Q6UXH1	353 aa	Predicted RBP	13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	OSCP1	Q8WVF1	389 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	OMD	Q99983	421 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	CORO1B	Q9BR76	489 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	RGS18	Q9NS28	235 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	AKAP7	Q9P0M2	348 aa	Predicted RBP	13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	TRPC4	Q9UBN4	977 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM153A	Q9UHL3	310 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	TOMM70	O94826	608 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	IFNA14	P01570	189 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	ALB	P02768	609 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	MPO	P05164	745 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	ATP4A	P20648	1035 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	THOP1	P52888	689 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	RHBDL3	P58872	404 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	MRPL28	Q13084	256 aa	Known RBP	13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	KCND1	Q9NSA2	647 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	GGA2	Q9UJY4	613 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	DNAJC16	Q9Y2G8	782 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	MRPS23	Q9Y3D9	190 aa	Known RBP	13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	TBC1D12	O60347	775 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	ATP9A	O75110	1047 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	MMP13	P45452	471 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	NPY2R	P49146	381 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	RPS7	P62081	194 aa	Known RBP	13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	NR6A1	Q15406	480 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	HECTD3	Q5T447	861 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	IYD	Q6PHW0	289 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	KCNMB4	Q86W47	210 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	TRIM69	Q86WT6	500 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC35C1	Q96A29	364 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	AGXT2	Q9BYV1	514 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	EFCAB1	Q9HAE3	211 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	USE1	Q9NZ43	259 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	DDX20	Q9UHI6	824 aa	Known RBP	13.42	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	WDR27	A2RRH5	827 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	RNF103	O00237	685 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	NR5A2	O00482	541 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	MAP2K7	O14733	419 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	GLRA2	P23416	452 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC9A5	Q14940	896 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	LLGL2	Q6P1M3	1020 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	RBM43	Q6ZSC3	357 aa	Known RBP	13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	USP45	Q70EL2	814 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	UNC93A	Q86WB7	457 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	MCOLN3	Q8TDD5	553 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	WDR18	Q9BV38	432 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF446	Q9NWS9	450 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	TNFSF13B	Q9Y275	285 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447		A8MX80	341 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	SLCO1B7	G3V0H7	640 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	PIK3CD	O00329	1044 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	CERS5	Q8N5B7	392 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	NDUFS2	O75306	463 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	CTSE	P14091	401 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC2A4	P14672	509 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	PGAM1	P18669	254 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	TAS2R13	Q9NYV9	303 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	CORO1C	Q9ULV4	474 aa	Predicted RBP	13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	HES2	Q9Y543	173 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	SNX8	Q9Y5X2	465 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	HACD1	B0YJ81	288 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	TMEM114	B3SHH9	223 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	CYP7B1	O75881	506 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	BMP10	O95393	424 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF135	P52742	658 aa	Predicted RBP	13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	XRCC4	Q13426	336 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	PCBP1	Q15365	356 aa	Known RBP eCLIP	13.41	□□□□□ -0.26	2e-6	■■■■■ 32.7
PTPRF-215	ENST00000496447	FBXL16	Q8N461	479 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	TDRD5	Q8NAT2	981 aa	Known RBP	13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	PANX3	Q96QZ0	392 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	KRT84	Q9NSB2	600 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	HEY2	Q9UBP5	337 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	DNMT3L	Q9UJW3	386 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	KCNK1	O00180	336 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	KATNA1	O75449	491 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	ZCCHC18	P0CG32	403 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	MGAT1	P26572	445 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	CHRNB3	Q05901	458 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	GRIK5	Q16478	980 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	HLA-DQA1	Q5Y7H0	255 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	TRAF7	Q6Q0C0	670 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	ZSWIM2	Q8NEG5	633 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PTPRF-215	ENST00000496447	C2orf49	Q9BVC5	232 aa	Predicted RBP	13.41	□□□□□ -0.26

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